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- PDB-7y4r: Structure of RclX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y4r
タイトルStructure of RclX
要素CMD domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / peroxiredoxins / detoxification
機能・相同性Alkylhydroperoxidase AhpD core / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / peroxiredoxin activity / oxidoreductase activity / LYSINE / HYDROGEN PEROXIDE / Carboxymuconolactone decarboxylase-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Ki, N. / Ha, N.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the putative HOCl and HOSCN-responsive peroxiredoxin RclX from Pseudomonas aeruginosa
著者: Ki, N. / Ha, N.C.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMD domain-containing protein
B: CMD domain-containing protein
C: CMD domain-containing protein
D: CMD domain-containing protein
E: CMD domain-containing protein
F: CMD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,09913
ポリマ－70,6356
非ポリマー4647
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27950 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.170, 92.710, 96.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
CMD domain-containing protein


分子量: 11772.451 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA0565
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I5X1
#2: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H15N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 15.5% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23999 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 30.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 174870
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.80.3769720.7790.1850.4230.81780.4
2.54-2.593.70.39210790.7350.2040.4450.82287
2.59-2.6440.35711020.8010.1780.4020.83591
2.64-2.694.60.35311370.8340.1620.3910.87293.4
2.69-2.754.80.33511820.8780.1560.3720.86796.6
2.75-2.825.50.33912010.9060.1440.3710.94697.6
2.82-2.896.20.34511870.8980.1390.3740.94197.3
2.89-2.966.60.32611950.9140.1260.3510.97898.9
2.96-3.056.80.3111970.9360.1180.3331.06298.2
3.05-3.157.30.27312110.960.10.2911.04198.9
3.15-3.267.40.26412380.9680.0960.2821.09299
3.26-3.397.80.23912080.9720.0850.2551.13399.2
3.39-3.558.20.20312370.9820.070.2151.13999.4
3.55-3.738.70.17212260.9880.0580.1821.15799.7
3.73-3.978.90.15212280.9870.050.161.15399.7
3.97-4.279.30.12712550.9930.0410.1341.11499.7
4.27-4.790.11512320.9940.0380.1211.04299.7
4.7-5.388.70.10712670.9930.0370.1140.92299.3
5.38-6.7810.50.10112830.9960.0310.1050.82899.7
6.78-5011.40.07413620.9980.0220.0770.77599.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DIP

5dip


解像度: 2.51→37.61 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.23 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1103 5.18 %
Rwork0.2065 20175 -
obs0.2095 21278 85.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.09 Å2 / Biso mean: 31.8604 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→37.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4779 0 28 53 4860
Biso mean--42.2 32.83 -
残基数----652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.51-2.620.3217630.24151230129343
2.62-2.760.31781030.23251830193363
2.76-2.930.34911550.23442435259085
2.93-3.160.2621320.21942842297497
3.16-3.470.28631490.21512911306099
3.47-3.980.26221720.192429123084100
3.98-5.010.21621720.181929583130100
5.01-37.610.25161570.20573057321498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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