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- PDB-7y4n: Insight into the C-terminal SH3 domain mediated binding of Drosop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y4n
タイトルInsight into the C-terminal SH3 domain mediated binding of Drosophila Drk to Sos and Dos
要素Growth factor receptor-bound protein 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / NMR spectroscopy / SH3 / Drosophila / Adapter protein
機能・相同性
機能・相同性情報


sevenless binding / PI3K Cascade / Downstream signal transduction / Generation of second messenger molecules / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / RET signaling / Erythropoietin activates RAS ...sevenless binding / PI3K Cascade / Downstream signal transduction / Generation of second messenger molecules / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / RET signaling / Erythropoietin activates RAS / FLT3 Signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SOS-mediated signalling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signalling to RAS / DAP12 signaling / SHC-related events triggered by IGF1R / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / FCERI mediated MAPK activation / PIP3 activates AKT signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / torso signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / tracheal outgrowth, open tracheal system / R7 cell fate commitment / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of signaling by CBL / sevenless signaling pathway / RHOU GTPase cycle / EGFR downregulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / epithelial cell migration, open tracheal system / follicle cell of egg chamber development / Clathrin-mediated endocytosis / imaginal disc-derived wing morphogenesis / short-term memory / olfactory learning / COP9 signalosome / epidermal growth factor receptor binding / associative learning / regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell size / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / phosphotyrosine residue binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / sensory perception of sound / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / insulin receptor signaling pathway / presynapse / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signal transduction / protein-containing complex / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Grb2-like / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Pooppadi, M.S. / Ikeya, T. / Sugasawa, H. / Watanabe, R. / Mishima, M. / Inomata, K. / Ito, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyCREST; JPMJCR13M3 日本
Other governmentTokyo Human Resources Fund for City Diplomacy
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP26102538,JP19H05773 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Insight into the C-terminal SH3 domain mediated binding of Drosophila Drk to Sos and Dos.
著者: Sayeesh, P.M. / Ikeya, T. / Sugasawa, H. / Watanabe, R. / Mishima, M. / Inomata, K. / Ito, Y.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9141
ポリマ－6,9141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, distance restraints derived from NOESYs dihedral angle restraints derived from chemical shifts hydrogen bond restraints supported by 3j-HNCO
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 2 / Downstream of receptor kinase / Protein enhancer of sevenless 2B


分子量: 6913.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: drk / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08012

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic113C-separated NOESY
171isotropic115N-sperated NOESY
2122isotropic12D 1H-15N HSQC
1141isotropic13D HNCO
1151isotropic13D HN(CA)CO
1161isotropic13D HNCA
1171isotropic13D HN(CO)CA
1131isotropic13D CBCA(CO)NH
1181isotropic13D CBCANH
1191isotropic13D CC(CO)NH
1201isotropic13D H(CCO)NH
1211isotropic13D 1H-15N TOCSY
1221isotropic13D 1H-15N COSY
1231isotropic13D TROSY HNCO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] the C-terminal SH3 domain of Drosophila, 90% H2O/10% D2O13C15N_Sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 15N] the C-terminal SH3 domain of Drosophila, 90% H2O/10% D2O15N_Sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMthe C-terminal SH3 domain of Drosophila[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMthe C-terminal SH3 domain of Drosophila[U-100% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM13C15N_Sample7.4AMBIENT atm298 K
2100 mM15N_Sample7.4AMBIENT atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Azara2.8Boucher, W.解析
CcpNmr Analysis2.5.1CCPNchemical shift assignment
CYANA3.98Guntert, P., Mumenthaler, C., and Wuthrich, K.structure calculation
TopSpin3.5 PL7Bruker Biospincollection
OPALpLuginbuhl, R., Guntert, P., Billeter, M., and Wuthrich, K.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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