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- PDB-7y52: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Enterococcus faecium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y52
タイトルCrystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Enterococcus faecium
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Pandey, R. / Zohib, M. / Mundra, S. / Pal, R.K. / Arora, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)CSIR FBR MLP 2029 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Characterization of structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Enterococcus faecium and its inhibition by a pyrrolinone compound.
著者: Pandey, R. / Kaul, G. / Akhir, A. / Saxena, D. / Shukla, M. / Mundra, S. / Zohib, M. / Singh, S. / Pal, R.K. / Tripathi, S. / Jain, A. / Chopra, S. / Arora, A.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年8月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6837
ポリマ－42,3732
非ポリマー3105
水5,170287
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3394
ポリマ－21,1861
非ポリマー1523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3453
ポリマ－21,1861
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.821, 74.835, 63.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.851, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 32 or resid 36...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 27 or (resid 28...

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.542150362211, 0.831006460188, 0.124504007487), (0.819821603405, 0.490613355978, 0.295281346392), (0.184297377479, 0.262157963949, -0.94726325728)ベクター: 3. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.542150362211, 0.831006460188, 0.124504007487), (0.819821603405, 0.490613355978, 0.295281346392), (0.184297377479, 0.262157963949, -0.94726325728)
ベクター: 3.63770874527, -7.80025788682, 31.6206241915)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 21186.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: pth, GKZ95_07520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: A0A6A8NIM3, peptidyl-tRNA hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 292分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 15% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→35 Å / Num. obs: 26521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 26.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.433 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 193162
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.92-1.997.10.29226170.9680.1180.3160.876100
1.99-2.077.20.21526380.9820.0860.2320.927100
2.07-2.167.20.16126430.990.0650.1741.038100
2.16-2.287.20.15426710.990.0620.1661.535100
2.28-2.427.30.10826320.9950.0430.1161.194100
2.42-2.617.30.0926380.9960.0360.0971.293100
2.61-2.877.40.07226520.9970.0280.0771.494100
2.87-3.287.40.05326580.9990.0210.0571.797100
3.28-4.137.40.04526620.9990.0180.0482.369100
4.13-357.40.03327100.9990.0130.0361.73299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YLY

4yly


解像度: 1.92→23.78 Å / SU ML: 0.2139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1332 5.03 %
Rwork0.184 25167 -
obs0.1865 26499 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→23.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2904 0 18 287 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27764126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3271420
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.15671934982 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.990.32341050.25082216X-RAY DIFFRACTION86.86
1.99-2.070.31251540.24052515X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.170.31391350.23422545X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.280.31161400.22682542X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.420.27221400.21652524X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.610.28211400.20782533X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.870.22891060.20582571X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.290.2331240.19122575X-RAY DIFFRACTION100
3.29-4.140.2171430.15442548X-RAY DIFFRACTION100
4.14-23.780.15761450.13812598X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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