PDB-7y7u: Dimeric structure of a Quorum-Quenching metallo-hydrolase, LrsL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y7u

タイトル

Dimeric structure of a Quorum-Quenching metallo-hydrolase, LrsL

要素

MBL fold metallo-hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Quorum-quenching / lactonase / metallo-hydrolase / Labrenzia sp.

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / hydrolase activity / MBL fold metallo-hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Labrenzia sp. VG12 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Momin, A.A. / Arold, S.T.

資金援助

サウジアラビア, 1件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: The exceptionally efficient quorum quenching enzyme LrsL suppresses Pseudomonas aeruginosa biofilm production.
著者: Rehman, Z.U. / Momin, A.A. / Aldehaiman, A. / Irum, T. / Grunberg, R. / Arold, S.T.

履歴

登録	2022年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y7u.cif.gz	134.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y7u.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y7u_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y7u_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	7y7u_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	7y7u_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p9eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: MBL fold metallo-hydrolase

B: MBL fold metallo-hydrolase

ヘテロ分子

63.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Protein elutes as a dimer in size exclusion, and dimeric molecular weight confirmed by Multi-angle light scattering (SEC-MALS)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.510, 166.510, 166.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	MBL fold metallo-hydrolase / Quorum-Quenching metallo-hydrolase / LrsL 分子量: 31813.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB ASP32504.1 / 由来: (組換発現) Labrenzia sp. VG12 (バクテリア) / 遺伝子: CHH27_03985 / プラスミド: pJEx411c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A222F232
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.31 % / 解説: Cubic
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M tri-Sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月27日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→46.18 Å / Num. obs: 63574 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 81.3 % / B_iso Wilson estimate: 44.72 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1542 / R_pim(I) all: 0.01717 / R_rim(I) all: 0.1552 / Net I/σ(I): 31.63
反射シェル	解像度: 1.89→1.958 Å / 冗長度: 83.6 % / R_merge(I) obs: 6.561 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 6220 / CC_1/2: 0.368 / CC star: 0.734 / R_pim(I) all: 0.7185 / R_rim(I) all: 6.601 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P9E

1p9e

解像度: 1.89→46.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.881 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	2000	3.146 %
R_work	0.1908	61574	-
all	0.192	-	-
obs	-	63574	99.881 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.577 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→46.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4386	0	4	293	4683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.639	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.404	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.349	10	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.198	10	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.01	10	215
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.208	4.498	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.536	6.714	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.816	4.884	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.044	7.119	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.418	89.178	19480

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.936	0.481	144	0.474	4419	X-RAY DIFFRACTION	98.5316
1.936-1.989	0.37	141	0.371	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.989-2.047	0.331	138	0.309	4229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.047-2.109	0.294	133	0.257	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.109-2.178	0.286	131	0.235	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.255	0.27	127	0.223	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.34	0.275	121	0.222	3770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.435	0.252	117	0.207	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.435-2.543	0.237	114	0.2	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.543-2.667	0.259	108	0.206	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.81	0.25	102	0.214	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.98	0.292	99	0.221	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.185	0.268	92	0.211	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.185-3.439	0.222	86	0.185	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.439-3.765	0.247	81	0.168	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.765-4.207	0.221	73	0.155	2251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.207-4.851	0.144	65	0.122	2002	X-RAY DIFFRACTION	100
4.851-5.926	0.182	55	0.15	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
5.926-8.318	0.191	46	0.18	1379	X-RAY DIFFRACTION	100
8.318-46.18	0.241	27	0.201	850	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)