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- PDB-7y6m: Intracellular Subtilisin from Bacillus sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y6m
タイトルIntracellular Subtilisin from Bacillus sp.
要素Intracellular serine protease
キーワードHYDROLASE
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Hussin, N. / Jamaluddin, H. / Jonet, M.A.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) マレーシア
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Intracellular Subtilisin from Bacillus sp.
著者: Hussin, N. / Jamaluddin, H. / Jonet, M.A.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2022年7月20日ID: 7XAS
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Intracellular serine protease
D: Intracellular serine protease
A: Intracellular serine protease
B: Intracellular serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,36910
ポリマ－146,9964
非ポリマー3736
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration chromatography analysis consistently shows the target protein at dimeric size
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.057, 78.778, 113.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Intracellular serine protease


分子量: 36749.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank MN807299
由来: (組換発現) Bacillus sp. (in: Bacteria) (バクテリア)
株: B1 / 遺伝子: intracellular serine protease / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PROTEIN: 25 mM Tris-HCl, 50 mM Nacl, 1 mM CaCl2 MOTHER LIQUOR: 25% PEG3350, 8% Tacsimate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 16072 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.264 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 48642
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.752.70.4217710.7240.3030.5221.23797.7
2.75-2.82.70.3527860.8380.2550.4371.08898.2
2.8-2.852.80.3137810.8580.2220.3861.00398.2
2.85-2.912.90.3027850.8890.2090.3690.91997.9
2.91-2.972.90.2447790.9240.1650.2970.93498.7
2.97-3.042.90.2098010.950.140.2530.85998.6
3.04-3.1230.1717720.960.1140.2070.8999.1
3.12-3.23.10.1598040.9750.1040.1911.00898.8
3.2-3.33.10.1338070.9830.0870.160.95299.8
3.3-3.43.20.1398050.9770.090.1661.11699.5
3.4-3.523.20.1367940.9820.0890.1641.61198.6
3.52-3.663.20.097930.9820.0580.1071.71699.4
3.66-3.833.20.0768130.9820.050.0911.78199.8
3.83-4.033.10.0977990.9630.0650.1171.9198.8
4.03-4.283.20.0658280.9920.0430.0781.42999.8
4.28-4.623.20.0558250.9920.0360.0661.93399.8
4.62-5.083.20.0468170.9960.030.0551.09899.6
5.08-5.813.10.0548180.9960.0360.0650.97698.9
5.81-7.313.10.0488400.9960.0320.0581.13998.4
7.31-402.80.0298540.9980.020.0361.37393.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000v714nデータ削減
HKL-3000v714n位相決定
HKL-3000v714nデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F9M

6f9m


解像度: 2.703→30.051 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 784 4.92 %RANDOM
Rwork0.1892 15158 --
obs0.1928 15942 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.8 Å2 / Biso mean: 31.9955 Å2 / Biso min: 9.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.703→30.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 18 117 4553
Biso mean--28.98 25.78 -
残基数----594
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.703-2.8720.35371270.2505245498
2.872-3.09350.29221330.216250399
3.0935-3.40440.26441420.2145250099
3.4044-3.89620.32571230.1876249998
3.8962-4.90530.23651040.1643257798
4.9053-30.0510.19581550.1687262598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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