PDB-7xyu: Crystal structure of ZER1 bound to TFLH degron

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xyu

タイトル

Crystal structure of ZER1 bound to TFLH degron

要素

Protein zer-1 homolog

キーワード

LIGASE / E3

機能・相同性

機能・相同性情報

Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Dong, C. / Yan, X. / Li, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900865	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071193	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81874039	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: CRL2 ZER1/ZYG11B recognizes small N-terminal residues for degradation.
著者: Li, Y. / Zhao, Y. / Yan, X. / Ye, C. / Weirich, S. / Zhang, B. / Wang, X. / Song, L. / Jiang, C. / Jeltsch, A. / Dong, C. / Mi, W.

履歴

登録	2022年6月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xyu.cif.gz	402.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xyu.ent.gz	333 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xyu_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xyu_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	7xyu_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	7xyu_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xysC 7xytC 7xyvC 7xywC 7xyxC 7ep3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Protein zer-1 homolog

A: Protein zer-1 homolog

C: Protein zer-1 homolog

D: Protein zer-1 homolog

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Protein zer-1 homolog

D: Protein zer-1 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Protein zer-1 homolog

C: Protein zer-1 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.779, 67.779, 418.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))
2	1	(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))
3	1	(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	A	B	516 - 621	1 - 106
1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	A	B	625 - 650	110 - 135
1	3	PRO	PRO	ASN	ASN	(chain A and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	A	B	654 - 756	139 - 241
2	1	THR	THR	LEU	LEU	(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	B	A	516 - 621	1 - 106
2	2	ALA	ALA	GLY	GLY	(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	B	A	625 - 650	110 - 135
2	3	PRO	PRO	ASN	ASN	(chain B and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	B	A	654 - 756	139 - 241
3	1	THR	THR	LEU	LEU	(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	C	C	516 - 621	1 - 106
3	2	ALA	ALA	GLY	GLY	(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	C	C	625 - 650	110 - 135
3	3	PRO	PRO	ASN	ASN	(chain C and (resid 516 through 621 or resid 625 through 650 or resid 654 through 756))	C	C	654 - 756	139 - 241
4	1	THR	THR	ASN	ASN	chain D	D	D	516 - 756	1 - 241

#1: タンパク質	Protein zer-1 homolog / Hzyg / Zyg-11 homolog B-like protein / Zyg11b-like protein 分子量: 29182.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.16 M Sodium Malonate pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.05 Å / Num. obs: 29654 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.01634 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.1203 / Num. unique obs: 2990

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EP3

7ep3

解像度: 2.7→44.9 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3037	1397	4.71 %
R_work	0.2482	28251	-
obs	0.2508	29648	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.14 Å² / B_iso mean: 84.6125 Å² / B_iso min: 41.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→44.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7827	0	0	23	7850
B_iso mean	-	-	-	73.78	-
残基数	-	-	-	-	963

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2828	X-RAY DIFFRACTION	8.555	TORSIONAL
1	2	B	2828	X-RAY DIFFRACTION	8.555	TORSIONAL
1	3	C	2828	X-RAY DIFFRACTION	8.555	TORSIONAL
1	4	D	2828	X-RAY DIFFRACTION	8.555	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.7-2.8	0.4059	130	0.3369	2862	2992
2.8-2.91	0.4295	143	0.3384	2788	2931
2.91-3.04	0.4028	134	0.3134	2839	2973
3.04-3.2	0.3331	144	0.2965	2831	2975
3.2-3.4	0.3616	142	0.2841	2817	2959
3.4-3.66	0.3125	137	0.2803	2800	2937
3.66-4.03	0.2919	144	0.2514	2839	2983
4.03-4.62	0.273	128	0.2223	2830	2958
4.62-5.81	0.2688	146	0.2401	2818	2964
5.81-44.9	0.2798	149	0.2	2827	2976

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.2893 Å / Origin y: -53.0466 Å / Origin z: -13.7777 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2172 Å²	0.1849 Å²	0.0221 Å²	-	0.9114 Å²	0.0096 Å²	-	-	0.4533 Å²
L	0.3535 °²	0.4192 °²	-0.4637 °²	-	2.3235 °²	-1.3966 °²	-	-	1.7536 °²
S	0.0675 Å °	-0.0416 Å °	-0.0543 Å °	-0.2526 Å °	-0.4222 Å °	-0.206 Å °	0.1553 Å °	0.3122 Å °	0.1282 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	516 - 759
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	516 - 760
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	516 - 757
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	516 - 756
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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