+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xys | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of ZER1 bound to SFLH degron | ||||||||||||
要素 | Protein zer-1 homolog | ||||||||||||
キーワード | LIGASE / E3 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dong, C. / Yan, X. / Li, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: CRL2 ZER1/ZYG11B recognizes small N-terminal residues for degradation. 著者: Li, Y. / Zhao, Y. / Yan, X. / Ye, C. / Weirich, S. / Zhang, B. / Wang, X. / Song, L. / Jiang, C. / Jeltsch, A. / Dong, C. / Mi, W. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xys.cif.gz | 244.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7xys.ent.gz | 191.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xys | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29324.936 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4F, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.42 |
反射 | 解像度: 1.7→48.53 Å / Num. obs: 116008 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.33 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.453 / Num. unique obs: 36520 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EP3 解像度: 1.7→36.72 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 53.65 / 位相誤差: 30.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.32 Å2 / Biso mean: 17.7899 Å2 / Biso min: 5.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→36.72 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
|