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- PDB-7y01: Crystal structure of ZmMCM10 in complex with 16nt ssDNA at 2.8. A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y01
タイトルCrystal structure of ZmMCM10 in complex with 16nt ssDNA at 2.8. Angstrom resolution
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • MCM10 minichromosome maintenance deficient 10
キーワードPLANT PROTEIN/DNA / DNA binding / maintain genome stability / maintain epigenetic modifications / PLANT PROTEIN / PLANT PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / MCM10 OB-fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / MCM10 minichromosome maintenance deficient 10
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Du, X. / Du, J.
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2023
タイトル: AtMCM10 promotes DNA replication-coupled nucleosome assembly in Arabidopsis.
著者: Zhao, X. / Wang, J. / Jin, D. / Cheng, J. / Chen, H. / Li, Z. / Wang, Y. / Lou, H. / Zhu, J.K. / Du, X. / Gong, Z.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCM10 minichromosome maintenance deficient 10
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9183
ポリマ－24,8522
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.180, 85.180, 103.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 MCM10 minichromosome maintenance deficient 10 / Minichromosome maintenance 10


分子量: 20270.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100279993, ZEAMMB73_Zm00001d022619
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B6TE84
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4581.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / 詳細: 0.2M lithium citrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 11121 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 60687 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EBE

3ebe


解像度: 2.8→36.88 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 532 4.79 %
Rwork0.199 10565 -
obs0.201 11097 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 162.55 Å2 / Biso mean: 61.3436 Å2 / Biso min: 33.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→36.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 202 1 0 1485
Biso mean--56.44 --
残基数----183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8002-3.08190.29291070.2651261199
3.0819-3.52760.27441500.23532600100
3.5276-4.44310.19831430.18642608100
4.4431-36.880.25381320.175274699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68280.0896-0.02981.53460.68980.6991-0.3049-0.15750.90040.04-0.16510.0241-0.1924-0.6201-0.05170.5976-0.05440.0390.627-0.0410.432241.1517-27.3023-17.3901
22.1541-0.30040.54781.76960.18222.51690.53990.0401-0.2855-0.4274-0.48560.0173-0.4092-0.7559-0.01540.6787-0.05020.0750.6008-0.02490.435236.4404-26.2056-16.6165
31.2493-0.3397-0.14132.2476-1.19274.7177-0.00260.07890.5154-0.00420.5774-0.8028-1.58190.7515-0.05530.6634-0.22180.19030.5538-0.0330.597644.459-17.0353-10.058
42.0547-0.96530.44810.4408-0.05381.9628-0.31890.0819-0.15190.4520.2226-0.8589-0.26250.9943-0.08350.4763-0.03160.00360.6967-0.06540.541145.5518-21.61764.3376
52.3494-0.753-0.67491.90180.67281.8708-0.12410.0110.26650.2081-0.1640.85720.3591-1.12960.13690.5754-0.19210.1690.7314-0.15440.635225.0453-22.47563.0501
63.8573-0.9369-2.15332.94712.50722.6675-0.7903-0.16470.29161.90570.2409-0.81741.53480.16970.02880.6556-0.02070.01360.4382-0.04570.500833.1412-30.3422-0.4018
72.49671.325-0.77151.98831.34072.4672-0.08090.42190.09110.3893-0.16430.5864-0.2535-0.55760.02970.5156-0.07060.01650.4847-0.08230.500728.7536-20.5056-2.5858
81.4157-0.60180.59244.0411-0.95982.67620.0203-0.0126-0.19020.020.39410.75060.5347-0.6015-0.09030.8297-0.1106-0.03950.4786-0.02020.430237.3764-22.910211.0292
93.8755-4.22432.57138.8218-3.67783.95320.2212-0.68540.658-0.00980.0873-0.0918-0.06080.0823-0.0680.5046-0.17390.05810.4638-0.04530.490334.3432-19.60494.5745
100.92961.083-0.38781.5560.02220.9867-0.02540.2846-0.24590.07880.0334-0.268-0.0548-0.37290.0330.3937-0.08460.0030.4625-0.03910.423632.2855-25.2337-9.7848
115.4968-0.0266-0.86784.0178-0.78730.58350.0237-0.8037-0.73360.93270.0917-0.83030.08250.22810.12280.5186-0.27740.07390.4991-0.02720.57922.1964-44.1085-1.6409
122.49850.895-0.8582.4090.64551.1604-0.9753-0.1969-0.3799-0.90720.0629-1.08730.1418-0.05670.10080.6351-0.06870.18980.4453-0.0680.704532.7281-43.7882-5.1408
132.89390.32160.08533.85872.89322.16720.6708-0.2328-0.16881.5346-0.9581.24010.5978-0.25940.03781.0249-0.28220.19390.7551-0.14070.880625.7907-22.48678.4932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 81 THROUGH 90 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 91 THROUGH 100 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 101 THROUGH 115 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 116 THROUGH 132 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 133 THROUGH 153 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 154 THROUGH 164 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 165 THROUGH 190 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 201 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 202 THROUGH 209 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 210 THROUGH 224 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 225 THROUGH 237 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'A' AND (RESID 238 THROUGH 251 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 12 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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