PDB-7xyj: Structure of WSSV thymidylate synthase in complex with dUMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xyj

タイトル

Structure of WSSV thymidylate synthase in complex with dUMP

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / white spot syndrome virus / dTTP / nucleotide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

White spot syndrome virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.275 Å

データ登録者

Ma, Q. / Liu, C. / Zang, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of WSSV thymidylate synthase in complex with dUMP
著者: Ma, Q. / Liu, C. / Zang, K.

履歴

登録	2022年6月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xyj.cif.gz	472.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xyj.ent.gz	386.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xyj_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xyj_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7xyj_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	7xyj_validation.cif.gz	57.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k7rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.910, 132.350, 234.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Thymidylate synthase 分子量: 33394.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) White spot syndrome virus (ウイルス) 株: isolate Shrimp/China/Tongan/1996 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q77J90, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The protein in complex with dUMP was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (10 mg/ml protein + 5 mM dUMP incubated at 4 degrees for 4 h) and 1 ul reservoir solution (100 mM ...詳細: The protein in complex with dUMP was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (10 mg/ml protein + 5 mM dUMP incubated at 4 degrees for 4 h) and 1 ul reservoir solution (100 mM Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350, 200 mM Li2SO4).

結晶

マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.37 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The protein in complex with dUMP was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (10 mg/ml protein + 5 mM dUMP incubated at 4 degrees for 4 h) and 1 ul reservoir solution (100 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.275→117.054 Å / Num. obs: 79528 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.073 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 2.275→2.282 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 775 / CC_1/2: 0.902 / R_pim(I) all: 0.341 / R_rim(I) all: 1.21 / R_sym value: 1.159 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	Jan 26, 2018, built on 20180409	データ削減
Aimless	version 0.5.29	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K7R

6k7r

解像度: 2.275→117.054 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.201 / SU R_free Blow DPI: 0.16 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.163

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	3955	4.98 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.189	79438	99.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.13 Å² / B_iso mean: 60.93 Å² / B_iso min: 33.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.7716 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.2111 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.9827 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.275→117.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9026	0	213	194	9433
B_iso mean	-	-	76.77	54.96	-
残基数	-	-	-	-	1120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	3367	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	216	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1376	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	9455	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1168	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	10540	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	9455	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	12762	HARMONIC	2	1.08
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.45
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.89

LS精密化シェル

解像度: 2.275→2.33 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	286	5.38 %
R_work	0.214	5031	-
obs	-	-	91.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2584	-0.0347	-0.6088	1.9565	-0.2559	2.0047	0.1337	-0.2023	0.1056	0.6157	-0.1157	-0.0505	-0.315	0.2231	-0.018	-0.0298	-0.0744	-0.0061	-0.2337	-0.0647	-0.2925	13.5198	46.0535	45.8567
2	1.1021	0.3986	-0.5347	1.5276	0.0174	1.7763	0.0843	0.0462	0.142	-0.209	-0.028	0.0942	-0.2539	-0.0887	-0.0563	-0.1348	0.056	0.0068	-0.2246	0.0281	-0.2134	12.366	46.892	17.7702
3	1.0096	0.2212	0.3444	1.4974	-0.2639	1.8316	-0.0728	-0.2385	-0.0709	0.2519	0.0489	0.0348	0.1048	-0.0963	0.0239	-0.1372	0.021	0.0476	-0.174	0.0588	-0.2628	5.7348	0.0798	40.3581
4	1.119	-0.1543	0.0783	1.2385	-0.3356	1.9219	-0.0319	0.2099	-0.1612	-0.1342	0.0057	0.0653	0.3126	0.0492	0.0262	-0.1719	-0.0114	0.0069	-0.1895	0.0013	-0.2015	5.821	-1.2521	12.2594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	-2 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	2 - 280
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	1 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	3 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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