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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xwd | ||||||||||||
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タイトル | Apo-AtPRT6 UBR box | ||||||||||||
![]() | E3 ubiquitin-protein ligase PRT6 | ||||||||||||
![]() | LIGASE / PRT6 / UBR box / E3 ubiquitin ligase / Arabidopsis thaliana | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of seed germination / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / regulation of lipid catabolic process / response to abscisic acid / defense response to fungus / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...regulation of seed germination / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / regulation of lipid catabolic process / response to abscisic acid / defense response to fungus / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / defense response to bacterium / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kim, L. / Song, H.K. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analyses of plant PRT6-UBR box for Cys-Arg/N-degron pathway and insights into the plant submergence resistance 著者: Kim, L. / Lin, C.C. / Lin, T.J. / Cao, Y.C. / Chen, M.C. / Chou, M.Y. / Lin, W.H. / Kim, M. / Wu, J.L. / Shih, M.C. / Song, H.K. / Ho, M.C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xweC ![]() 7xwfC ![]() 7xwgC ![]() 7y6wC ![]() 7y6xC ![]() 7y6yC ![]() 7y6zC ![]() 7y70C ![]() 6lhnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7604.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRT6, CER3, GED1, At5g02310/At5g02300, T1E22.70/T1E22.60 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.5, 0.1 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.396→43.583 Å / Num. obs: 5882 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.396→2.482 Å / Num. unique obs: 573 / CC1/2: 0.815 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LHN 解像度: 2.396→43.583 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.396→43.583 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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