PDB-7y4b: Crystal structure of DUSP10 mutant_D59A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y4b

タイトル

Crystal structure of DUSP10 mutant_D59A

要素

Dual specificity protein phosphatase 10

キーワード

HYDROLASE / Dual specificity protein phosphatase 10 / MAP kinase phosphatase 5

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of epithelium regeneration / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of adaptive immune response / regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of oligodendrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Hu, I.C. / Lyu, P.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DUSP10 mutant_D59A
著者: Hu, I.C. / Lyu, P.C.

履歴

登録	2022年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y4b.cif.gz	229.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y4b.ent.gz	154.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y4b_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y4b_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	7y4b_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7y4b_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/7y4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/7y4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zzwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Dual specificity protein phosphatase 10

B: Dual specificity protein phosphatase 10

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity protein phosphatase 10

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity protein phosphatase 10

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.230, 41.584, 56.826
Angle α, β, γ (deg.)	96.030, 100.440, 117.450
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5 分子量: 17079.559 Da / 分子数: 2 / 変異: D59A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dual specificity protein phosphatase 10 / Mitogen-activated protein kinase phosphatase 5 / MAP kinase phosphatase 5 / MKP-5

分子量: 17079.559 Da / 分子数: 2 / 変異: D59A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP10, MKP5
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6W6, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22.5%(w/v) PEG 3000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid, 200mM Calcium acetate PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 23176 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 27.748
反射シェル	解像度: 1.86→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 6.65 / Num. unique obs: 23130 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.20.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zzw

1zzw

解像度: 1.86→24.76 Å / SU ML: 0.1941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.0842
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	1986	8.59 %
R_work	0.1836	21144	-
obs	0.1876	23130	87.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→24.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2402	0	0	168	2570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2287	3318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0633	366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.1759	324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.91	0.3273	114	0.2434	1332	X-RAY DIFFRACTION	76.11
1.91-1.96	0.3122	161	0.2252	1589	X-RAY DIFFRACTION	92.94
1.96-2.02	0.2368	145	0.2024	1582	X-RAY DIFFRACTION	92.7
2.02-2.08	0.2294	149	0.2021	1557	X-RAY DIFFRACTION	91.08
2.08-2.16	0.2456	147	0.1894	1574	X-RAY DIFFRACTION	91.54
2.16-2.24	0.228	152	0.197	1582	X-RAY DIFFRACTION	91.31
2.24-2.35	0.2648	139	0.1996	1502	X-RAY DIFFRACTION	88.42
2.35-2.47	0.2684	145	0.2043	1553	X-RAY DIFFRACTION	90.22
2.47-2.62	0.2751	138	0.1979	1539	X-RAY DIFFRACTION	89.92
2.62-2.83	0.2273	151	0.1978	1509	X-RAY DIFFRACTION	88.11
2.83-3.11	0.2394	139	0.2034	1523	X-RAY DIFFRACTION	89.26
3.11-3.56	0.2461	143	0.1799	1525	X-RAY DIFFRACTION	87.79
3.56-4.48	0.1958	119	0.1448	1219	X-RAY DIFFRACTION	71.86
4.48-24.76	0.1903	144	0.1685	1558	X-RAY DIFFRACTION	90.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.76809387643	0.00885420867918	1.23852728439	4.55136508137	1.37420720243	5.6801736659	-0.197147732572	-0.330065496471	-0.0709073997931	0.808876728188	0.329012849635	-0.223052990141	0.480608010076	-0.372248899848	-0.10619596268	0.443704501148	-0.103399696932	-0.0112944968169	0.315196158927	0.0178012283731	0.235036478322	-6.5260797818	-13.5993525315	-9.98466514273
2	-0.0144367251822	-0.033573696613	-0.0280576466968	1.1326545842	1.076225085	0.939475739531	0.313859165941	-0.77027752081	-0.116258691231	-0.33141844158	-0.50863610075	0.993478422541	0.632214315958	-1.09842325189	0.206171542684	0.70337516984	-0.137274300017	0.0888049775531	0.71274128493	-0.0197133256278	0.582012426862	-17.1502883041	-15.996408354	-16.4463574375
3	4.7484595979	0.84224153779	3.43582467255	1.8299074803	1.46485277404	5.94914911937	-0.0467995784036	-0.475054968168	-0.519574548485	0.427700242525	0.076084938743	-0.562695781074	1.32691801947	-0.0118712662497	-0.477302088675	0.573272840927	0.0378681427896	-0.10928310931	0.312280931731	-0.00199995444909	0.450412668852	-1.40387293312	-25.2605997412	-14.4520587704
4	2.14664540709	0.179916032718	0.336676345254	6.68849822342	2.54652957501	4.66844172347	-0.124368216211	-0.122569149832	0.61119331541	-0.694542691214	-0.00771120458645	0.304885445274	-0.993726045971	-0.730638802674	0.26857740364	0.406559681276	0.169649271281	-0.0692838428049	0.389246558998	-0.0291853978154	0.383043410549	-9.76854459323	3.09497647317	-4.89187666222
5	2.25172756703	0.879146326233	-0.661566250409	2.69885341087	1.73955356936	4.9489677664	-0.294081906652	-0.143687765953	0.469925269765	-0.10215608077	0.0451812810807	0.346380794325	-0.434462205054	-0.999445824083	0.202407713479	0.259775303649	0.125669272089	-0.0442157931025	0.369655152422	-0.031173353311	0.269011524259	-9.37340092034	3.3458021974	1.83983441018
6	2.35006680697	1.41171051818	1.56064331089	3.08006707664	1.78802529708	4.03331554915	0.124483572145	-0.384482751573	0.0732049163492	0.150347049001	-0.466753670128	0.602756764714	0.0304325209279	-0.967058363351	0.287810851217	0.268572433348	-0.0109360186849	0.0328504014855	0.440408236319	-0.0591186455043	0.32269773232	-12.1555900519	-1.86591989145	5.89255500159
7	2.60144092739	1.24391958926	1.05279675554	4.29016734472	1.42927406676	4.63123803305	0.206233413667	-0.225379294359	0.0924112707184	0.512593993544	-0.398032483521	0.397192202256	0.117107881564	-0.509214269453	0.187744554443	0.311447764602	-0.0500574827027	0.0259475453979	0.312944524246	-0.0109809217402	0.214525939522	-6.07462868623	3.73143881318	13.3107410968
8	3.30729634371	0.32983512711	0.664676987526	5.57925356528	1.32846649172	5.76739192711	0.287795554652	0.593900701583	0.967257480547	0.0711935519139	0.275084841165	-0.627859627482	-1.33635659435	0.145733646466	-0.155281734422	0.480856521372	-0.067519016149	0.076263600857	0.366128863521	0.0506685037461	0.419692773951	9.19210090295	10.707728102	5.52246950226
9	2.89946164502	1.82330087853	0.87210895273	3.37011080614	1.55685877875	3.40912824859	0.478176431959	-0.0259400945021	-0.761062931103	0.736070559386	-0.0239663794918	-0.512257515366	0.766259268069	0.1833798127	-0.226459508026	0.354621586337	0.0380294322997	-0.0541162086112	0.25082337103	0.00884280009582	0.289597163765	3.96898171349	-5.68223552404	4.60570249862
10	2.40810651446	0.520366435881	0.231091517078	2.12276901882	1.57002169035	5.20595359531	-0.00174372169358	-0.0435467181459	-0.0263934858032	-0.144111522328	-0.0489970753511	-0.0384564209007	-0.320747045205	-0.247176021367	-0.0350231636522	0.238386171836	0.0451319426208	-0.00881355904081	0.189284532146	0.0168377940555	0.250450194971	0.172106017356	1.41312737719	-0.509398900885
11	5.61779275798	0.832494184989	0.490556971473	3.8311448822	1.35828868727	6.79492048135	0.0688421379539	0.657893513394	-0.217263772293	-0.260774622161	-0.0122421741975	-0.131582614817	-0.278854003929	0.0867015721318	-0.117170412492	0.311876479231	-0.0357597507152	0.0255303781208	0.279605014962	0.00109916801676	0.274606503926	2.52527935806	-0.0831856757655	-12.3977833002
12	1.84544463299	1.31718641183	0.938330841896	1.43498645956	1.51310488459	1.95197885586	-0.249102743758	0.187306631541	0.978983427111	-0.750794307264	0.143825946954	-0.0417873068332	-1.34045094569	-0.0683215750581	0.234931798288	0.591791111503	-5.50970989601E-5	-0.068012988142	0.300307441606	0.0300860349061	0.464399797417	-0.890195178868	10.2315254543	-7.29128031719
13	3.12645710549	0.379573125037	-0.0061762262192	5.07886180787	3.19802667101	6.04857394318	0.0448445650384	0.314360852087	-0.152023330477	-0.15738916649	0.335399712844	-0.682892751787	-0.30438159437	1.16461310456	-0.422075019281	0.303575836541	-0.119327091578	0.0674085555975	0.537155764745	-0.114456480457	0.342087445515	14.4461060646	1.45981442306	-5.81150269409
14	3.51164915251	2.63966476472	2.21596609886	2.0099348263	1.17613142222	5.14454017722	-0.406423569138	0.0497715608874	0.965525121435	-1.02223812992	-0.355324766607	1.49682066299	-0.478534991427	-1.13429134085	0.294129724449	0.433342510692	0.11778607929	-0.148332912755	0.406739124289	-0.103958311182	0.580519672183	-13.4019356688	-3.65717878795	-19.8188943753
15	2.13735030246	1.07946782637	1.88566860692	2.3303668888	1.69354875114	4.56692830549	0.12220987442	0.20129389084	0.325735874428	-0.415531297408	-0.189105293486	0.556980581418	-0.863043231945	-0.338830481974	0.308004653509	0.428837167919	0.0764219150798	-0.0362562430282	0.361555697012	0.00046420237438	0.347983080378	-12.7002630465	-3.10695788109	-26.6794760081
16	1.74318108395	0.963206499118	1.07269256181	1.96326662128	1.66184302661	3.45640962718	-0.379172725702	0.24792785947	0.209421310041	-0.521300459309	0.226343257262	-0.145342660398	-0.868328836318	0.356068021455	0.0857338919748	0.498419922087	-0.103406411211	0.00697940100777	0.281258290633	0.0126464893328	0.249549077652	-8.98219181447	-8.17607183996	-34.5054725506
17	2.58075274199	0.468754375364	1.59378264835	3.12644075022	1.18987167438	5.14904914041	0.0857613660529	0.0177844039916	-0.543696505975	0.47211864481	0.178205408008	-0.075376815073	0.991754034815	-0.870920030191	-0.220574013666	0.533391017037	-0.114627389551	0.0307015500505	0.397779236175	-0.0517829590564	0.364816189749	-10.1233019372	-26.1063650681	-27.7779385101
18	2.11233307921	2.62510943116	1.31776268034	6.20954942301	1.63014528043	3.68348396866	-0.489123266916	0.659194283549	-0.519141921944	-0.550175349699	0.931375040102	-1.25410489181	-0.211500004189	1.01547885834	-0.289115114833	0.378058470032	-0.0791220317981	0.0697814683499	0.431780762123	-0.0958249080558	0.383891572764	1.80689209198	-13.3701612708	-25.9646149988
19	2.29028266379	0.759953931078	1.65718286955	2.8165193411	1.32315902468	5.02298762118	0.12885562966	0.0542500180083	-0.269393902949	-0.101181508629	0.135129699447	-0.166801897664	0.000654265953126	-0.0990910556256	-0.0922213174881	0.270806358648	-0.0169975721673	0.0409086736975	0.267039434204	-0.00916526280864	0.279835159453	-6.93565793894	-13.1504427806	-21.9178487107

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 109 through 123 )	B	B	109 - 123	109 - 123
2	2	chain 'B' and (resid 124 through 130 )	B	B	124 - 130	124 - 130
3	3	chain 'B' and (resid 131 through 149 )	B	B	131 - 149	131 - 149
4	4	chain 'A' and (resid 1 through 8 )	A	A	1 - 8	1 - 8
5	5	chain 'A' and (resid 9 through 21 )	A	A	9 - 21	9 - 21
6	6	chain 'A' and (resid 22 through 35 )	A	A	22 - 35	22 - 35
7	7	chain 'A' and (resid 36 through 54 )	A	A	36 - 54	36 - 54
8	8	chain 'A' and (resid 55 through 65 )	A	A	55 - 65	55 - 65
9	9	chain 'A' and (resid 66 through 82 )	A	A	66 - 82	66 - 82
10	10	chain 'A' and (resid 83 through 108 )	A	A	83 - 108	83 - 108
11	11	chain 'A' and (resid 109 through 123 )	A	A	109 - 123	109 - 123
12	12	chain 'A' and (resid 124 through 130 )	A	A	124 - 130	124 - 130
13	13	chain 'A' and (resid 131 through 149 )	A	A	131 - 149	131 - 149
14	14	chain 'B' and (resid 1 through 8 )	B	B	1 - 8	1 - 8
15	15	chain 'B' and (resid 9 through 27 )	B	B	9 - 27	9 - 27
16	16	chain 'B' and (resid 28 through 54 )	B	B	28 - 54	28 - 54
17	17	chain 'B' and (resid 55 through 65 )	B	B	55 - 65	55 - 65
18	18	chain 'B' and (resid 66 through 82 )	B	B	66 - 82	66 - 82
19	19	chain 'B' and (resid 83 through 108 )	B	B	83 - 108	83 - 108

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)