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万見
- PDB-7y3s: Controlling fibrosis using compound with novel binding mode to pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y3s
タイトルControlling fibrosis using compound with novel binding mode to prolyl-tRNA synthetase 1
要素Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
キーワードTRANSLATION/INHIBITOR / prolyl-trna synthetase / inhibitor / fibrosis / binding mode / TRANSLATION / TRANSLATION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol ...regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / GAIT complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / RNA stem-loop binding / GTPase binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : ...Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-F9C / Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kim, S. / Yoon, I. / Son, J. / Park, S. / Hwang, K.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2023
タイトル: Control of fibrosis with enhanced safety via asymmetric inhibition of prolyl-tRNA synthetase 1.
著者: Yoon, I. / Kim, S. / Cho, M. / You, K.A. / Son, J. / Lee, C. / Suh, J.H. / Bae, D.J. / Kim, J.M. / Oh, S. / Park, S. / Kim, S. / Cho, S.H. / Park, S. / Bang, K. / Seo, M. / Kim, J.H. / Lee, B. ...著者: Yoon, I. / Kim, S. / Cho, M. / You, K.A. / Son, J. / Lee, C. / Suh, J.H. / Bae, D.J. / Kim, J.M. / Oh, S. / Park, S. / Kim, S. / Cho, S.H. / Park, S. / Bang, K. / Seo, M. / Kim, J.H. / Lee, B. / Park, J.S. / Hwang, K.Y. / Kim, S.
履歴
登録2022年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
B: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,26311
ポリマ－113,3522
非ポリマー1,9119
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area38940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.897, 92.017, 87.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase / Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl- ...Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl-prolyl-tRNA synthetase


分子量: 56675.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPRS1, EPRS, GLNS, PARS, QARS, QPRS, PIG32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07814, glutamate-tRNA ligase, proline-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-F9C / 1-(6-bromanyl-7-methyl-imidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)-3-[(2R,3S)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]propan-2-one


分子量: 367.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19BrN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 32759 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 37.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.419 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 154299
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.643.10.37816040.3420.2370.4490.93794.9
2.64-2.693.20.3715500.4050.2270.4381.01295
2.69-2.743.40.33515930.6380.1980.3921.00995.6
2.74-2.83.40.32615690.630.1910.381.08995.8
2.8-2.863.50.29716490.7830.1720.3461.0797.3
2.86-2.933.60.29216040.8040.1650.3381.12497.1
2.93-33.80.27716080.8390.1540.3181.15197.1
3-3.0840.25416270.9110.1350.291.24297.9
3.08-3.174.20.22416350.9260.1160.2531.33898.4
3.17-3.284.50.20316320.9420.1020.2281.35698
3.28-3.394.70.18916350.9540.0930.2121.43998.9
3.39-3.535.10.1516580.9740.0710.1661.52799.3
3.53-3.695.20.13316400.9850.0610.1471.63399.3
3.69-3.885.40.11116820.9910.050.1231.64499.3
3.88-4.135.80.09416460.9940.0410.1031.66999.3
4.13-4.456.10.07616640.9960.0320.0821.67199.6
4.45-4.896.20.06316820.9980.0260.0681.61699.7
4.89-5.66.20.06216660.9970.0260.0681.46399.9
5.6-7.056.10.06216930.9970.0260.0671.44299.4
7.05-506.30.04517220.9980.0180.0481.50999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4438精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K88

4k88


解像度: 2.6→41.25 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 2000 6.11 %
Rwork0.2029 30739 -
obs0.2057 32739 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.21 Å2 / Biso mean: 44.18 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→41.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7742 0 111 67 7920
Biso mean--41.12 39.22 -
残基数----965
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.660.32261350.30012072220793
2.66-2.740.34681380.30352136227496
2.74-2.820.34251410.28692146228796
2.82-2.910.32471400.27622162230297
2.91-3.010.33421410.25372170231197
3.01-3.130.27771440.24552197234198
3.13-3.270.30071410.2232183232498
3.28-3.450.24131430.19522201234499
3.45-3.660.2431460.1832227237399
3.66-3.950.25951440.17742230237499
3.95-4.340.19831450.156122192364100
4.34-4.970.18181450.143122382383100
4.97-6.260.1971480.17422592407100
6.26-41.250.23621490.203422992448100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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