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- PDB-7y47: Crystal structure of bifunctional miltiradiene synthase from sela... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y47
タイトルCrystal structure of bifunctional miltiradiene synthase from selaginella moellendorffii that complexed with GGPP
要素Bifunctional diterpene synthase, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN / bifunctional terpnen synthase / CPP / miltiradiene
機能・相同性
機能・相同性情報


miltiradiene synthase / miltiradiene synthase activity / miltiradiene biosynthetic process / 5alpha,9alpha,10beta-labda-8(20),13-dien-15-yl diphosphate catabolic process / 5alpha,9alpha,10beta-labda-8(20),13-dien-15-yl diphosphate biosynthetic process / copalyl diphosphate synthase activity / copalyl diphosphate synthase / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Bifunctional diterpene synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ma, X. / Tao, Y. / Jiang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670750 中国
引用ジャーナル: Plant Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic insights into the precise product synthesis by a bifunctional miltiradiene synthase.
著者: Tong, Y. / Ma, X. / Hu, T. / Chen, K. / Cui, G. / Su, P. / Xu, H. / Gao, W. / Jiang, T. / Huang, L.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Bifunctional diterpene synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0623
ポリマ－91,5421
非ポリマー5202
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.859, 83.971, 192.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional diterpene synthase, chloroplastic / Copalyl diphosphate synthase / Miltiradiene synthase / SmMDS / Terpene synthase 4 / SmTPS4


分子量: 91542.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The SmMDS protein comes from BAL41682.1.
由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
遺伝子: MDS
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G9MAN7
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GRG / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸


分子量: 450.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.5) 22% (v/v) PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31123 / % possible obs: 96.44 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 35.86 Å2 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 1596 / CC1/2: 0.717 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WAT

7wat


解像度: 2.5→48.31 Å / SU ML: 0.2648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 1892 6.09 %
Rwork0.1864 29178 -
obs0.1896 31070 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 34 231 6540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00876461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9988753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.73152384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.28771220.22231875X-RAY DIFFRACTION88.68
2.56-2.630.32521250.21451928X-RAY DIFFRACTION90.52
2.63-2.710.23651280.20161971X-RAY DIFFRACTION92.88
2.71-2.80.2391300.1922025X-RAY DIFFRACTION94.06
2.8-2.90.26591320.19112026X-RAY DIFFRACTION96.08
2.9-3.010.26361340.19732067X-RAY DIFFRACTION97.52
3.01-3.150.23771360.19162106X-RAY DIFFRACTION97.78
3.15-3.320.26241370.18262109X-RAY DIFFRACTION98.81
3.32-3.520.25391370.18692124X-RAY DIFFRACTION98.78
3.52-3.80.25141380.17412127X-RAY DIFFRACTION98.91
3.8-4.180.18651400.16982168X-RAY DIFFRACTION99.61
4.18-4.780.20781420.17022179X-RAY DIFFRACTION99.7
4.78-6.020.27641430.20282194X-RAY DIFFRACTION99.19
6.02-48.310.21241480.18632279X-RAY DIFFRACTION97.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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