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- PDB-7y0i: Solution structures of ASH1L PHD domain in complex with H3K4me2 p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y0i
タイトルSolution structures of ASH1L PHD domain in complex with H3K4me2 peptide
要素
  • ALA-ARG-THR-MLY-GLN-THR-ALA-ARG-LYS-SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA
  • Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ASH1L / PHD domain / H3K4me2 / prostate cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / flagellated sperm motility ...uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / flagellated sperm motility / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / negative regulation of acute inflammatory response / decidualization / bicellular tight junction / single fertilization / negative regulation of MAPK cascade / post-embryonic development / skeletal system development / PKMTs methylate histone lysines / MAPK cascade / chromosome / methylation / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Bromo adjacent homology domain ...ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Yu, M. / Zeng, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Front Oncol / 年: 2022
タイトル: Structural insight into ASH1L PHD finger recognizing methylated histone H3K4 and promoting cell growth in prostate cancer.
著者: Yu, M. / Jia, Y. / Ma, Z. / Ji, D. / Wang, C. / Liang, Y. / Zhang, Q. / Yi, H. / Zeng, L.
履歴
登録2022年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
B: ALA-ARG-THR-MLY-GLN-THR-ALA-ARG-LYS-SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1704
ポリマ－8,0392
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5110 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L / ASH1-like protein / huASH1 / Absent small and homeotic disks protein 1 homolog / Lysine N-methyltransferase 2H


分子量: 6446.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH1L, KIAA1420, KMT2H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NR48, [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase, [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-THR-MLY-GLN-THR-ALA-ARG-LYS-SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA


分子量: 1592.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D HN(COCA)CB
131isotropic23D 1H-15N NOESY
142isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
152isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
162isotropic23D 13C-edited 13C/15N-Filtered NOESY aliphatic
172isotropic23D 13C-edited 13C/15N-Filtered NOESY aromatic
181isotropic22D TOCSY
191isotropic22D ROESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution150 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100 uM ZINC ION, 2.0 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution250 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100 uM ZINC ION, 2.0 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2Osample_2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
100 uMZINC IONnatural abundance1
2.0 mMDTT[U-100% 2H]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
100 uMZINC IONnatural abundance2
2.0 mMDTT[U-100% 2H]2
試料状態イオン強度: null Not defined / Label: condition_1 / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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