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万見
- PDB-7xz3: Crystal structure of the Type I-B CRISPR-associated protein, Csh2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xz3
タイトルCrystal structure of the Type I-B CRISPR-associated protein, Csh2 from Thermobaculum terrenum
要素CRISPR-associated protein, Csh2 family
キーワードTRANSFERASE / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性CRISPR-associated protein Csh2 / CRISPR-associated protein Cas7, subtype I-B/I-C / CRISPR-associated protein Cas7 / maintenance of CRISPR repeat elements / CRISPR-associated protein, Csh2 family
機能・相同性情報
生物種Thermobaculum terrenum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.889 Å
データ登録者Seo, P.W. / Gu, D.H. / Park, S.Y. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of the type I-B CRISPR Cas7 from Thermobaculum terrenum.
著者: Seo, P.W. / Gu, D.H. / Kim, J.W. / Kim, J.H. / Park, S.Y. / Kim, J.S.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, Csh2 family
B: CRISPR-associated protein, Csh2 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3802
ポリマ－73,3802
非ポリマー00
水7,278404
1
A: CRISPR-associated protein, Csh2 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6901
ポリマ－36,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CRISPR-associated protein, Csh2 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6901
ポリマ－36,6901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.946, 54.432, 96.364
Angle α, β, γ (deg.)106.500, 91.490, 90.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 15 or resid 30...
21(chain B and (resid 1 through 15 or resid 30 through 63 or resid 68 through 319))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 15 or resid 30...AA1 - 157 - 21
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 1 through 15 or resid 30...AA30 - 6336 - 69
13GLYGLYASNASN(chain A and (resid 1 through 15 or resid 30...AA68 - 14874 - 154
14ARGARGLYSLYS(chain A and (resid 1 through 15 or resid 30...AA176 - 223182 - 229
15GLYGLYSERSER(chain A and (resid 1 through 15 or resid 30...AA225 - 319231 - 325
21METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 15 or resid 30 through 63 or resid 68 through 319))BB1 - 157 - 21
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 1 through 15 or resid 30 through 63 or resid 68 through 319))BB30 - 6336 - 69
23GLYGLYSERSER(chain B and (resid 1 through 15 or resid 30 through 63 or resid 68 through 319))BB68 - 31974 - 325

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, Csh2 family


分子量: 36690.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (バクテリア)
遺伝子: Tter_2426 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D1CHV0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7 % (w/v) Polyethylene glycol 3350, 2 % (v/v) Tacsimate pH 5.0, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.889→20 Å / Num. obs: 46406 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.755 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.933.20.55723200.7820.3620.6670.47695.4
1.93-1.973.30.49822840.8360.3190.5940.48695
1.97-2.013.30.45122230.8470.2910.5390.48895.4
2.01-2.053.20.33923050.9050.2230.4080.51995.4
2.05-2.093.20.30623040.9190.2010.3680.54495.1
2.09-2.143.50.2822660.930.1730.3310.52896.3
2.14-2.193.50.23423430.940.1440.2750.59995.9
2.19-2.253.50.20823020.9620.1270.2440.6396
2.25-2.323.50.18122770.9650.1120.2130.64996.2
2.32-2.393.40.15523510.9690.0980.1840.67396.4
2.39-2.483.30.13123040.9740.0840.1560.69596.8
2.48-2.583.30.11523320.9810.0740.1370.72396.7
2.58-2.693.60.10223280.9860.0620.1190.78197.6
2.69-2.843.60.08923770.9870.0550.1050.88397.2
2.84-3.013.60.07422910.9910.0460.0870.9397.8
3.01-3.253.40.06623520.9920.0420.0791.00698.2
3.25-3.573.60.0623660.9930.0370.071.08798.3
3.57-4.083.70.05123490.9950.0310.061.06998.6
4.08-5.133.40.04324050.9960.0280.0511.09698.2
5.13-203.60.03923270.9980.0240.0451.01898.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KHA

7kha


解像度: 1.889→19.895 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 1851 3.99 %
Rwork0.177 44542 -
obs0.1788 46393 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.95 Å2 / Biso mean: 38.7092 Å2 / Biso min: 17.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.889→19.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 0 0 404 4778
Biso mean---49.58 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6885997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4662681
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2590X-RAY DIFFRACTION7.424TORSIONAL
12B2590X-RAY DIFFRACTION7.424TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.889-1.940.27941310.2368315087
1.94-1.99710.25541270.2269334795
1.9971-2.06150.2471510.2053341695
2.0615-2.1350.24311300.1969338396
2.135-2.22040.23051590.1873345296
2.2204-2.32130.26031310.1935342796
2.3213-2.44350.27031420.1904340996
2.4435-2.59630.22821460.1874350197
2.5963-2.79630.28631480.1895344797
2.7963-3.07670.24431480.1941349598
3.0767-3.51980.211500.1758350398
3.5198-4.42650.17561410.1496353599
4.4265-19.8950.20151470.1615347798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2503 Å / Origin y: 63.1419 Å / Origin z: 26.0495 Å
111213212223313233
T0.1912 Å20.002 Å20.0023 Å2-0.2101 Å2-0.0292 Å2--0.2061 Å2
L0.2459 °20.008 °20.0642 °2-0.4352 °2-0.3502 °2--0.4076 °2
S0.0283 Å °-0.0049 Å °-0.014 Å °-0.0591 Å °-0.015 Å °0.014 Å °0.0705 Å °0.011 Å °-0.0083 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 319
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 319
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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