PDB-7xwu: Ketoreductase CpKR mutant - M1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xwu

タイトル

Ketoreductase CpKR mutant - M1

要素

Epimerase domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ketoreductase

機能・相同性

: / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Candida parapsilosis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chen, C. / Zheng, Y.C. / Pan, J. / Xu, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computational Redesign of a robust Ketoreductase for Asymmetric Synthesis of Enantiopure diltiazem precursor.
著者: Chen, C. / Zheng, Y.C. / Pan, J. / Xu, J.H.

履歴

登録	2022年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xwu.cif.gz	158.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xwu.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xwu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xwu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7xwu_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	7xwu_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y0kC 6kwtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Epimerase domain-containing protein

B: Epimerase domain-containing protein

ヘテロ分子

84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Epimerase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Epimerase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.271, 53.562, 79.565
Angle α, β, γ (deg.)	78.750, 81.650, 78.150
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Epimerase domain-containing protein 分子量: 41524.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida parapsilosis (酵母) / 株: CDC 317 / ATCC MYA-4646 / 遺伝子: CPAR2_100480 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: G8B6C8
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 43031 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 152835

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.7	0.272	2112	0.928	0.164	0.318	1.017	96.8
2.03-2.07	3.7	0.262	2171	0.87	0.158	0.307	1.088	97.3
2.07-2.11	3.6	0.21	2103	0.945	0.128	0.246	1.037	96.9
2.11-2.15	3.6	0.18	2156	0.963	0.11	0.211	1.032	97.5
2.15-2.2	3.6	0.142	2091	0.972	0.087	0.167	0.951	97.4
2.2-2.25	3.5	0.135	2148	0.97	0.084	0.159	1.106	97.4
2.25-2.31	3.3	0.119	2141	0.97	0.076	0.142	1.256	96.9
2.31-2.37	3.6	0.11	2123	0.971	0.067	0.129	1.27	97.9
2.37-2.44	3.7	0.09	2179	0.986	0.054	0.105	0.852	97.9
2.44-2.52	3.6	0.076	2130	0.99	0.046	0.089	0.844	98
2.52-2.61	3.6	0.068	2166	0.99	0.042	0.08	0.747	98.1
2.61-2.71	3.5	0.058	2154	0.992	0.036	0.069	0.734	98.2
2.71-2.84	3.3	0.049	2156	0.993	0.031	0.058	0.657	98
2.84-2.99	3.6	0.047	2170	0.993	0.028	0.055	0.609	98.7
2.99-3.17	3.7	0.042	2176	0.994	0.025	0.049	0.639	98.4
3.17-3.42	3.6	0.038	2151	0.993	0.024	0.045	0.608	98.9
3.42-3.76	3.3	0.034	2171	0.994	0.022	0.041	0.593	99
3.76-4.31	3.7	0.035	2164	0.995	0.021	0.041	0.598	99.2
4.31-5.43	3.5	0.033	2183	0.992	0.02	0.039	0.73	99.4
5.43-50	3.6	0.039	2186	0.993	0.023	0.045	1.647	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.17_3644	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KWT

6kwt

解像度: 2→46.84 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	2189	5.09 %
R_work	0.2016	40820	-
obs	0.2035	43009	97.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.15 Å² / B_iso mean: 32.8796 Å² / B_iso min: 4.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5186	0	103	425	5714
B_iso mean	-	-	32.31	34.33	-
残基数	-	-	-	-	663

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.04	0.3049	128	0.2498	2420	92
2.04-2.09	0.2789	128	0.2409	2524	97
2.09-2.14	0.3262	128	0.2315	2572	97
2.14-2.2	0.2679	143	0.2279	2489	97
2.2-2.26	0.2485	119	0.2225	2585	98
2.26-2.34	0.2543	147	0.2299	2538	97
2.34-2.42	0.2794	139	0.2309	2574	98
2.42-2.52	0.2289	128	0.2238	2512	98
2.52-2.63	0.2837	144	0.2233	2577	98
2.63-2.77	0.2577	146	0.2153	2544	98
2.77-2.95	0.2519	130	0.207	2601	98
2.95-3.17	0.2535	153	0.2081	2572	99
3.17-3.49	0.2117	131	0.1974	2550	99
3.49-4	0.2052	145	0.1752	2590	99
4-5.03	0.2019	128	0.1694	2595	99
5.04-46.84	0.2176	152	0.1776	2577	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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