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- PDB-7y39: Ubiquitin-like domain of human ZFAND1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y39
タイトルUbiquitin-like domain of human ZFAND1
要素AN1-type zinc finger protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / ZFAND1 / p97 / proteasome / stress granule / ubiquitin-like domain / proteostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular protein transport / cellular response to arsenite ion / stress granule disassembly / proteasome binding / cytoplasmic stress granule / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
AN1-type zinc finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Lai, C.H. / Ko, K.T. / Fan, P.J. / Yu, T.A. / Chang, C.F. / Draczkowski, P. / Hsu, S.T.D.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-001-050-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2811-M-001-583- 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2311-B-001-013-MY3 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insight into ZFAND1 and p97 Interaction
著者: Lai, C.H. / Ko, K.T. / Fan, P.J. / Yu, T.A. / Chang, C.F. / Draczkowski, P. / Hsu, S.T.D.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AN1-type zinc finger protein 1
B: AN1-type zinc finger protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3602
ポリマ－31,3602
非ポリマー00
水2,090116
1
A: AN1-type zinc finger protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6801
ポリマ－15,6801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AN1-type zinc finger protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6801
ポリマ－15,6801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.158, 34.284, 64.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AN1-type zinc finger protein 1 / Zinc finger AN1-type-containing protein 1


分子量: 15679.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZFAND1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TCF1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES (pH6.5), 1.2M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 17016 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 55773
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.88-1.953.30.24416650.9760.1550.290.97196.3
1.95-2.033.30.18417060.9830.1180.220.97396.3
2.03-2.123.30.15316540.9880.0990.1830.99994.9
2.12-2.233.30.10316730.9930.0690.1251.00694.5
2.23-2.373.20.08916390.9930.060.1081.01894.6
2.37-2.553.20.0717080.9960.0470.0850.99796
2.55-2.813.30.0517260.9980.0340.0611.00297.2
2.81-3.213.30.03617300.9980.0250.0440.99597.7
3.21-4.053.30.02817340.9990.0190.0341.0896.2
4.05-303.20.04217810.9960.030.0521.00396.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.88 Å23.49 Å
Translation1.88 Å23.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20-4444精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-Q8TCF1-F1

解像度: 1.88→23.49 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1705 10.06 %
Rwork0.2048 15237 -
obs0.2073 16942 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.76 Å2 / Biso mean: 28.1122 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→23.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 0 116 2170
Biso mean---30.57 -
残基数----263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.88-1.940.29871360.26261201133792
1.94-20.24771410.22841268140996
2-2.070.26271390.23341252139196
2.07-2.150.24411390.21971266140594
2.15-2.250.27361370.2281210134794
2.25-2.370.24161450.21271244138995
2.37-2.520.27341380.22321281141996
2.52-2.710.24421510.21571289144097
2.71-2.990.25171400.22091282142297
2.99-3.420.21561460.19981306145297
3.42-4.30.17131490.1671308145796
4.3-23.490.22171440.19221330147495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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