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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xy3 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with VHH14 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / spike / SARS-CoV-2 / coronavirus / glycoprotein / nanobody / complex / VIRAL PROTEIN / Cryo-EM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Cao, D. / Fan, X. / Zhang, X. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Identification of nano-abzymes to catalyze the spike-trimer of SARS-CoV-2 著者: Wang, K. / Cao, D. / Liu, L. / Fan, X. / Wang, H. / Zhang, X. / Yang, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xy3.cif.gz | 592.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xy3.ent.gz | 480.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xy3_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xy3_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xy3_validation.xml.gz | 91.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xy3_validation.cif.gz | 139 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xy3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33509MC 7xy4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 125135.594 Da / 分子数: 3 / 変異: R682G, R683G, R685S, K986P and V987P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 #2: タンパク質 | | 分子量: 17729.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35792 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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