PDB-7y1s: Crystal structure of apo leucyl aminopeptidase from Bacillus amyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y1s

タイトル

Crystal structure of apo leucyl aminopeptidase from Bacillus amyloliquefaciens

要素

leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / M17 / leucyl aminopeptidase / leucine aminopeptidase / metallopeptidase

機能・相同性

CARBONATE ION / NICKEL (II) ION / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.748 Å

データ登録者

Huang, P. / Jiang, Z.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo leucyl aminopeptidase from Bacillus amyloliquefaciens
著者: Huang, P. / Jiang, Z.Q.

履歴

登録	2022年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y1s.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y1s.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y1s_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y1s_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7y1s_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	7y1s_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/7y1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/7y1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jruS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	200.245, 200.245, 89.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-502- NI

#1: タンパク質	leucyl aminopeptidase 分子量: 55841.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C8IUB1, leucyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5 M succinic acid (pH 7.0), 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.748→50 Å / Num. obs: 27747 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 30.3 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 21.69
反射シェル	解像度: 2.748→2.848 Å / Num. unique obs: 2734 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JRU

3jru

解像度: 2.748→37.871 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 7.601 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2118	1332	4.814 %
R_work	0.17	26337	-
all	0.172	-	-
obs	-	27669	99.133 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.055 Å²	-0.527 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.055 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.422 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.748→37.871 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3714	0	7	42	3763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.632	5104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.338	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.235	24.22	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.197	15	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.148	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.573	5.622	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.512	8.412	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.269	6.065	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.718	8.848	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.52	77.19	5611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.748-2.819	0.355	71	0.233	1908	X-RAY DIFFRACTION	97.5357
2.819-2.896	0.336	94	0.231	1867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.896-2.98	0.28	94	0.213	1830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.072	0.261	89	0.209	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.9468
3.072-3.172	0.279	77	0.201	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.172-3.284	0.277	89	0.189	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.284-3.408	0.234	100	0.198	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.547	0.281	79	0.181	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.704	0.182	68	0.166	1509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.704-3.885	0.208	71	0.144	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.885-4.095	0.15	72	0.137	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.095-4.343	0.17	65	0.128	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.343-4.643	0.161	69	0.136	1227	X-RAY DIFFRACTION	99.9229
4.643-5.015	0.248	61	0.139	1148	X-RAY DIFFRACTION	100
5.015-5.493	0.176	67	0.165	1045	X-RAY DIFFRACTION	99.8205
5.493-6.141	0.248	53	0.209	958	X-RAY DIFFRACTION	100
6.141-7.089	0.197	46	0.191	863	X-RAY DIFFRACTION	99.0196
7.089-8.679	0.15	30	0.15	738	X-RAY DIFFRACTION	98.3355
8.679-12.258	0.171	27	0.142	568	X-RAY DIFFRACTION	94.5946
12.258-37.871	0.152	10	0.277	251	X-RAY DIFFRACTION	66.4122

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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