PDB-7xws: Crystal structure of Wild Type Cypovirus Polyhedra produced by ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xws

タイトル

Crystal structure of Wild Type Cypovirus Polyhedra produced by cell-free protein synthesis with small volume

要素

Polyhedrin

キーワード

VIRAL PROTEIN / Cell-free crystallization / in cell crystal

機能・相同性

Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / ACETYL GROUP / Polyhedrin

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Abe, S. / Tanaka, J. / Kojima, M. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Ueno, T.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Cell-free protein crystallization for nanocrystal structure determination.
著者: Abe, S. / Tanaka, J. / Kojima, M. / Kanamaru, S. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Kobayashi, A. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xws.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xws.ent.gz	47.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xws_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xws_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	7xws_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	7xws_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/7xws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xhrC 7xhsC 5gqmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
341 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.600, 103.600, 103.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-518- HOH

#1: タンパク質	Polyhedrin / C-polyhedrin 分子量: 28361.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell-free synthesis 由来: (組換発現) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) 発現宿主: Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P11041
#2: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: small tubes / 詳細: cell-free crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 13641 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 447.7 % / CC_1/2: 0.9908 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.95→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 309 / CC_1/2: 0.6707 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.18.2	精密化
CrystFEL		データスケーリング
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5gqm

5gqm

解像度: 1.95→42.295 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 4.741 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	1372	10.07 %
R_work	0.1659	12252	-
all	0.171	-	-
obs	-	13624	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2006	0	4	119	2129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.642	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.34	1.572	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.657	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.904	22.269	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.989	15	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.601	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.177	2.108	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.172	2.108	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.64	3.154	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.639	3.155	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.603	2.306	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.602	2.305	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.426	3.384	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.422	3.383	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.223	24.125	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.172	24.049	2288

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.409	99	0.338	877	0.345	976	0.791	0.791	0.331
2.001-2.055	0.334	94	0.314	855	0.316	949	0.816	0.849	0.302
2.055-2.115	0.294	94	0.266	871	0.268	965	0.844	0.868	0.249
2.115-2.18	0.278	91	0.215	811	0.221	902	0.906	0.91	0.198
2.18-2.251	0.25	92	0.176	817	0.183	909	0.903	0.934	0.158
2.251-2.33	0.235	87	0.156	749	0.164	836	0.922	0.944	0.139
2.33-2.418	0.19	83	0.138	761	0.143	844	0.946	0.958	0.122
2.418-2.516	0.208	83	0.145	721	0.151	804	0.941	0.957	0.13
2.516-2.627	0.22	79	0.146	689	0.154	768	0.947	0.962	0.13
2.627-2.755	0.209	75	0.149	674	0.155	749	0.95	0.962	0.135
2.755-2.903	0.173	70	0.156	633	0.158	703	0.958	0.965	0.142
2.903-3.079	0.183	66	0.157	593	0.159	659	0.964	0.968	0.143
3.079-3.29	0.244	64	0.149	562	0.158	626	0.941	0.967	0.14
3.29-3.552	0.166	59	0.143	531	0.146	590	0.969	0.972	0.137
3.552-3.888	0.197	54	0.123	505	0.13	559	0.964	0.976	0.118
3.888-4.342	0.188	50	0.11	433	0.117	483	0.965	0.981	0.111
4.342-5.005	0.17	45	0.136	394	0.14	439	0.983	0.984	0.137
5.005-6.109	0.198	39	0.176	344	0.178	383	0.975	0.979	0.17
6.109-8.551	0.224	29	0.202	263	0.205	292	0.972	0.972	0.196
8.551-42.295	0.219	19	0.269	169	0.264	188	0.947	0.965	0.271

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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