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- PDB-7y1t: Complex of integrin alphaV/beta8 and L-TGF-beta1 at a ratio of 1:2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y1t
タイトルComplex of integrin alphaV/beta8 and L-TGF-beta1 at a ratio of 1:2
要素
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-8
  • Transforming growth factor beta-1 proprotein
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside metabolic process / cellular response to acetaldehyde / frontal suture morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation ...ganglioside metabolic process / cellular response to acetaldehyde / frontal suture morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of skeletal muscle tissue development / embryonic liver development / macrophage derived foam cell differentiation / response to laminar fluid shear stress / regulation of enamel mineralization / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of striated muscle tissue development / regulation of blood vessel remodeling / regulation of protein import into nucleus / regulatory T cell differentiation / tolerance induction to self antigen / extracellular matrix assembly / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / myofibroblast differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of odontogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Langerhans cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of exit from mitosis / negative regulation of macrophage cytokine production / integrin alphav-beta8 complex / odontoblast differentiation / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of extracellular matrix assembly / retina vasculature development in camera-type eye / heart valve morphogenesis / bronchiole development / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / mammary gland branching involved in thelarche / hyaluronan catabolic process / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / positive regulation of vasculature development / lens fiber cell differentiation / ATP biosynthetic process / negative regulation of extracellular matrix disassembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / placenta blood vessel development / receptor catabolic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / Laminin interactions / positive regulation of chemotaxis / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of mononuclear cell migration / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / response to salt / germ cell migration / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / endoderm development / negative regulation of biomineral tissue development / phospholipid homeostasis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of vascular permeability / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / hard palate development / regulation of phagocytosis / response to cholesterol / oligodendrocyte development / Elastic fibre formation / cell-cell junction organization / negative regulation of interleukin-17 production / phosphate-containing compound metabolic process / surfactant homeostasis / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / deubiquitinase activator activity / sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Integrin alpha, N-terminal / Teneurin-like EGF domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Integrin alpha, N-terminal / Teneurin-like EGF domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / Cystine-knot cytokine / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin alpha-V / Integrin beta-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Duan, Z. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Specificity of TGF-β1 signal designated by LRRC33 and integrin αβ.
著者: Zelin Duan / Xuezhen Lin / Lixia Wang / Qiuxin Zhen / Yuefeng Jiang / Chuxin Chen / Jing Yang / Chia-Hsueh Lee / Yan Qin / Ying Li / Bo Zhao / Jianchuan Wang / Zhe Zhang /
要旨: Myeloid lineage cells present the latent form of transforming growth factor-β1 (L-TGF-β1) to the membrane using an anchor protein LRRC33. Integrin αβ activates extracellular L-TGF-β1 to trigger ...Myeloid lineage cells present the latent form of transforming growth factor-β1 (L-TGF-β1) to the membrane using an anchor protein LRRC33. Integrin αβ activates extracellular L-TGF-β1 to trigger the downstream signaling functions. However, the mechanism designating the specificity of TGF-β1 presentation and activation remains incompletely understood. Here, we report cryo-EM structures of human L-TGF-β1/LRRC33 and integrin αβ/L-TGF-β1 complexes. Combined with biochemical and cell-based analyses, we demonstrate that LRRC33 only presents L-TGF-β1 but not the -β2 or -β3 isoforms due to difference of key residues on the growth factor domains. Moreover, we reveal a 2:2 binding mode of integrin αβ and L-TGF-β1, which shows higher avidity and more efficient L-TGF-β1 activation than previously reported 1:2 binding mode. We also uncover that the disulfide-linked loop of the integrin subunit β determines its exquisite affinity to L-TGF-β1. Together, our findings provide important insights into the specificity of TGF-β1 signaling achieved by LRRC33 and integrin αβ.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-8
D: Transforming growth factor beta-1 proprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,75118
ポリマ－165,8403
非ポリマー3,91115
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 69812.711 Da / 分子数: 1 / 変異: M401C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-8


分子量: 53017.355 Da / 分子数: 1 / 変異: V259C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 21 residues (MDMRVPAQLLGLLLLWFSGVL) are signal peptides.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26012
#3: タンパク質 Transforming growth factor beta-1 proprotein


分子量: 43010.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 16 residues (MPLLLLLPLLWAGALA) are signal peptides.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137

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糖 , 4種, 9分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c4-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of integrin alphaV/beta8 and L-TGF-beta1 at a ratio of 1:2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.21 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305011 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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