PDB-7y1x: Crystal structure of prolyl oligopeptidase from Microbulbifer are...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y1x

タイトル

Crystal structure of prolyl oligopeptidase from Microbulbifer arenaceous complex with PEG400 and MES

要素

prolyl oligopeptidase

キーワード

HYDROLASE / S9A / prolyl endopeptidase / serine protease / mental disorder / amnesia

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Microbulbifer arenaceous (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Huang, P. / Jiang, Z.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of prolyl oligopeptidase from Microbulbifer arenaceous complex with PEG400 and MES
著者: Huang, P. / Jiang, Z.Q.

履歴

登録	2022年6月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y1x.cif.gz	167.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y1x.ent.gz	124.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y1x_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y1x_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7y1x_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	7y1x_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/7y1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/7y1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3munS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: prolyl oligopeptidase

ヘテロ分子

82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.044, 65.065, 91.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.948, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	prolyl oligopeptidase 分子量: 79952.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbulbifer arenaceous (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: prolyl oligopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 531分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.04 M MES monohydrate pH 6.0, 8.8% (v/v) polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97944 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 75931 / % possible obs: 94.38 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.11
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / Num. unique obs: 7149 / CC_1/2: 0.899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MUN

3mun

解像度: 1.67→31.651 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.705 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	3688	4.866 %
R_work	0.1598	72104	-
all	0.161	-	-
obs	-	75792	94.38 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.035 Å²	-0 Å²	0.021 Å²
2-	-	-0.128 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→31.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5414	0	128	520	6062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.222	1.637	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.298	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.162	22.852	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.35	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.816	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.351	0.2	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.447	1.331	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.157	1.995	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.637	1.66	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.876	2.364	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.041	20.224	10823

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.713	0.247	253	0.192	4997	X-RAY DIFFRACTION	88.8024
1.713-1.76	0.235	257	0.181	5038	X-RAY DIFFRACTION	92.3278
1.76-1.811	0.211	245	0.171	5075	X-RAY DIFFRACTION	94.8645
1.811-1.867	0.207	258	0.161	4897	X-RAY DIFFRACTION	94.5525
1.867-1.928	0.224	243	0.16	4696	X-RAY DIFFRACTION	94.1659
1.928-1.996	0.189	235	0.156	4493	X-RAY DIFFRACTION	92.0919
1.996-2.071	0.193	227	0.153	4241	X-RAY DIFFRACTION	90.3356
2.071-2.156	0.204	205	0.145	4332	X-RAY DIFFRACTION	95.9805
2.156-2.252	0.172	204	0.142	4186	X-RAY DIFFRACTION	96.6747
2.252-2.361	0.194	191	0.149	4035	X-RAY DIFFRACTION	96.9488
2.361-2.489	0.197	196	0.153	3803	X-RAY DIFFRACTION	96.7344
2.489-2.64	0.189	222	0.156	3586	X-RAY DIFFRACTION	96.9203
2.64-2.822	0.183	181	0.163	3334	X-RAY DIFFRACTION	94.8718
2.822-3.048	0.185	163	0.163	3029	X-RAY DIFFRACTION	92.3344
3.048-3.338	0.161	151	0.159	2951	X-RAY DIFFRACTION	98.3201
3.338-3.732	0.163	122	0.153	2717	X-RAY DIFFRACTION	98.2693
3.732-4.308	0.164	112	0.152	2391	X-RAY DIFFRACTION	98.1184
4.308-5.273	0.17	108	0.154	1935	X-RAY DIFFRACTION	94.8468
5.273-7.444	0.231	68	0.191	1498	X-RAY DIFFRACTION	92.1719
7.444-31.651	0.185	47	0.211	870	X-RAY DIFFRACTION	95.4214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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