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- PDB-7xzi: Cryo-EM structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas rein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xzi
タイトルCryo-EM structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • Ctap3
  • Ctap4
  • Ctap5
  • Protein TIC 20
  • Simp2
  • Simp3
  • Tic100
  • Tic15
  • Tic214
  • Tic56
  • Toc34
  • Toc75
  • Toc90
  • Unknown peptide
キーワードTRANSLOCASE / Complex / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chloroplast fission / chloroplast inner membrane / chloroplast outer membrane / chloroplast membrane / protein transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / GTP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CCB3/YggT / YGGT family / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family ...CCB3/YggT / YGGT family / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / HEXADECANE / AIG1-type G domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Fanciful K+ uptake-b family transporter / Translocase of chloroplast 34 homolog, chloroplastic ...DODECANE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / HEXADECANE / AIG1-type G domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / Fanciful K+ uptake-b family transporter / Translocase of chloroplast 34 homolog, chloroplastic / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein / Protein TIC 20 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / GYF domain-containing protein / Uncharacterized membrane protein ycf78
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Liu, H. / Li, A.J. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesYSBR-015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Architecture of chloroplast TOC-TIC translocon supercomplex.
著者: Hao Liu / Anjie Li / Jean-David Rochaix / Zhenfeng Liu /
要旨: Chloroplasts rely on the translocon complexes in the outer and inner envelope membranes (the TOC and TIC complexes, respectively) to import thousands of different nuclear-encoded proteins from the ...Chloroplasts rely on the translocon complexes in the outer and inner envelope membranes (the TOC and TIC complexes, respectively) to import thousands of different nuclear-encoded proteins from the cytosol. Although previous studies indicated that the TOC and TIC complexes may assemble into larger supercomplexes, the overall architectures of the TOC-TIC supercomplexes and the mechanism of preprotein translocation are unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii. The major subunits of the TOC complex (Toc75, Toc90 and Toc34) and TIC complex (Tic214, Tic20, Tic100 and Tic56), three chloroplast translocon-associated proteins (Ctap3, Ctap4 and Ctap5) and three newly identified small inner-membrane proteins (Simp1-3) have been located in the supercomplex. As the largest protein, Tic214 traverses the inner membrane, the intermembrane space and the outer membrane, connecting the TOC complex with the TIC proteins. An inositol hexaphosphate molecule is located at the Tic214-Toc90 interface and stabilizes their assembly. Four lipid molecules are located within or above an inner-membrane funnel formed by Tic214, Tic20, Simp1 and Ctap5. Multiple potential pathways found in the TOC-TIC supercomplex may support translocation of different substrate preproteins into chloroplasts.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: Ctap3
4: Ctap4
5: Ctap5
7: Toc75
9: Toc90
A: Tic214
B: Protein TIC 20
C: Tic15
D: Simp3
E: Tic100
F: Tic56
G: Toc34
U: Simp2
X: Unknown peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)830,92538
ポリマ－815,14914
非ポリマー15,77624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Blue native PAGE shows the molecular weight of the complex is about 1 MDa., gel filtration, SEC shows the molecular weight of the complex is about 1 MDa.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 13種, 13分子 34579ABCDEFGU

#1: タンパク質 Ctap3


分子量: 51982.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D4W3
#2: タンパク質 Ctap4 / Omp85 domain-containing protein


分子量: 39025.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J6H7
#3: タンパク質 Ctap5


分子量: 42710.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#4: タンパク質 Toc75 / 75 kDa chloroplast membrane translocon


分子量: 87333.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IE32
#5: タンパク質 Toc90 / AIG1-type G domain-containing protein


分子量: 102415.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CR90
#6: タンパク質 Tic214 / Uncharacterized membrane protein ycf78


分子量: 232535.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P36495
#7: タンパク質 Protein TIC 20


分子量: 29545.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IZ79
#8: タンパク質 Tic15


分子量: 14662.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J1J3
#9: タンパク質 Simp3


分子量: 21185.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E0K3
#10: タンパク質 Tic100


分子量: 105817.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DQY7
#11: タンパク質 Tic56


分子量: 28046.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J6R5
#12: タンパク質 Toc34 / Translocase of chloroplast 34 homolog / chloroplastic


分子量: 44598.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HYJ1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#13: タンパク質 Simp2 / Tic13


分子量: 13426.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J5D4

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X

#14: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 1863.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Chain X belongs to an unidentified protein, which contains an alpha helix. The input sequence is a tentative one based on the model. The identity of this chain remains to be revealed in the future.
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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非ポリマー , 6種, 24分子

#15: 化合物
ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM
#16: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#18: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#19: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a membrane protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.812 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
30.06 %DigitoninC56H92O291
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARCv3.2CTF補正
7Coot0.9.4モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 796731 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化最高解像度: 2.77 Å / 交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00238276
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45351901
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.55913835
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0395619
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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