PDB-7xyt: Crystal structure of ZER1 bound to AFLH degron

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xyt

タイトル

Crystal structure of ZER1 bound to AFLH degron

要素

Protein zer-1 homolog

キーワード

LIGASE / E3

機能・相同性

機能・相同性情報

Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Dong, C. / Yan, X. / Li, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900865	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071193	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81874039	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: CRL2 ZER1/ZYG11B recognizes small N-terminal residues for degradation.
著者: Li, Y. / Zhao, Y. / Yan, X. / Ye, C. / Weirich, S. / Zhang, B. / Wang, X. / Song, L. / Jiang, C. / Jeltsch, A. / Dong, C. / Mi, W.

履歴

登録	2022年6月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xyt.cif.gz	439.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xyt.ent.gz	362 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xyt_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xyt_full_validation.pdf.gz	463 KB	表示
XML形式データ	7xyt_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	7xyt_validation.cif.gz	69.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xysC 7xyuC 7xyvC 7xywC 7xyxC 7ep3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein zer-1 homolog

B: Protein zer-1 homolog

D: Protein zer-1 homolog

C: Protein zer-1 homolog

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein zer-1 homolog

D: Protein zer-1 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein zer-1 homolog

C: Protein zer-1 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.979, 138.273, 69.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein zer-1 homolog / Hzyg / Zyg-11 homolog B-like protein / Zyg11b-like protein 分子量: 29308.936 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4F, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→138.27 Å / Num. obs: 170861 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8.97
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / R_merge(I) obs: 1.568 / Num. unique obs: 12605

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EP3

7ep3

解像度: 1.5→34.61 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2255	8515	4.99 %
R_work	0.1957	-	-
obs	0.1972	170646	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7958	0	0	1059	9017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8163
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816	11031
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.08	1046
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1197
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2953	275	0.2897	5439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.53	0.3228	257	0.276	5354	X-RAY DIFFRACTION	99
1.53-1.55	0.2749	336	0.2549	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2927	301	0.2533	5364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.2681	265	0.2417	5385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.2824	276	0.2335	5429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.2623	237	0.2331	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.2453	333	0.2235	5379	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.25	302	0.2122	5405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2453	285	0.2094	5357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.241	291	0.2059	5387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2473	295	0.211	5465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2393	304	0.2087	5305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.248	304	0.2013	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.2244	264	0.2061	5448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.93	0.2782	279	0.2172	5440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.2421	281	0.2079	5344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.04	0.2476	258	0.2072	5445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.2339	292	0.198	5356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.2309	261	0.1948	5455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.232	279	0.1888	5438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.33	0.2247	312	0.194	5339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.44	0.24	271	0.1955	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.56	0.225	277	0.1936	5478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.73	0.2205	235	0.1932	5440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.2235	288	0.1909	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.23	0.2038	255	0.189	5431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.7	0.2065	301	0.1848	5442	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.66	0.2014	298	0.1711	5419	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-34.61	0.1959	303	0.1786	5405	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.0207 Å / Origin y: 13.2666 Å / Origin z: 0.7674 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0872 Å²	0.0061 Å²	-0.0031 Å²	-	0.1444 Å²	0.0072 Å²	-	-	0.1202 Å²
L	0.1349 °²	-0.0263 °²	-0.0256 °²	-	0.5787 °²	0.2211 °²	-	-	0.2811 °²
S	-0.0483 Å °	-0.0478 Å °	-0.0044 Å °	0.0396 Å °	0.0574 Å °	0.0041 Å °	0.0257 Å °	0.013 Å °	-0.01 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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