[日本語] English
万見
- PDB-7xvq: Crystal structure of AcrIIC4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xvq
タイトルCrystal structure of AcrIIC4
要素Uncharacterized protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, H. / Li, X.Z. / Song, G.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Inhibitory mechanism of CRISPR-Cas9 by AcrIIC4.
著者: Xuzichao Li / Fumeng Liao / Jiaqi Gao / Guangyong Song / Chendi Zhang / Nan Ji / Xiaoshen Wang / Jing Wen / Jia He / Yong Wei / Heng Zhang / Zhuang Li / Guimei Yu / Hang Yin /
要旨: CRISPR-Cas systems act as the adaptive immune systems of bacteria and archaea, targeting and destroying invading foreign mobile genetic elements (MGEs) such as phages. MGEs have also evolved anti- ...CRISPR-Cas systems act as the adaptive immune systems of bacteria and archaea, targeting and destroying invading foreign mobile genetic elements (MGEs) such as phages. MGEs have also evolved anti-CRISPR (Acr) proteins to inactivate the CRISPR-Cas systems. Recently, AcrIIC4, identified from Haemophilus parainfluenzae phage, has been reported to inhibit the endonuclease activity of Cas9 from Neisseria meningitidis (NmeCas9), but the inhibition mechanism is not clear. Here, we biochemically and structurally investigated the anti-CRISPR activity of AcrIIC4. AcrIIC4 folds into a helix bundle composed of three helices, which associates with the REC lobe of NmeCas9 and sgRNA. The REC2 domain of NmeCas9 is locked by AcrIIC4, perturbing the conformational dynamics required for the target DNA binding and cleavage. Furthermore, mutation of the key residues in the AcrIIC4-NmeCas9 and AcrIIC4-sgRNA interfaces largely abolishes the inhibitory effects of AcrIIC4. Our study offers new insights into the mechanism of AcrIIC4-mediated suppression of NmeCas9 and provides guidelines for the design of regulatory tools for Cas9-based gene editing applications.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9414
ポリマ－39,9414
非ポリマー00
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area22090 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.917, 48.468, 49.147
Angle α, β, γ (deg.)66.800, 95.720, 65.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 9985.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌)
遺伝子: NCTC10672_00033, NCTC10672_02354 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377JKY9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.94 Å / Num. obs: 28492 / % possible obs: 89.01 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.71 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.05
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 2793 / CC1/2: 0.872

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold2

解像度: 1.8→42.94 Å / SU ML: 0.2767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.7576
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2848 3524 7.03 %
Rwork0.2273 46628 -
obs0.2311 28487 78.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2744 0 0 179 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92253733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5872353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.35971190.3061505X-RAY DIFFRACTION63.99
1.82-1.850.36611300.29771830X-RAY DIFFRACTION76.92
1.85-1.880.33391580.27061919X-RAY DIFFRACTION78.08
1.88-1.90.29081370.25891838X-RAY DIFFRACTION78.12
1.9-1.940.34571210.25761850X-RAY DIFFRACTION77.48
1.94-1.970.33711380.26751861X-RAY DIFFRACTION77.24
1.97-2.010.27861300.26051831X-RAY DIFFRACTION76.66
2.01-2.040.32731500.23791809X-RAY DIFFRACTION76.34
2.04-2.090.3531590.24371774X-RAY DIFFRACTION75.69
2.09-2.130.29981480.24261798X-RAY DIFFRACTION75.08
2.13-2.180.3757960.23921610X-RAY DIFFRACTION67.32
2.18-2.230.28041570.23461872X-RAY DIFFRACTION76.97
2.23-2.30.27461490.23981927X-RAY DIFFRACTION81.28
2.3-2.360.30631330.2291939X-RAY DIFFRACTION80.06
2.36-2.440.36221420.22941868X-RAY DIFFRACTION79.38
2.44-2.530.2491400.23151934X-RAY DIFFRACTION80.26
2.53-2.630.33361500.23661916X-RAY DIFFRACTION79.83
2.63-2.750.26061460.24061849X-RAY DIFFRACTION77.15
2.75-2.890.30811170.23131809X-RAY DIFFRACTION74.48
2.89-3.070.24791380.22122045X-RAY DIFFRACTION84.74
3.07-3.310.29851550.23671943X-RAY DIFFRACTION83.32
3.31-3.640.26741600.21211957X-RAY DIFFRACTION82.57
3.64-4.170.24271300.18751814X-RAY DIFFRACTION75.35
4.17-5.250.25911600.20442114X-RAY DIFFRACTION87.73
5.25-42.940.26941610.23192016X-RAY DIFFRACTION84.64

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る