PDB-7xyr: Cystal Structure of Beta-glucuronidase from Bacteroides thetaiota...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xyr

タイトル

Cystal Structure of Beta-glucuronidase from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

HYDROLASE / beta-glucuronidase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 2 Å

データ登録者

Teng, X. / Wang, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cystal Structure of Beta-glucuronidase from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Teng, X. / Wang, C.

履歴

登録	2022年6月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xyr.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xyr.ent.gz	103 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xyr_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xyr_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	7xyr_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	7xyr_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (7) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.582, 122.249, 105.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-971- HOH
2	1	A-1024- HOH
3	1	A-1145- HOH
4	1	A-1151- HOH

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase 分子量: 67340.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: GAN91_07525, GAO00_01885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I0TE21, beta-glucuronidase
#2: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10%PEG3350, 0.2 M NaCl,0.1 M MES PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 2 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→23.892 Å / Num. obs: 44460 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.71
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 4387 / CC_1/2: 0.866

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2→23.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 4.755 / SU ML: 0.127 / Average fsc free: 0.9045 / Average fsc work: 0.9191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2322	2260	5.1 %
R_work	0.1902	42053	-
all	0.192	-	-
obs	-	44313	99.573 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.639 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→23.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4383	0	37	452	4872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.643	6133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.399	1.573	9405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.815	5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.801	23.096	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.445	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.434	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.958	2.464	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.951	2.462	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.854	3.678	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.853	3.68	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.367	2.669	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.366	2.669	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.564	3.909	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.563	3.91	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.532	29.623	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.532	29.625	5261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.311	184	0.269	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.6329
2.052-2.108	0.293	169	0.251	2988	X-RAY DIFFRACTION	99.8419
2.108-2.169	0.31	157	0.239	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.9026
2.169-2.236	0.262	146	0.226	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.6678
2.236-2.309	0.278	161	0.21	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.7934
2.309-2.39	0.251	139	0.206	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.6456
2.39-2.48	0.234	147	0.204	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.5965
2.48-2.581	0.275	116	0.212	2468	X-RAY DIFFRACTION	99.3464
2.581-2.696	0.277	113	0.199	2384	X-RAY DIFFRACTION	99.2448
2.696-2.828	0.238	126	0.18	2274	X-RAY DIFFRACTION	99.2556
2.828-2.98	0.254	98	0.184	2171	X-RAY DIFFRACTION	99.2129
2.98-3.161	0.232	116	0.192	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.4508
3.161-3.379	0.229	97	0.188	1946	X-RAY DIFFRACTION	99.9022
3.379-3.649	0.231	81	0.185	1836	X-RAY DIFFRACTION	99.8438
3.649-3.996	0.193	92	0.168	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.996-4.466	0.191	79	0.142	1527	X-RAY DIFFRACTION	99.9378
4.466-5.154	0.144	84	0.136	1343	X-RAY DIFFRACTION	99.7902
5.154-6.306	0.185	79	0.168	1138	X-RAY DIFFRACTION	99.9179
6.306-8.889	0.252	55	0.19	918	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.23	21	0.198	512	X-RAY DIFFRACTION	93.1818

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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