PDB-7y51: Acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y51

タイトル

Acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis TTE0866 delta100 mutant

要素

Predicted xylanase/chitin deacetylase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Acetylxylan esterase (アセチルキシランエステラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Sasamoto, K. / Himiyama, T. / Moriyoshi, K. / Ohmoto, T. / Uegaki, K. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K06616	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15403	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05740	日本

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2022
タイトル: Functional analysis of the N-terminal region of acetylxylan esterase from Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis.
著者: Sasamoto, K. / Himiyama, T. / Moriyoshi, K. / Ohmoto, T. / Uegaki, K. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年10月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y51.cif.gz	56.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y51.ent.gz	36.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fbwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Predicted xylanase/chitin deacetylase

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted xylanase/chitin deacetylase

ヘテロ分子

A: Predicted xylanase/chitin deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.090, 106.400, 117.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Predicted xylanase/chitin deacetylase / Acetylxylan esterase 分子量: 22974.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア) 株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: Cda1, TTE0866 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBF4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl (pH8.0) 100 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→39.91 Å / Num. obs: 14957 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / R_merge(I) obs: 0.912 / Num. unique obs: 1651 / CC_1/2: 0.84
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FBW

7fbw

解像度: 2.45→39.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 5.681 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2301	722	4.827 %
R_work	0.1907	14234	-
all	0.193	-	-
obs	-	14956	99.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.227 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.066 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.036 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→39.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1488	0	7	34	1529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.642	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.344	1.579	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.524	5	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.021	24.179	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.027	15	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.244	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	776
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.106	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.284	3.66	743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.212	3.654	742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.507	5.478	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.521	5.481	928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.99	4.328	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.987	4.33	786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.727	6.23	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.724	6.232	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.89	43.261	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.89	43.287	1635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.514	0.296	52	0.265	1041	X-RAY DIFFRACTION	99.8174
2.514-2.582	0.266	47	0.257	1029	X-RAY DIFFRACTION	99.9072
2.582-2.657	0.29	55	0.228	961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.657-2.739	0.246	54	0.225	964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.739-2.829	0.29	31	0.207	928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-2.928	0.281	48	0.199	888	X-RAY DIFFRACTION	99.8933
2.928-3.038	0.202	54	0.205	856	X-RAY DIFFRACTION	99.8902
3.038-3.162	0.269	41	0.216	849	X-RAY DIFFRACTION	99.8878
3.162-3.302	0.262	47	0.204	786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.302-3.463	0.262	31	0.211	771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.463-3.65	0.251	48	0.208	719	X-RAY DIFFRACTION	99.8698
3.65-3.871	0.285	34	0.205	704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.871-4.138	0.192	34	0.166	659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.138-4.468	0.187	29	0.152	608	X-RAY DIFFRACTION	99.8433
4.468-4.893	0.142	28	0.121	571	X-RAY DIFFRACTION	100
4.893-5.468	0.23	21	0.163	518	X-RAY DIFFRACTION	99.8148
5.468-6.309	0.261	19	0.185	472	X-RAY DIFFRACTION	100
6.309-7.714	0.195	18	0.155	408	X-RAY DIFFRACTION	100
7.714-10.858	0.112	21	0.12	309	X-RAY DIFFRACTION	100
10.858-39.91	0.416	10	0.266	193	X-RAY DIFFRACTION	97.5962

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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