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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xxy | ||||||
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タイトル | Macaca mulatta galectin-10/Charcot-Leyden crystal protein with lactose | ||||||
![]() | Galectin-10/Charcot-Leyden crystal protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Macaca mulatta galectin-10/Charcot-Leyden crystal protein with lactose | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Su, J.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Glutathione disrupts galectin-10 Charcot-Leyden crystal formation to possibly ameliorate eosinophil-based diseases such as asthma. 著者: Na, H. / Sayed, H. / Ayala, G.J. / Wang, X. / Liu, Y. / Yu, J. / Liu, T. / Mayo, K.H. / Su, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 813.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16500.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→19.47 Å / Num. obs: 14830 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.741 / Num. unique obs: 941 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XRG 解像度: 1.92→19.47 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.92 Å2 / Biso mean: 25.4857 Å2 / Biso min: 15.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→19.47 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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