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- PDB-7xvj: Crystal structure of CdpNPT in complex with harmol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xvj
タイトルCrystal structure of CdpNPT in complex with harmol
要素Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferases / cyclic dipeptide N-prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophanyl aminopeptidase / alkaloid metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / aminopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
1-methyl-9~{H}-pyrido[3,4-b]indol-7-ol / PHOSPHATE ION / Cyclic dipeptide prenyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Morita, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02777 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K15303 日本
引用ジャーナル: J Nat Med / 年: 2022
タイトル: Enzymatic formation of a prenyl beta-carboline by a fungal indole prenyltransferase.
著者: Hamdy, S.A. / Kodama, T. / Nakashima, Y. / Han, X. / Matsui, T. / Morita, H.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
C: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
D: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,42513
ポリマ－184,4674
非ポリマー9589
水13,908772
1
A: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3073
ポリマ－46,1171
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
2
B: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3073
ポリマ－46,1171
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
3
C: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3073
ポリマ－46,1171
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
4
D: Cyclic dipeptide N-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5054
ポリマ－46,1171
非ポリマー3883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.265, 158.669, 161.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Cyclic dipeptide N-prenyltransferase


分子量: 46116.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: cdpNPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1D8L6
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-HFI / 1-methyl-9~{H}-pyrido[3,4-b]indol-7-ol / harmol / ハルモ-ル


分子量: 198.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.052 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.97 Å / Num. obs: 163438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 1.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 63798 / CC1/2: 0.788 / Rrim(I) all: 1.322 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E0U

4e0u


解像度: 2.4→46.97 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 23.7364
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 8501 5.2 %
Rwork0.1842 154937 -
obs0.1866 163438 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12634 0 30 772 13436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002913099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.541317808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04031948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00372282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.33154749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.31843760.28457774X-RAY DIFFRACTION95.27
2.44-2.490.32264440.27497760X-RAY DIFFRACTION94.54
2.49-2.540.30934590.26917670X-RAY DIFFRACTION94.28
2.54-2.590.30434420.26147713X-RAY DIFFRACTION94.51
2.59-2.640.31244260.26457800X-RAY DIFFRACTION94.78
2.64-2.70.29824360.24817658X-RAY DIFFRACTION94.57
2.7-2.770.26934440.24037724X-RAY DIFFRACTION94.52
2.77-2.850.26184140.22827772X-RAY DIFFRACTION94.88
2.85-2.930.26633740.22017819X-RAY DIFFRACTION95.42
2.93-3.020.25344130.2087725X-RAY DIFFRACTION94.9
3.02-3.140.26074300.19547787X-RAY DIFFRACTION94.77
3.14-3.260.23113970.18677768X-RAY DIFFRACTION95.14
3.26-3.430.22434420.17877703X-RAY DIFFRACTION94.56
3.43-3.580.22484300.16917745X-RAY DIFFRACTION94.73
3.58-3.840.20593920.16377797X-RAY DIFFRACTION95.21
3.84-4.10.17424740.15067704X-RAY DIFFRACTION94.2
4.1-4.640.16733920.13167770X-RAY DIFFRACTION95.2
4.64-5.170.1644070.13287754X-RAY DIFFRACTION95
5.17-5.70.17463550.16587839X-RAY DIFFRACTION95.67
5.7-46.970.22164690.18167694X-RAY DIFFRACTION94.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0166321338380.0368038395689-0.03459409375990.0849194015226-0.01415693984410.0847143930579-0.01160378616530.03047689138980.0185712033135-0.01018776186830.008100840295180.0455720213971-0.04113151216830.03524330466640.04564848029350.112294182257-0.026088569436-0.01226109673480.2003579378550.01327062670660.105409281487-18.990318491913.2728696962-22.0692618506
20.05704908687540.0245701824571-0.01751147940420.0421357030702-0.03234759874820.02374927309350.0751487660957-0.05311294179970.06344681423390.0735338178846-0.0422496233006-0.0712722596396-0.1199804249040.134339961002-4.49504674627E-60.211317222659-0.0798157333440.001304890601320.245887731449-0.01366716245310.170468049341-5.2253381047229.3733129841-17.5724620105
30.0231576001928-0.01016142297140.02191866638130.1554466549960.01331498704280.0276443289293-0.03688452185230.02498800580160.0384601244136-0.1511818010320.04992301429120.00836736212716-0.05210153177580.1019003148920.00990571006050.168014471974-0.0655261751812-0.0005101836312630.2742389645120.02920416731890.132379091968-6.7819446955725.4671092221-34.7764272391
40.132292747720.03626491021150.02543118185960.0234522187560.02231161273740.0446353155864-0.0169731099474-0.006466584111090.05843695432590.0189947825791-0.0327676128042-0.0377017957549-0.0297858094562-0.0728561899107-0.03503025596010.00513345735555-0.00715726089446-0.009800384325640.2818345357130.00353082783960.12107722557237.1404177673-1.97308828633-24.3081295556
50.13755916019-0.0352713593013-0.06229429152130.0965859449063-0.004614593711870.0250993523671-0.02189130259040.286157127689-0.08992776054910.03863832479430.0409537619980.04490687961490.10111904616-0.151631877371-0.0138597333152-0.074260611495-0.04216959875880.01615537103290.4701261379-0.06876637224090.18193401400418.6015216133-12.0900180701-33.1091826053
60.096523678779-0.0258648773390.04636947465070.0537895888799-0.02397934086880.0909108337765-0.07642903977890.01570727785450.09714325891880.009199942426730.0136324514131-0.031383726537-0.037970614658-0.0825559528656-0.005232338778380.09606486349790.00538662106105-0.02107835935420.311652049883-0.001986527467510.20138766432216.1803298353.57666823559-23.8968733701
70.107252342515-0.104697616396-0.003491672399130.0937551042510.01865835927730.09484738373760.0162867607573-0.0274217658002-0.02354487323880.0048307633941-0.02644288858590.0371740709720.08226704655240.0212888807224-0.001427432884190.1189679800610.000337308358897-0.001847118632980.1946233646060.008134965900950.13312790018-25.1053775494-20.3417321342-22.8089091785
80.0467270465813-0.0494714165694-0.02913229038630.04140402153270.04351781982560.08807128487620.001844839410820.103213630377-0.216802123176-0.0898038008428-0.08267659983030.1490582451540.0647478563774-0.0172848919278-0.004022149883030.1499509258930.00316977196752-0.003474554670520.191883679488-0.07380317182870.271143975735-28.9636244507-38.2124121235-36.4196678514
90.0264744975772-0.0442846284106-0.01823406139760.1172707747660.01116140436230.0466717061162-0.0494460060928-0.0355642885681-0.140236432804-0.0104388989914-0.0281940631876-0.09328284464570.0926569526184-0.00943138704371-8.64906373775E-60.230400706170.0626733852246-0.003079243930350.291120413797-0.01111791364340.225843697955-11.936067018-35.5622622389-30.2463222204
100.04431560125240.0123620320116-0.07021081052690.0523268080133-0.03188303972670.09910563337440.0107076119521-0.05016236135260.0227076690549-0.0174972466498-0.0314347816961-0.000695230623593-0.01401638859530.0275302157672-0.01868151656440.128371418215-0.02729967084730.0006245364538830.2537765238590.001231195368530.0958612650981-15.5496854499-0.43817877035-77.9157632145
110.102174499669-0.0948818964134-0.03642633540970.08153089135020.00178889518830.260102404478-0.0403782948171-0.0833297942290.0422192393551-0.0375972061630.0197304538019-0.02480873302490.115642001019-0.0191042045420.001658170884010.154133182832-0.0258563017837-0.01386756081170.3070039533580.01138688450570.118863825252-17.705477996-8.02968614452-58.0537993742
120.0311361168054-0.0465288228371-0.04110160979150.155451451310.08769514723660.06223007666630.002330035624570.000936696822780.005816456638480.0002866682944790.0003238526838890.00755630511020.0001469825899940.0004936518856220.0003841736180921.02339649064-0.01372150491910.1028621508771.008008897170.001405889202990.909139152856-12.427383303911.0438623319-69.6650247194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 199 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 328 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 329 through 440 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 37 through 210 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 211 through 328 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 329 through 440 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 37 through 210 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 211 through 328 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 329 through 440 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 37 through 216 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 217 through 437 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 438 through 439 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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