PDB-7y7n: Crystal structure of DUF371 domain-containing protein from Methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y7n

タイトル

Crystal structure of DUF371 domain-containing protein from Methanobrevibacter ruminantium

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / unknow function

機能・相同性

Protein of unknown function DUF371 / Mth639-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF371) / DUF371 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanobrevibacter ruminantium (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.764 Å

データ登録者

Yang, Q. / Lai, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DUF371 domain-containing protein from methanobrevibacter ruminantium
著者: Yang, Q. / Lai, Z.

履歴

登録	2022年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y7n.cif.gz	67.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y7n.ent.gz	47.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y7n_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y7n_full_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示
XML形式データ	7y7n_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	7y7n_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cbnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.354, 47.354, 135.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-251- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 15417.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobrevibacter ruminantium (古細菌) 株: ATCC 35063 / DSM 1093 / JCM 13430 / OCM 146 / M1 / 遺伝子: mru_1462 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: D3E451
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12.00% w/v Polyethylene glycol 8,000,5.00% w/v Glycerol,100 mM Potassium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→44.72 Å / Num. obs: 16164 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 1.597 / Num. unique obs: 864 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.763 / R_rim(I) all: 0.098

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3cbn

3cbn

解像度: 1.764→44.716 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 3.099 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	781	4.876 %
R_work	0.224	15235	-
all	0.226	-	-
obs	-	16016	99.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.011 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.022 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.764→44.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	0	52	1128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.629	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.412	1.598	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.39	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.028	25.102	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.188	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.934	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.536	2.987	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.531	2.987	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.251	4.472	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.249	4.472	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.03	3.504	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.03	3.504	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.078	5.037	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.074	5.036	784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.192	35.848	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.194	35.618	1105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.764-1.809	0.364	50	0.278	1094	0.281	1148	0.793	0.837	99.6516	0.255
1.809-1.859	0.317	48	0.275	1073	0.277	1124	0.804	0.849	99.7331	0.251
1.859-1.913	0.285	66	0.251	1030	0.254	1096	0.877	0.878	100	0.22
1.913-1.972	0.258	55	0.242	1021	0.243	1076	0.886	0.896	100	0.218
1.972-2.036	0.259	43	0.235	965	0.236	1009	0.922	0.909	99.9009	0.214
2.036-2.107	0.224	47	0.223	959	0.223	1007	0.937	0.92	99.9007	0.202
2.107-2.187	0.284	51	0.231	913	0.233	964	0.921	0.926	100	0.209
2.187-2.276	0.346	37	0.229	905	0.233	942	0.85	0.912	100	0.21
2.276-2.377	0.326	51	0.239	859	0.243	910	0.87	0.899	100	0.219
2.377-2.492	0.24	27	0.219	835	0.22	862	0.929	0.933	100	0.206
2.492-2.627	0.305	52	0.223	782	0.228	835	0.925	0.933	99.8802	0.212
2.627-2.785	0.368	33	0.236	750	0.242	783	0.871	0.919	100	0.226
2.785-2.977	0.284	45	0.236	691	0.238	736	0.928	0.924	100	0.235
2.977-3.214	0.228	32	0.218	663	0.219	695	0.937	0.94	100	0.228
3.214-3.519	0.2	25	0.213	620	0.213	645	0.954	0.95	100	0.237
3.519-3.932	0.157	27	0.188	572	0.186	599	0.969	0.964	100	0.217
3.932-4.534	0.227	29	0.19	489	0.192	519	0.951	0.966	99.8073	0.228
4.534-5.539	0.317	26	0.201	439	0.206	465	0.935	0.966	100	0.262
5.539-7.774	0.257	22	0.274	350	0.273	372	0.941	0.932	100	0.337
7.774-44.716	0.402	14	0.268	225	0.276	241	0.893	0.935	99.1701	0.351

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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