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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y0s | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A in complex with N-imidazolyl-hexanoyl-L-tyrosyl-L-tyrosine and hydroxylamine | |||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / Dual-functional small molecule / P450 heme domain / Complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jiang, Y. / Dong, S. / Feng, Y. / Cong, Z. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A in complex with N-imidazolyl-hexanoyl-L-tyrosyl-L-tyrosine and hydroxylamine 著者: Jiang, Y. / Dong, S. / Feng, Y. / Cong, Z. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7egnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53352.758 Da / 分子数: 2 / 変異: F87A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512 遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 508.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.38M MgCl2, 0.1M Tris 8.5, 12-18% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.06→71.89 Å / Num. obs: 59965 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 146021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7EGN 解像度: 2.06→52.66 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.25 Å2 / Biso mean: 39.6456 Å2 / Biso min: 16.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.06→52.66 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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