PDB-7y6a: Crystal structure of Chicken Egg Lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y6a

タイトル

Crystal structure of Chicken Egg Lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / cell / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

DeMirci, H.

資金援助

トルコ, 1件

引用

ジャーナル: Turk J Biol / 年: 2023
タイトル: Cryogenic X-ray crystallographic studies of biomacromolecules at Turkish Light Source " Turkish DeLight ".
著者: Atalay, N. / Akcan, E.K. / Gul, M. / Ayan, E. / Destan, E. / Ertem, F.B. / Tokay, N. / Cakilkaya, B. / Nergiz, Z. / Karakadioglu, G. / Kepceoglu, A. / Yapici, I. / Tosun, B. / Baldir, N. / ...

履歴

登録	2022年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y6a.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y6a.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y6a_validation.pdf.gz	722.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y6a_full_validation.pdf.gz	722.2 KB	表示
XML形式データ	7y6a_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	7y6a_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/7y6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/7y6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ijvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.350, 77.350, 38.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-346- HOH
2	1	A-425- HOH
3	1	A-433- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.85 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.09 M HEPES-NaOH pH 7.5, 1.26 M sodium citrate tribasic dihydrate, 10% v/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→24.46 Å / Num. obs: 19182 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2 % / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.5→1.78 Å / R_rim(I) all: 0.328

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX	dev_3318	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
CrysalisPro		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IJV

3ijv

解像度: 1.5→24.46 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	679	3.54 %
R_work	0.2218	18503	-
obs	0.2231	19182	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.44 Å² / B_iso mean: 18.9246 Å² / B_iso min: 3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→24.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	990	0	0	134	1124
B_iso mean	-	-	-	27.82	-
残基数	-	-	-	-	128

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.6158	0.2752	130	0.2275	3557	97
1.6158-1.7784	0.2723	133	0.2265	3606	99
1.7784-2.0356	0.2269	135	0.2206	3689	99
2.0356-2.5642	0.2782	136	0.2275	3721	100
2.5642-24.46	0.2475	145	0.2173	3930	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2144	-0.1415	0.3529	2.3155	0.0133	2.5595	0.2154	0.2855	0.0657	0.0244	-0.3737	-0.3448	-0.1229	0.1473	0.1221	0.1309	-0.0052	0.0328	0.1494	0.0772	0.1658	7.7338	-15.6604	-8.5131
2	7.5515	2.8155	2.2701	8.6456	2.1738	1.0643	-0.1188	0.0492	0.005	0.1886	-0.1721	-0.5903	-0.2425	0.4268	0.2205	0.0926	-0.0114	-0.0141	0.142	0.0851	0.1825	12.1686	-24.6738	2.3138
3	4.794	-0.9324	1.1848	2.5532	0.2315	1.4729	0.0102	0.0314	0.0122	0.0432	-0.089	0.025	0.0115	-0.0372	0.0758	0.0978	-0.0015	0.0215	0.1001	0.0239	0.0948	2.3462	-24.2837	-4.8834
4	1.98	-0.7735	-1.9662	1.5102	-0.0889	7.2431	-0.0649	0.1952	-0.2371	0.0514	-0.0014	0.2771	0.2005	-0.4026	0.0619	0.1072	0.0237	0.017	0.0956	0.0315	0.1831	-9.322	-17.2183	-0.4406
5	3.7251	-5.0997	-2.7055	7.2873	3.4892	5.4303	-0.1553	-0.3782	-0.1006	0.2037	0.2368	-0.1021	0.3095	0.2642	-0.0558	0.1209	0.0269	0.011	0.0987	0.01	0.086	-4.9191	-16.865	1.826
6	6.483	-4.545	2.5519	6.2235	-0.912	4.3374	-0.3317	-0.5503	-0.1165	0.4717	0.2325	0.1775	0.2462	-0.3488	0.0591	0.1791	0.0196	0.0275	0.1705	0.0148	0.1286	-7.4504	-15.1793	10.9399
7	6.1166	-0.0298	0.4778	2.2986	0.5046	5.3592	-0.1614	-0.7898	0.0242	0.285	0.0473	-0.1456	0.0751	-0.0682	0.0776	0.1784	0.0438	-0.0214	0.1822	0.0134	0.1178	-4.4903	-13.5087	14.4594
8	2.4749	-1.0602	-2.4776	0.511	1.1892	2.748	0.0199	0.1612	0.37	-0.1663	-0.0364	-0.1977	-0.3226	-0.0105	0.0112	0.1827	0.008	-0.008	0.1383	0.0422	0.2415	-0.4802	-8.8029	0.7119
9	7.5013	1.1442	-1.7744	5.8818	-3.6097	5.9843	0.0788	-0.2722	0.1445	0.6118	-0.1278	-0.2565	-0.2919	0.1832	0.0427	0.1195	0.0024	-0.0338	0.1022	-0.0138	0.1065	5.8225	-17.0059	6.4225
10	9.2912	-0.7106	1.7766	3.4805	0.7179	4.1837	-0.0488	-0.4288	-0.0539	0.7061	0.1452	0.0673	-0.1873	-0.3002	-0.0835	0.1747	0.0231	0.0214	0.1025	0.0205	0.0975	2.1733	-27.4383	7.4799
11	6.2293	-0.9353	3.0443	7.3183	1.8181	2.2154	0.1163	-0.4512	0.1167	0.38	-0.122	0.2474	0.212	-0.3757	-0.0047	0.0706	-0.0121	0.0127	0.1237	-0.01	0.0952	-2.5158	-30.9131	-0.7424
12	2.4547	1.7417	-2.6929	3.4426	-1.7201	4.6754	-0.1552	-0.0397	-0.1155	-0.3007	-0.116	-0.4577	0.4181	0.4094	0.2627	0.1282	0.0432	0.0347	0.1185	0.0181	0.1257	5.5951	-31.7792	-7.7154
13	9.2263	0.8911	1.1965	7.5904	2.2532	8.1769	-0.1577	0.906	-0.3189	-0.9645	-0.0171	-0.6804	0.0633	0.477	0.1145	0.1904	0.0456	0.0901	0.3324	-0.0354	0.2128	11.2259	-23.8195	-15.2585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )	A	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 24 )	A	16 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 36 )	A	25 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 37 through 50 )	A	37 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 58 )	A	51 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 59 through 68 )	A	59 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 69 through 78 )	A	69 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 79 through 88 )	A	79 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 89 through 100 )	A	89 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 101 through 108 )	A	101 - 108
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 109 through 114 )	A	109 - 114
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 115 through 123 )	A	115 - 123
13	X-RAY DIFFRACTION	13	((chain 'A' and resid 124 through 128) or (chain 'A' and resid 201))	A	124 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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