PDB-7y4d: Crystal structure of DUSP10 mutant_S95A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y4d

タイトル

Crystal structure of DUSP10 mutant_S95A

要素

Dual specificity protein phosphatase 10

キーワード

HYDROLASE / Dual specificity protein phosphatase 10 / MAP kinase phosphatase 5

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial cell migration / peptidyl-threonine dephosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Hu, I.C. / Lyu, P.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DUSP10 mutant_S95A
著者: Hu, I.C. / Lyu, P.C.

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y4d.cif.gz	225.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y4d.ent.gz	152.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7y4d_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y4d_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	7y4d_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7y4d_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/7y4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/7y4d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1zzwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Dual specificity protein phosphatase 10

B: Dual specificity protein phosphatase 10

34.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dual specificity protein phosphatase 10

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity protein phosphatase 10

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.270, 42.649, 56.526
Angle α, β, γ (deg.)	74.320, 82.350, 63.860
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5 分子量: 17107.568 Da / 分子数: 2 / 変異: S95A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5

分子量: 17107.568 Da / 分子数: 2 / 変異: S95A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22.5% (w/v) PEG 3000, 100 mM Tris base /Hydrochloric acid, 200 mM Calcium acetate PH範囲: 6.8-7.2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→30 Å / Num. obs: 15595 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 34.111
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / R_merge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 5.264 / Num. unique obs: 15568

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zzw

1zzw

解像度: 2.18→24.97 Å / SU ML: 0.2298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.0998
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	1557	10 %
R_work	0.1801	14011	-
obs	0.185	15568	93.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→24.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2406	0	0	82	2488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0132	2458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3616	3324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0655	366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0123	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.9964	324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.25	0.2825	137	0.2495	1230	X-RAY DIFFRACTION	91.26
2.25-2.33	0.3022	134	0.2371	1198	X-RAY DIFFRACTION	88.74
2.33-2.42	0.288	146	0.2089	1308	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.42-2.53	0.2506	148	0.199	1337	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.53-2.66	0.2536	144	0.1945	1297	X-RAY DIFFRACTION	96.91
2.66-2.83	0.2381	148	0.2027	1333	X-RAY DIFFRACTION	96.36
2.83-3.05	0.2436	147	0.2075	1324	X-RAY DIFFRACTION	96.46
3.05-3.35	0.273	143	0.2044	1285	X-RAY DIFFRACTION	95.84
3.35-3.84	0.1897	126	0.1683	1133	X-RAY DIFFRACTION	83.1
3.84-4.82	0.1913	139	0.138	1254	X-RAY DIFFRACTION	92.8
4.83-24.97	0.2195	145	0.1631	1312	X-RAY DIFFRACTION	96.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.32260163545	1.84960458214	-1.17188637643	5.86991140846	-2.14336567548	4.70571693367	0.00606812499339	-0.380307875464	-0.487345564562	0.215716206478	-0.370798305892	-1.20769764936	0.638563814479	1.1184385463	0.319475974403	0.299151738227	0.0907854288706	0.00507647838201	0.557211642475	0.0722615347348	0.518093172086	10.6248092671	0.253003789719	-4.43168887144
2	1.43618883191	0.427186888749	0.0406132210164	2.88765660274	-1.79824547679	3.51374607433	-0.104769746933	-0.440113044371	-0.369021415026	0.0460142028212	-0.0644155356983	-0.526456833896	-0.260756799159	1.1072948653	0.285214531475	0.391129749558	-0.0247499451238	0.000854990628139	0.562088170476	0.0378412404362	0.34445940351	11.6573923156	-0.115341891572	2.50659713894
3	1.35538503585	1.39253473787	-0.721416793916	3.41545979717	-1.47730629461	3.41745423086	0.112362247827	-0.446979566952	0.0579481611425	0.54159716856	-0.342014147249	-0.365407554809	-0.256890731672	0.360312221153	0.141207375368	0.563779663177	-0.137724626665	0.00732855189148	0.416199157694	-0.00637652873474	0.258541237771	6.17213908442	0.0162048083635	10.9594407909
4	3.65060223338	1.87945894804	1.08533715415	2.69367974512	-0.147272212505	5.3978867226	0.226834349584	0.0207846552824	-0.983717544283	0.092654973525	0.153740628218	0.323725006142	1.26566528112	-0.290140647829	-0.21776552974	0.755539064338	-0.193722281252	-0.0250753377066	0.461103315146	-0.0575135329881	0.482947268578	-8.65049894583	-10.0858832006	4.66056438411
5	2.61740288407	2.35550336974	-0.336733452902	3.40524672493	-0.84602654753	3.25376090609	0.217053915681	-0.319753976967	0.813850508004	0.714935163086	-0.1033923732	0.759707435214	-0.599874001806	-0.307637362996	-0.174572574593	0.448759724288	-0.0087397330033	0.113101683667	0.360529960331	-0.0103302152777	0.375079830299	-4.59101425001	7.17642309556	3.76345064664
6	2.02147293797	1.06325910045	-0.241530788536	2.73430508661	-1.42619150519	4.31325433518	0.143300038331	-0.253920222333	0.108957411174	0.227359612168	0.0423247727734	0.112400399812	0.101842797459	0.0745417151661	-0.0205968276217	0.269394156502	-0.00163681300292	0.032358084559	0.244494968923	-0.0372194229209	0.256114156525	-0.402132879998	0.254498144463	-1.1248081207
7	3.53459226885	1.36664134761	-0.395129689676	1.86842131059	-1.18130924745	5.28185829305	-0.183784809298	0.29454010051	0.0409196840876	-0.389669908202	0.222030660175	0.109640435345	0.669245455395	-0.010356508898	-0.0159770710171	0.392393922857	-0.0169047581697	0.028299422024	0.315941359591	-0.0327580224022	0.277912102911	-1.09361969586	-2.01181145635	-11.2859821416
8	2.82983827973	-0.133252473113	-0.193821065467	4.55256361917	-1.91527411893	4.78276765282	-0.0905050567415	1.11791844472	0.0736562927503	-0.527593239779	0.185670568797	0.933267212847	0.32604060225	-0.959433224244	-0.338536704722	0.319875803146	-0.15014619678	0.0164096722006	0.591505512458	0.0842002930948	0.462985544513	-14.4825919096	-0.509416169738	-6.88740504885
9	1.48671295378	1.72328674715	-1.46865423061	2.69905910562	-1.42993718227	4.33720067543	-0.360877405238	0.219255759646	-0.302022005884	-0.611495346527	0.0202481767097	-0.249085964378	0.478783316676	0.49820360465	0.199173964566	0.426430377037	-0.0278343460213	0.00352993068733	0.424120309558	0.0120188118195	0.347285376684	11.4831920621	7.69878491952	-30.0123833191
10	0.565643556553	0.117356642991	-0.87329977003	5.53832394711	-1.38631857425	4.59086056261	-0.328172939294	0.482267383893	0.348157125337	-0.174242543484	0.76312311941	0.543143971633	-0.483765208126	-0.209045867117	-0.139591422456	0.405935865679	-0.0402664778944	-0.0849545313068	0.377696366867	0.0433970901778	0.33467253428	2.49174304276	19.6103587167	-27.2975723273
11	2.03971663964	0.902410333474	-1.06126378573	3.28654774895	-0.846342115779	4.54014406425	-0.30334034095	0.321833448753	0.173025135987	-0.39771880177	0.200296400938	0.274059396747	0.0536121155131	0.244570237386	-0.0244350520032	0.25845446798	-0.0148699315828	-0.0174297026948	0.326614563659	0.0314187428286	0.271988905171	6.14847429009	14.4143119415	-22.7269041972
12	4.71531504448	-0.458139861035	-1.13114396555	6.35097380622	-0.690674367496	6.19595718603	-0.193036609677	-0.835846891942	0.203192067743	0.727868577324	0.429585788433	0.451796102493	0.0023859591017	0.0939427925732	-0.0577244568557	0.481296866365	-0.0475165255029	0.0241398520861	0.33932739051	0.00538289042745	0.300754095417	5.32625119455	15.608556198	-10.5526536293
13	0.246087523499	0.606613292214	-0.363039853023	1.58142994892	-0.999026208826	0.591216895829	0.0457934755941	-0.272900962104	0.418467503171	0.371062482412	-0.0154607295432	-0.337502066227	-0.643166843664	1.39428595957	0.191489061732	0.78060719626	-0.0832418403107	-0.176776913965	0.824961632769	0.0364187610388	0.515932211896	15.8322047403	18.4231304762	-16.2102370234
14	6.81631986007	0.823778287926	-3.97190552723	4.55190630945	-1.98859888868	6.75381598354	-0.523563097966	-0.432876150451	0.367530809846	0.274804508168	0.175845791337	0.556233175189	-1.32777009281	-0.166322973512	-0.332966520294	0.783066927584	0.0539212785974	0.0507930516122	0.190003488749	-0.0489172815121	0.464834210629	-0.367932433174	26.7161216552	-15.9028456112

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 8 )	A	A	1 - 8	1 - 8
2	2	chain 'A' and (resid 9 through 27 )	A	A	9 - 27	9 - 27
3	3	chain 'A' and (resid 28 through 54 )	A	A	28 - 54	28 - 54
4	4	chain 'A' and (resid 55 through 65 )	A	A	55 - 65	55 - 65
5	5	chain 'A' and (resid 66 through 82 )	A	A	66 - 82	66 - 82
6	6	chain 'A' and (resid 83 through 108 )	A	A	83 - 108	83 - 108
7	7	chain 'A' and (resid 109 through 130 )	A	A	109 - 130	109 - 130
8	8	chain 'A' and (resid 131 through 149 )	A	A	131 - 149	131 - 149
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 54 )	B	B	1 - 54	1 - 54
10	10	chain 'B' and (resid 55 through 81 )	B	B	55 - 81	55 - 81
11	11	chain 'B' and (resid 82 through 108 )	B	B	82 - 108	82 - 108
12	12	chain 'B' and (resid 109 through 123 )	B	B	109 - 123	109 - 123
13	13	chain 'B' and (resid 124 through 130 )	B	B	124 - 130	124 - 130
14	14	chain 'B' and (resid 131 through 149 )	B	B	131 - 149	131 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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