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- PDB-7y0z: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PvrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y0z
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa PvrA
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / TetR / transcription regulator / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain (WHG) / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liang, H. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFC1807000 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Regulatory and structural mechanisms of PvrA-mediated regulation of the PQS quorum-sensing system and PHA biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Pan, X. / Liang, H. / Zhao, X. / Zhang, Q. / Chen, L. / Yue, Z. / Yin, L. / Jin, Y. / Bai, F. / Cheng, Z. / Bartlam, M. / Wu, W.
履歴
登録2022年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1442
ポリマ－50,1442
非ポリマー00
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.734, 96.418, 104.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-319-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator / TetR/AcrR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator


分子量: 25071.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
遺伝子: icaR, acrR5, ALP65_03124, CAZ10_04505, CGU42_03525, DT376_07795, E4V10_02875, E5D53_14345, E5Z62_27065, E5Z63_21855, ECC04_004205, GNQ48_10480, GUL26_15740, I5R60_12040, IPC111_05370, ...遺伝子: icaR, acrR5, ALP65_03124, CAZ10_04505, CGU42_03525, DT376_07795, E4V10_02875, E5D53_14345, E5Z62_27065, E5Z63_21855, ECC04_004205, GNQ48_10480, GUL26_15740, I5R60_12040, IPC111_05370, IPC112_03820, IPC113_08970, IPC114_03665, IPC115_09445, IPC116_12905, IPC117_01270, IPC118_17205, IPC119_01270, IPC120_08585, IPC121_23995, IPC122_26595, IPC123_13615, IPC124_02210, IPC125_02280, IPC126_02280, IPC127_05520, IPC128_06500, IPC1295_02635, IPC129_03385, IPC1306_00820, IPC1307_00820, IPC1308_01765, IPC1309_01210, IPC130_08705, IPC1310_20400, IPC1311_11055, IPC1312_02745, IPC1313_02755, IPC1314_15055, IPC1315_11085, IPC1316_09415, IPC1317_01215, IPC1318_08785, IPC1319_16990, IPC1320_09215, IPC1321_10825, IPC1322_14910, IPC1323_13890, IPC1324_14335, IPC1325_12685, IPC1326_14415, IPC1327_16075, IPC1328_07000, IPC1329_01215, IPC1330_16860, IPC1331_06735, IPC1332_10900, IPC1333_03260, IPC1334_14490, IPC1335_10585, IPC1336_15040, IPC1337_11350, IPC1338_07490, IPC1339_12735, IPC133_10855, IPC1340_11790, IPC1341_07510, IPC1343_06380, IPC1345_02745, IPC1346_05675, IPC1347_08485, IPC1348_02755, IPC135_13200, IPC137_03780, IPC139_12105, IPC140_07630, IPC141_12315, IPC142_09710, IPC143_09875, IPC144_01055, IPC145_06115, IPC146_01055, IPC1474_02190, IPC1476_02860, IPC1477_06410, IPC1478_01690, IPC1479_15185, IPC147_12070, IPC1480_15440, IPC1481_17805, IPC1482_05515, IPC1485_13825, IPC1486_09235, IPC1487_00765, IPC1488_16575, IPC1489_12290, IPC148_02075, IPC1490_02470, IPC1491_06190, IPC1492_03585, IPC1494_03000, IPC1495_01665, IPC1496_14865, IPC1498_10560, IPC1499_14860, IPC149_01055, IPC1500_06750, IPC1501_01215, IPC1502_04040, IPC1503_01000, IPC1504_01010, IPC1505_13480, IPC1506_19460, IPC1507_05060, IPC1508_10550, IPC1509_14550, IPC150_14460, IPC1510_04225, IPC1511_01525, IPC1512_05030, IPC1513_22270, IPC1514_18185, IPC1515_18905, IPC1516_01320, IPC1517_01215, IPC1518_08030, IPC1519_12340, IPC151_11775, IPC1521_13560, IPC1522_02390, IPC1523_03605, IPC152_09635, IPC153_04910, IPC154_07450, IPC155_07400, IPC156_02990, IPC157_08570, IPC1583_10080, IPC1584_12220, IPC1585_11335, IPC1586_07330, IPC1587_13810, IPC1588_10025, IPC1589_02490, IPC158_07390, IPC1590_14970, IPC1591_08460, IPC1592_11095, IPC1593_06830, IPC1594_02990, IPC1595_05665, IPC1596_09440, IPC1597_09495, IPC1598_01980, IPC1599_03005, IPC159_07400, IPC1600_16790, IPC1601_10780, IPC1602_17245, IPC1603_14770, IPC1604_01745, IPC1605_05455, IPC1606_04825, IPC161_09520, IPC162_09880, IPC163_03825, IPC164_08560, IPC165_03825, IPC166_05525, IPC167_03825, IPC168_20130, IPC169_03825, IPC170_08560, IPC171_16450, IPC172_15260, IPC173_20475, IPC174_05820, IPC175_12970, IPC176_11725, IPC177_13080, IPC178_01215, IPC179_15480, IPC180_10155, IPC181_09045, IPC182_05375, IPC183_01060, IPC184_02640, IPC26_07870, IPC27_04050, IPC29_17535, IPC30_01380, IPC31_02185, IPC32_00905, IPC33_21820, IPC34_13495, IPC35_15445, IPC36_13480, IPC37_01140, IPC38_16530, IPC40_08710, IPC41_10575, IPC43_07930, IPC44_14575, IPC45_08060, IPC46_02025, IPC47_11200, IPC48_15175, IPC49_11615, IPC50_04955, IPC51_01915, IPC54_02210, IPC55_06500, IPC56_01915, IPC574_11290, IPC575_06730, IPC576_12370, IPC577_07725, IPC578_12535, IPC579_11730, IPC57_03340, IPC580_07720, IPC582_13065, IPC584_08355, IPC586_12520, IPC589_07695, IPC58_10915, IPC596_01285, IPC597_08195, IPC598_11110, IPC599_01285, IPC59_19445, IPC600_01285, IPC601_01280, IPC602_01290, IPC603_06120, IPC604_07295, IPC605_06295, IPC606_06290, IPC607_14040, IPC608_02370, IPC609_06890, IPC60_16485, IPC610_02370, IPC611_13025, IPC612_10375, IPC613_14130, IPC614_05225, IPC615_06015, IPC616_11575, IPC618_14040, IPC61_02375, IPC620_19310, IPC621_07445, IPC622_01280, IPC623_18790, IPC624_15950, IPC625_01405, IPC627_01290, IPC629_01405, IPC630_01280, IPC632_13255, IPC633_07865, IPC634_11935, IPC64_06515, IPC65_26010, IPC66_09965, IPC67_22660, IPC68_12530, IPC70_06620, IPC71_07610, IPC72_11155, IPC73_14695, IPC74_10485, IPC75_09820, IPC76_12790, IPC77_07455, IPC78_07465, NCTC13621_02839, PA52Ts2_4326, PAMH19_2113
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZS40
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v polyethylene glycol (PEG) 1000, 10% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 1072 / Rpim(I) all: 0.432

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Y0Y

7y0y


解像度: 2.3→23.49 Å / SU ML: 0.2711 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.2766
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1918 9.32 %
Rwork0.2007 18669 -
obs0.206 20587 95.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→23.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 0 186 3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92194401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0458462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0051432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.37621150.25071147X-RAY DIFFRACTION83.91
2.35-2.420.2811320.22791215X-RAY DIFFRACTION88.15
2.42-2.490.29831240.22741264X-RAY DIFFRACTION90.9
2.49-2.570.29611370.2121251X-RAY DIFFRACTION92.9
2.57-2.660.30841340.20021322X-RAY DIFFRACTION95.79
2.66-2.770.2791310.20311335X-RAY DIFFRACTION95.5
2.77-2.890.25271380.2111327X-RAY DIFFRACTION96.76
2.89-3.050.30221390.21091370X-RAY DIFFRACTION98.31
3.05-3.240.27021360.21771381X-RAY DIFFRACTION99.09
3.24-3.490.27021430.20211367X-RAY DIFFRACTION98.82
3.49-3.830.24331410.1921398X-RAY DIFFRACTION99.55
3.83-4.390.23611490.17551406X-RAY DIFFRACTION99.74
4.39-5.510.20811440.18371421X-RAY DIFFRACTION99.81
5.52-23.490.21741550.19571465X-RAY DIFFRACTION98.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25701233973-0.698374358195-0.5532545719741.865180248260.9938838099271.87511377561-0.0133677090520.2781504639180.0237533149908-0.170512839447-0.02627418486180.1754030923710.229948832155-0.2074211790110.01545289353270.215550355547-0.0661408347297-0.03709364574290.181143827940.005914715680850.10725384507136.93955931281.8617974249614.0273027149
23.564974099591.04489781449-0.3815855601771.62716230892-0.206717214771.167793612530.17960319921-0.4272313037150.08307132748170.263543469105-0.1609354654380.1428855048740.09628447607420.0322392307722-0.03351931127780.196962542231-0.02355478316170.02728486232780.2388101831780.007444156539890.20585470704414.00149638551.3578544010735.6716812059
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 5 through 202)AA5 - 2021 - 196
22(chain 'B' and resid 8 through 202)BB8 - 2021 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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