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- PDB-7xz4: Crystal structure of ferritin from Setaria italica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xz4
タイトルCrystal structure of ferritin from Setaria italica
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin / Setaria italica. Crystal strucutre
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Setaria italica (アワ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, W.M. / Wang, Y. / Wang, H.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)62075118 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21601112 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023
タイトル: Extension Peptide of Plant Ferritin from Setaria italica Presents a Novel Fold.
著者: Wang, W. / Wang, Y. / Xi, H. / Song, Z. / Zhang, W. / Xie, L. / Ma, D. / Qin, N. / Wang, H.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,69817
ポリマ－23,7271
非ポリマー97216
水2,018112
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)592,763408
ポリマ－569,44024
非ポリマー23,323384
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area162110 Å2
ΔGint-849 kcal/mol
Surface area149970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.336, 150.336, 150.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-476-

HOH

21A-508-

HOH

31A-511-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 23726.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Setaria italica (アワ) / 遺伝子: 101778084, SETIT_8G019400v2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K3ZJM0, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium dihydrogen phosphate 2.2M,Tris 0.1M, pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 27759 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 48.4 % / Biso Wilson estimate: 30.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.567 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.573 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.2419.31.667350.4980.3881.7060.758100
2.24-2.2821.71.7667350.9120.3891.8090.752100
2.28-2.3224.71.7357550.8650.3581.7730.779100
2.32-2.3728.61.7027400.9310.3231.7330.802100
2.37-2.4232.51.6527370.8680.2931.6790.86100
2.42-2.48371.6777470.9590.2771.70.843100
2.48-2.5441.61.527490.9450.2371.5390.879100
2.54-2.6146.61.5327380.9710.2251.5490.868100
2.61-2.6955.61.3777370.9730.1851.3890.922100
2.69-2.7762.21.2437530.9850.1591.2530.941100
2.77-2.8765.11.0397370.9880.131.0470.99100
2.87-2.9965.30.8357640.9860.1050.8421.087100
2.99-3.1265.70.687530.9730.0850.6861.16100
3.12-3.2965.90.5787650.9870.0730.5831.212100
3.29-3.4963.50.4247510.9940.0550.4281.276100
3.49-3.7659.50.347680.9920.0460.3431.341100
3.76-4.14570.2627690.9960.0360.2641.341100
4.14-4.7451.20.1847790.9970.0270.1861.15199.9
4.74-5.9753.10.1617970.9980.0230.1630.998100
5.97-5049.20.0788560.9990.0110.0790.512100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J4J

6j4j


解像度: 2.2→37.58 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 2756 9.93 %
Rwork0.1581 25003 -
obs0.1624 27759 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.14 Å2 / Biso mean: 36.2657 Å2 / Biso min: 16.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→37.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 24 112 1781
Biso mean--86.1 38.84 -
残基数----203
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.230.28521290.193111889
2.23-2.270.23011300.1934122494
2.27-2.320.22071350.1799121497
2.32-2.360.21451390.18011265100
2.36-2.420.23181380.17181265100
2.42-2.470.21211390.16641253100
2.47-2.530.19381380.16441258100
2.53-2.60.19321380.15381253100
2.6-2.680.1851360.15261250100
2.68-2.760.23231400.16091276100
2.77-2.860.19121370.1531258100
2.86-2.980.16911390.16591269100
2.98-3.110.18041350.14541262100
3.11-3.280.22441460.16171270100
3.28-3.480.19881380.14781250100
3.48-3.750.17361400.13891273100
3.75-4.130.17041350.13091270100
4.13-4.720.18621430.1343125399
4.73-5.940.23161400.17461263100
5.95-37.580.21451410.1898125998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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