PDB-7y4e: Crystal structure of DUSP10 mutant_N130A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y4e

タイトル

Crystal structure of DUSP10 mutant_N130A

要素

Dual specificity protein phosphatase 10

キーワード

HYDROLASE / Dual specificity protein phosphatase 10 / MAP kinase phosphatase 5

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of oligodendrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Hu, I.C. / Lyu, P.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DUSP10 mutant_N130A
著者: Hu, I.C. / Lyu, P.C.

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y4e.cif.gz	226.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y4e.ent.gz	152.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7y4e_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y4e_full_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示
XML形式データ	7y4e_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	7y4e_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/7y4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/7y4e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1zzwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Dual specificity protein phosphatase 10

B: Dual specificity protein phosphatase 10

34.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dual specificity protein phosphatase 10

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity protein phosphatase 10

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.420, 41.156, 55.742
Angle α, β, γ (deg.)	95.760, 99.680, 117.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5 分子量: 17080.545 Da / 分子数: 2 / 変異: N130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5

分子量: 17080.545 Da / 分子数: 2 / 変異: N130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 27.5% (w/v) PEG 3000, 100 mM Tris base /Hydrochloric acid, 175mM Calcium acetate PH範囲: 6.8-7.2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 20095 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.201
反射シェル	解像度: 1.93→2.01 Å / R_merge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.159 / Num. unique obs: 20048

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZZW

1zzw

解像度: 1.93→26.91 Å / SU ML: 0.2204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.6436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2331	1983	9.89 %
R_work	0.1951	18065	-
obs	0.1988	20048	89.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→26.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2402	0	0	130	2532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0142	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.285	3318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0661	366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0114	432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.7869	324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.98	0.2735	103	0.2516	989	X-RAY DIFFRACTION	67.16
1.98-2.03	0.2839	148	0.2458	1177	X-RAY DIFFRACTION	83.7
2.04-2.09	0.3231	135	0.2437	1326	X-RAY DIFFRACTION	90.13
2.09-2.16	0.2773	166	0.2264	1352	X-RAY DIFFRACTION	93.82
2.16-2.24	0.2604	141	0.2297	1371	X-RAY DIFFRACTION	95.58
2.24-2.33	0.2825	150	0.2172	1401	X-RAY DIFFRACTION	95.27
2.33-2.44	0.251	162	0.2209	1394	X-RAY DIFFRACTION	95.69
2.44-2.56	0.3211	137	0.2103	1354	X-RAY DIFFRACTION	95.39
2.56-2.72	0.2649	156	0.2068	1379	X-RAY DIFFRACTION	94.35
2.72-2.93	0.2744	151	0.2048	1361	X-RAY DIFFRACTION	93.56
2.93-3.23	0.2458	144	0.2047	1331	X-RAY DIFFRACTION	91.96
3.23-3.69	0.208	133	0.1741	1254	X-RAY DIFFRACTION	87.12
3.7-4.65	0.1697	129	0.1539	1213	X-RAY DIFFRACTION	82.79
4.66-26.91	0.2091	128	0.1879	1163	X-RAY DIFFRACTION	80.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.621780766157	0.247933783217	0.47303837231	0.64217323466	0.566344868128	1.43637799009	0.0307724278685	-0.160199281504	0.158810461097	-0.0341585852355	-0.330254028835	0.158270869603	-0.0301301778982	-0.813392805316	0.000910330845837	0.31398226492	-0.0142825928621	-0.00688957336107	0.500570721489	-0.036396864759	0.29760217112	-8.63503169194	-0.589966593062	6.60188052936
2	1.08188200577	-0.47188500884	0.222988153199	0.330099809039	0.391879504675	2.25216155808	0.0749560261161	0.185758454116	0.0372219505187	0.422261058637	0.174057407501	-0.338712675357	0.223558668504	0.16052490749	8.80526261542E-5	0.339309013417	-0.0272950202175	-0.0351247700272	0.337493864647	0.00346251890448	0.320646736558	6.37601144865	-2.25873229167	5.08325590183
3	1.12265432889	0.991679328561	0.947006834987	1.12525243003	1.51045565505	2.578404108	-0.0533080589363	0.0617408195475	-0.0302211227571	-0.11744082199	0.0213091964622	-0.0389025646079	-0.165421166603	-0.100439583164	-0.000481406397184	0.26760357409	-0.0188161210889	-0.00350556093072	0.27258757345	0.0322271954265	0.259206817238	0.783022181878	-1.02379786544	-4.99054682612
4	0.27776419448	-0.310912759176	0.246205917974	0.707528593301	-1.28934255794	4.64641901433	0.189455515366	0.655073568245	-0.208164238923	0.0255450558467	0.0975298707341	-0.784569120394	-0.580087884843	1.24506171816	0.0803734823523	0.20036268997	-0.0489405672074	0.0190036295211	0.49976315846	-0.126438961139	0.450368134537	14.5652926855	-1.45710732173	-5.67444852396
5	0.412789363003	0.457739591569	-0.694510881399	0.773266324826	-1.21918995592	2.3235742776	0.111405726565	0.176185683799	0.0543859552214	-0.221629269019	-0.306344322539	0.54300494053	-0.94539985618	-0.339146820017	-0.12821112419	0.423898573252	0.16184282959	-0.0565558735837	0.347256270296	-0.0951331422119	0.409399534513	-13.0047065421	-8.34210879107	-22.958321604
6	0.330748737984	0.137688545495	0.135910381066	0.0831025303607	0.0550985505387	0.0807516231814	-0.306059602716	0.0176083631937	0.179451525411	-0.296527852426	0.27595884223	0.222174162943	-0.898848350869	-0.0234617904431	0.0402213379638	0.844585420678	0.135599435223	-0.0355736912551	0.284886743675	0.0112866727794	0.352891086526	-8.98983635046	-4.05884042827	-29.0708130271
7	0.273358306502	-0.189749506637	-0.408236072784	0.159828688171	0.339462581727	0.675534880124	-0.0339973897312	0.241108678641	-0.0310006394571	0.0244300839163	0.0235714454269	0.106999596725	-0.554582142893	-0.135624978758	-0.000637632317552	0.436832691061	0.0352139917458	0.0171820276342	0.329707009291	-0.0211071525263	0.361308182535	-10.2454364308	-12.5294131112	-36.0924243024
8	0.0537216805773	0.0644458844015	0.095016275754	0.0999750163139	0.080733390803	0.132183363888	0.592529666644	0.400891077913	-0.38305160341	0.64859552701	0.193368862488	0.33531490311	0.710254299573	-0.480061202623	0.0431810214707	0.521903155118	-0.0785583035541	-0.0392927823128	0.407288736824	0.0653796696321	0.42192210875	-10.5601609971	-28.4728421648	-27.2854750314
9	0.53004103243	-0.0506423519557	0.495475822799	0.423357931263	-0.117717659263	0.471107714415	-0.455759209022	0.277714094695	-0.14635749229	-0.509998494933	0.928312234953	-0.774515023747	-0.246154449124	0.782546537485	0.0375623448151	0.423179753937	-0.0384947982429	0.0472382451691	0.362730250373	-0.0431016047926	0.351645129988	1.91722020196	-16.2998879565	-25.7049174312
10	0.262169216983	-0.0716652289916	-0.0410504608888	0.0230734330597	0.0152985624448	0.0258553615666	0.154113056876	-0.340081413579	-0.0417203277892	0.241316258855	-0.0472513717009	-0.0883093326542	-1.05605174435	-0.0653436191856	-0.0130592172227	0.549509870606	-0.12500201587	0.0404705599707	0.360838144888	-0.00167709487886	0.34391381367	-5.92238430923	-8.87015659088	-26.9013700024
11	0.131640554969	0.012270032609	-0.276709834334	0.471806500131	0.499736165342	0.812829404564	0.219999919074	-0.103266822802	-0.313748639136	0.0132392011286	-0.13178817236	0.00991737506283	0.105848960771	-0.235672189672	0.000227180039766	0.242107969498	0.0109894048932	0.00997316820067	0.324618769029	-0.0132729321292	0.32882190682	-7.20352267799	-18.365219506	-19.7859980167
12	0.230868540385	-0.141947554859	0.164490325723	0.154641732748	0.0956456908929	0.470007524745	-0.0243743436552	-0.694069203815	0.103592221191	0.573046970878	-0.0771875981101	-0.113716739838	-0.0337224019011	-0.45845185738	-0.00532921424637	0.427620246672	-0.0393830814962	-0.0103608834223	0.319900554656	-0.00103211881892	0.363711412684	-6.4684372969	-16.4113980862	-9.74787439058
13	0.103500228734	-0.0139754128758	0.0894228023465	0.041702898238	0.0210165561394	0.0705737883789	-0.0103924133114	-0.121241605725	-0.0300905821232	-0.467251680912	-0.242160094403	0.317900522059	0.765956784772	-1.06745640864	-0.000568790406107	0.517512778031	-0.0145380223565	0.132093306848	0.612407636676	-0.102551171346	0.490389808544	-16.3992671543	-17.9439011453	-15.8069751187
14	0.204007803879	-0.0141920715848	0.230988423751	0.111666624467	-0.148389892484	0.363312664049	-0.0794600625243	-0.0471532855563	0.117605214505	0.222109777521	0.116127910639	-0.16285218564	0.589017762507	0.0775458307605	0.000842191102275	0.504904302546	-0.00193520435872	-0.101019402466	0.30386041101	0.0353462533596	0.38788135561	-1.15895013398	-28.0464313038	-14.3245971303

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 54 )	A	A	1 - 54	1 - 54
2	2	chain 'A' and (resid 55 through 81 )	A	A	55 - 81	55 - 81
3	3	chain 'A' and (resid 82 through 130 )	A	A	82 - 130	82 - 130
4	4	chain 'A' and (resid 131 through 149 )	A	A	131 - 149	131 - 149
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 21 )	B	B	1 - 21	1 - 21
6	6	chain 'B' and (resid 22 through 35 )	B	B	22 - 35	22 - 35
7	7	chain 'B' and (resid 36 through 54 )	B	B	36 - 54	36 - 54
8	8	chain 'B' and (resid 55 through 65 )	B	B	55 - 65	55 - 65
9	9	chain 'B' and (resid 66 through 82 )	B	B	66 - 82	66 - 82
10	10	chain 'B' and (resid 83 through 89 )	B	B	83 - 89	83 - 89
11	11	chain 'B' and (resid 90 through 108 )	B	B	90 - 108	90 - 108
12	12	chain 'B' and (resid 109 through 123 )	B	B	109 - 123	109 - 123
13	13	chain 'B' and (resid 124 through 130 )	B	B	124 - 130	124 - 130
14	14	chain 'B' and (resid 131 through 149 )	B	B	131 - 149	131 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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