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- PDB-7y5m: The OTU domain of Tacheng Tick Virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y5m
タイトルThe OTU domain of Tacheng Tick Virus 1
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / membrane
類似検索 - 分子機能
: / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Tacheng Tick Virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, Z. / Wang, W.J. / Xiao, Y.S. / Sun, L.T.
資金援助7件
組織認可番号国
Other governmentJCYJ20190807155011406
Other governmentKQTD20180411143323605
Other governmentGXWD20201231165807008
Other government20200825113322001
Other governmentJSGG20200225152008136
Other government2021B1515020047
Other government31971147
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The OTU domain of Tacheng Tick Virus 1
著者: Li, Z. / Wang, W.J. / Xiao, Y.S. / Sun, L.T.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2301
ポリマ－19,2301
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.747, 58.110, 59.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / Replicase / Transcriptase


分子量: 19229.670 Da / 分子数: 1 / 断片: OTU domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tacheng Tick Virus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B5KXW6, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000,Lithium sulfate monohydrate,MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 27019 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 13.54 Å2 / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Num. unique obs: 2598 / CC1/2: 0.813

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PHU

3phu


解像度: 1.5→18.75 Å / SU ML: 0.1667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 1330 4.99 %
Rwork0.1977 25315 -
obs0.1993 26645 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1237 0 0 136 1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89541730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0088166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.560.28051300.2252529X-RAY DIFFRACTION90.53
1.56-1.630.23831540.21412767X-RAY DIFFRACTION98.05
1.63-1.720.24991430.21092769X-RAY DIFFRACTION98.48
1.72-1.820.22861570.20932783X-RAY DIFFRACTION99.12
1.82-1.970.24021350.19262848X-RAY DIFFRACTION99.5
1.97-2.160.21651330.19122855X-RAY DIFFRACTION99.77
2.16-2.470.2221660.19662849X-RAY DIFFRACTION99.83
2.47-3.120.24331560.20582895X-RAY DIFFRACTION99.97
3.12-18.750.21881560.18713020X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.24717073409 Å / Origin y: 12.8360933563 Å / Origin z: -15.7325286471 Å
111213212223313233
T0.0967446039851 Å2-0.00674586569498 Å2-0.00686224479664 Å2-0.0796758486331 Å2-0.0112718192053 Å2--0.0745852678195 Å2
L1.95752428963 °2-0.232468188867 °2-0.0955345200466 °2-1.07196926741 °2-0.0640592443713 °2--0.9169876386 °2
S0.0388086394448 Å °-0.0646230837291 Å °-0.0103469219921 Å °0.0346926318353 Å °-0.00876414405034 Å °-0.0132570850206 Å °-0.0193013678648 Å °0.021683173754 Å °-0.0264669192785 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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