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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y50 | ||||||
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タイトル | Class I diterpene synthase (CyS) from Streptomyces cattleya | ||||||
![]() | Putative glutamate dehydrogenase/leucine dehydrogenase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Class I diterpene synthase (CyS) from Streptomyces cattleya | ||||||
機能・相同性 | cattleyene synthase / : / terpene synthase activity / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / metal ion binding / Cattleyene synthase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xing, B. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Based Mutagenesis of Cattleyene Synthase Leads to the Generation of Rearranged Polycyclic Diterpenes. 著者: Xing, B. / Xu, H. / Li, A. / Lou, T. / Xu, M. / Wang, K. / Xu, Z. / Dickschat, J.S. / Yang, D. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y87C ![]() 7y88C ![]() 6tbdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42050.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057 遺伝子: SCATT_p16530 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1000 mM Sodium citrate tribasic and 100 mM Sodium cacodylate / Hydrochloric acid pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→65.85 Å / Num. obs: 34083 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 4818 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6tbd 解像度: 2→49.95 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.96 Å2 / Biso mean: 17.7014 Å2 / Biso min: 4.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→49.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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