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万見
- PDB-7y7o: Crystal structure of metallo-endoribonuclease YbeY from Staphyloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y7o
タイトルCrystal structure of metallo-endoribonuclease YbeY from Staphylococcus aureus
要素Endoribonuclease YbeY
キーワードHYDROLASE / RNA / endoribonuclease / metalloprotein / zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / metalloendopeptidase activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endoribonuclease YbeY, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0054 signature. / Endoribonuclease YbeY / Metalloprotease catalytic domain superfamily, predicted / Endoribonuclease YbeY
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Endoribonuclease YbeY
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lee, J. / Ha, N.-C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Microbiol Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of the Metallo-Endoribonuclease YbeY from Staphylococcus aureus.
著者: Lee, J. / Jo, I. / Kwon, A.R. / Ha, N.C.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease YbeY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3214
ポリマ－18,8721
非ポリマー4503
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.663, 100.663, 50.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease YbeY


分子量: 18871.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: ybeY, SAV1570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67136, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.26 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate (pH 5.5), 40% (v/v) PEG 400, 1 mM Zinc sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.28176 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22303 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 17.58 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 56
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique obs: 1017 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.194 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→43.59 Å / SU ML: 0.2008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 21.3305
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 2002 8.98 %
Rwork0.1967 20296 -
obs0.1993 22298 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1210 0 27 54 1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89941702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0568179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7362166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.23111340.21511329X-RAY DIFFRACTION89.04
1.95-20.20571360.20881374X-RAY DIFFRACTION93.04
2-2.060.29161400.20691432X-RAY DIFFRACTION95.5
2.06-2.120.24561390.20461434X-RAY DIFFRACTION96.21
2.12-2.20.2681420.20551433X-RAY DIFFRACTION96.8
2.2-2.290.23791390.19571453X-RAY DIFFRACTION95.96
2.29-2.390.20651390.19931450X-RAY DIFFRACTION96.65
2.39-2.520.26381430.20871445X-RAY DIFFRACTION97.36
2.52-2.680.2181440.20561469X-RAY DIFFRACTION97.94
2.68-2.880.2431510.22671480X-RAY DIFFRACTION98.31
2.88-3.170.25061420.22571450X-RAY DIFFRACTION97.79
3.17-3.630.22331450.19651505X-RAY DIFFRACTION98.68
3.63-4.570.18621490.15981508X-RAY DIFFRACTION99.1
4.58-43.590.20251590.17791534X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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