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- PDB-7xyu: Crystal structure of ZER1 bound to TFLH degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xyu
タイトルCrystal structure of ZER1 bound to TFLH degron
要素Protein zer-1 homolog
キーワードLIGASE / E3
機能・相同性Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Leucine-rich repeat domain superfamily / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein zer-1 homolog
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dong, C. / Yan, X. / Li, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900865 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071193 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874039 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: CRL2 ZER1/ZYG11B recognizes small N-terminal residues for degradation.
著者: Li, Y. / Zhao, Y. / Yan, X. / Ye, C. / Weirich, S. / Zhang, B. / Wang, X. / Song, L. / Jiang, C. / Jeltsch, A. / Dong, C. / Mi, W.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein zer-1 homolog
A: Protein zer-1 homolog
C: Protein zer-1 homolog
D: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7314
ポリマ－116,7314
非ポリマー00
水41423
1
B: Protein zer-1 homolog
D: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3662
ポリマ－58,3662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
2
A: Protein zer-1 homolog
C: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3662
ポリマ－58,3662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.779, 67.779, 418.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))
21(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))
31(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))
41chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEU(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))AB516 - 6211 - 106
12ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))AB625 - 650110 - 135
13PROPROASNASN(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))AB654 - 756139 - 241
21THRTHRLEULEU(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))BA516 - 6211 - 106
22ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))BA625 - 650110 - 135
23PROPROASNASN(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))BA654 - 756139 - 241
31THRTHRLEULEU(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))CC516 - 6211 - 106
32ALAALAGLYGLY(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))CC625 - 650110 - 135
33PROPROASNASN(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))CC654 - 756139 - 241
41THRTHRASNASNchain DDD516 - 7561 - 241

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要素

#1: タンパク質
Protein zer-1 homolog / Hzyg / Zyg-11 homolog B-like protein / Zyg11b-like protein


分子量: 29182.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.16 M Sodium Malonate pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.05 Å / Num. obs: 29654 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.01634 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.1203 / Num. unique obs: 2990

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EP3

7ep3


解像度: 2.7→44.9 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3037 1397 4.71 %
Rwork0.2482 28251 -
obs0.2508 29648 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.14 Å2 / Biso mean: 84.6125 Å2 / Biso min: 41.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7827 0 0 23 7850
Biso mean---73.78 -
残基数----963
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2828X-RAY DIFFRACTION8.555TORSIONAL
12B2828X-RAY DIFFRACTION8.555TORSIONAL
13C2828X-RAY DIFFRACTION8.555TORSIONAL
14D2828X-RAY DIFFRACTION8.555TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7-2.80.40591300.336928622992
2.8-2.910.42951430.338427882931
2.91-3.040.40281340.313428392973
3.04-3.20.33311440.296528312975
3.2-3.40.36161420.284128172959
3.4-3.660.31251370.280328002937
3.66-4.030.29191440.251428392983
4.03-4.620.2731280.222328302958
4.62-5.810.26881460.240128182964
5.81-44.90.27981490.228272976
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.2893 Å / Origin y: -53.0466 Å / Origin z: -13.7777 Å
111213212223313233
T0.2172 Å20.1849 Å20.0221 Å2-0.9114 Å20.0096 Å2--0.4533 Å2
L0.3535 °20.4192 °2-0.4637 °2-2.3235 °2-1.3966 °2--1.7536 °2
S0.0675 Å °-0.0416 Å °-0.0543 Å °-0.2526 Å °-0.4222 Å °-0.206 Å °0.1553 Å °0.3122 Å °0.1282 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB516 - 759
2X-RAY DIFFRACTION1allA516 - 760
3X-RAY DIFFRACTION1allC516 - 757
4X-RAY DIFFRACTION1allD516 - 756
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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