PDB-7y57: Crystal structure of NS1 nuclease domain in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y57

タイトル

Crystal structure of NS1 nuclease domain in P21 space group

要素

NS1 protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / NS1 / nuclease domain

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication / endonuclease activity / DNA replication / host cell nucleus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.183 Å

データ登録者

Zhang, X.Y. / Gan, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Structures and implications of the nuclease domain of human parvovirus B19 NS1 protein.
著者: Zhang, Y. / Shao, Z. / Gao, Y. / Fan, B. / Yang, J. / Chen, X. / Zhao, X. / Shao, Q. / Zhang, W. / Cao, C. / Liu, H. / Gan, J.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y57.cif.gz	148.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y57.ent.gz	115.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y57_validation.pdf.gz	782.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y57_full_validation.pdf.gz	784.6 KB	表示
XML形式データ	7y57_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	7y57_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y56SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (2) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NS1 protein

B: NS1 protein

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS1 protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NS1 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.538, 71.716, 56.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 2 through 41 or resid 43 through 172))
2	1	(chain B and (resid 2 through 41 or resid 43 through 172))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ASN	ASN	(chain A and (resid 2 through 41 or resid 43 through 172))	A	A	2 - 41	3 - 42
1	2	LEU	LEU	GLY	GLY	(chain A and (resid 2 through 41 or resid 43 through 172))	A	A	43 - 172	44 - 173
2	1	GLU	GLU	ASN	ASN	(chain B and (resid 2 through 41 or resid 43 through 172))	B	B	2 - 41	3 - 42
2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	(chain B and (resid 2 through 41 or resid 43 through 172))	B	B	43 - 172	44 - 173

#1: タンパク質	NS1 protein 分子量: 19997.445 Da / 分子数: 2 / 断片: nuclease domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human parvovirus B19 (B19 ウイルス) 遺伝子: NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75U85
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ammonium sulfate (dibasic) and HEPES/Sodium hydroxide pH 7.5 buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 34825 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 0.642 / Net I/σ(I): 3.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	2.3	0.382	1457	0.884	0.265	0.467	0.468	84
2.24-2.28	2.3	0.387	1624	0.81	0.28	0.48	0.449	89.5
2.28-2.32	2.5	0.325	1639	0.909	0.227	0.398	0.455	94.1
2.32-2.37	2.8	0.429	1736	0.316	0.291	0.521	0.526	97.7
2.37-2.42	3	0.33	1802	0.911	0.215	0.395	0.443	99.2
2.42-2.48	3.2	0.301	1745	0.923	0.194	0.359	0.441	99.4
2.48-2.54	3.3	0.263	1765	0.938	0.168	0.313	0.455	99.7
2.54-2.61	3.3	0.258	1774	0.951	0.163	0.306	0.463	99.6
2.61-2.69	3.4	0.253	1762	0.937	0.162	0.301	0.451	99.8
2.69-2.77	3.2	0.22	1778	0.963	0.146	0.265	0.48	99.7
2.77-2.87	3.3	0.201	1787	0.955	0.131	0.241	0.545	99.7
2.87-2.99	3.6	0.182	1760	0.959	0.112	0.214	0.505	99.8
2.99-3.12	3.6	0.135	1784	0.98	0.083	0.158	0.513	99.8
3.12-3.29	3.6	0.121	1736	0.979	0.075	0.142	0.568	100
3.29-3.49	3.5	0.099	1779	0.977	0.063	0.117	0.615	99.9
3.49-3.76	3.3	0.079	1784	0.988	0.052	0.094	0.563	100
3.76-4.14	3.6	0.07	1790	0.993	0.043	0.082	0.651	100
4.14-4.74	3.6	0.064	1768	0.983	0.04	0.076	0.97	100
4.74-5.97	3.4	0.062	1774	0.987	0.04	0.073	0.896	100
5.97-50	3.5	0.072	1781	0.945	0.047	0.086	1.932	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Y56

7y56

解像度: 2.183→43.454 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	855	4.75 %
R_work	0.223	17155	-
obs	0.2248	18010	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.06 Å² / B_iso mean: 37.8615 Å² / B_iso min: 17.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.183→43.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2716	0	5	41	2762
B_iso mean	-	-	67.22	34.01	-
残基数	-	-	-	-	342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	3816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.434	2236

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1488	X-RAY DIFFRACTION	10.007	TORSIONAL
1	2	B	1488	X-RAY DIFFRACTION	10.007	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2-2.3193	0.3495	134	0.2935	2647	92
2.3193-2.4984	0.3103	131	0.2685	2877	100
2.4984-2.7498	0.2923	142	0.2581	2902	100
2.7498-3.1476	0.2836	131	0.2427	2907	100
3.1476-3.9652	0.245	156	0.2116	2897	100
3.9652-30	0.2213	161	0.1873	2925	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 50.9496 Å / Origin y: -52.3411 Å / Origin z: 14.7626 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2222 Å²	-0.0073 Å²	0.0015 Å²	-	0.2095 Å²	0.0002 Å²	-	-	0.1978 Å²
L	0.3618 °²	-0.1269 °²	-0.0639 °²	-	0.9021 °²	0.286 °²	-	-	0.4965 °²
S	-0.0008 Å °	-0.0161 Å °	0.0283 Å °	-0.0987 Å °	0.0292 Å °	-0.0768 Å °	-0.0167 Å °	0.0196 Å °	-0.0304 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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