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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y3a | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of TRIM7 bound to 2C | ||||||||||||
![]() | E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7,TRIM7-2C | ||||||||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / E3 LIGASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() antiviral innate immune response / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / innate immune response / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Dong, C. / Yan, X. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: C-terminal glutamine acts as a C-degron targeted by E3 ubiquitin ligase TRIM7. 著者: Ru, Y. / Yan, X. / Zhang, B. / Song, L. / Feng, Q. / Ye, C. / Zhou, Z. / Yang, Z. / Li, Y. / Zhang, Z. / Li, Q. / Mi, W. / Dong, C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 246.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y3bC ![]() 7y3cC ![]() 6umaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21252.924 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium formate pH 7.0 20%3350 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→70.7 Å / Num. obs: 61973 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 10.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 23.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / Num. unique obs: 3432 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6UMA 解像度: 1.7→29.04 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.07 Å2 / Biso mean: 14.6624 Å2 / Biso min: 4.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→29.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.4011 Å / Origin y: 11.6751 Å / Origin z: 11.7783 Å
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精密化 TLSグループ |
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