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万見
- PDB-7xzg: High resolution crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xzg
タイトルHigh resolution crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Candida albicans complexed with NAD+
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glycolysis / Homotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host immune response / yeast-form cell wall / fungal biofilm matrix / hyphal cell wall / symbiont cell surface / adhesion of symbiont to host / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / fungal-type cell wall / biological process involved in interaction with host / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity ...symbiont-mediated perturbation of host immune response / yeast-form cell wall / fungal biofilm matrix / hyphal cell wall / symbiont cell surface / adhesion of symbiont to host / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / fungal-type cell wall / biological process involved in interaction with host / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / extracellular matrix binding / fibronectin binding / laminin binding / cell-matrix adhesion / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / extracellular vesicle / cell surface / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans SC5314 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.879 Å
データ登録者Cao, H. / Meng, J. / Ren, Y. / Wan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177036 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Candida albicans complexed with NAD+
著者: Cao, H. / Meng, J. / Ren, Y. / Wan, J.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,84817
ポリマ－143,6354
非ポリマー3,21213
水19,5641086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19220 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area43910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.643, 127.421, 87.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 35908.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) / 遺伝子: TDH3, orf19.6814, CAALFM_C306870WA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ADM7, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32.5% v/v mPEG 550, 0.1M Trisodium citrate, pH 5.4, 1.0M sodium chloride, 20mM Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.879→35.612 Å / Num. obs: 124242 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.1652 / Net I/σ(I): 10.24
反射 シェル解像度: 1.879→1.947 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 12367 / CC1/2: 0.829 / % possible all: 99.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PYM

3pym


解像度: 1.879→35.612 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 2000 1.61 %
Rwork0.1687 122199 -
obs0.1691 124199 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.08 Å2 / Biso mean: 24.4586 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.879→35.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10072 0 212 1086 11370
Biso mean--22.14 32.96 -
残基数----1336
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8794-1.92640.28421420.2358866499
1.9264-1.97850.24311430.20338741100
1.9785-2.03670.22951430.1929869499
2.0367-2.10240.22531420.1894868899
2.1024-2.17750.23031430.17498757100
2.1775-2.26470.20731430.17488746100
2.2647-2.36780.2191430.16918759100
2.3678-2.49260.251430.1799872199
2.4926-2.64870.21781430.17118755100
2.6487-2.85310.20551430.17078744100
2.8531-3.14010.18841440.17168781100
3.1401-3.59410.18331420.1598871799
3.5941-4.52670.17071430.1427868499
4.5267-35.6120.14591430.16874898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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