PDB-7xux: Crystal structure of a FIC domain containnig protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xux

タイトル

Crystal structure of a FIC domain containnig protein

要素

Fido domain-containing protein

キーワード

TOXIN / FIC domain protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pseudotuberculosis serotype I

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Zhen, X. / Ouyang, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A secreted effector with a dual role as a toxin and as a transcriptional factor.
著者: Wang, D. / Zhu, L. / Zhen, X. / Yang, D. / Li, C. / Chen, Y. / Wang, H. / Qu, Y. / Liu, X. / Yin, Y. / Gu, H. / Xu, L. / Wan, C. / Wang, Y. / Ouyang, S. / Shen, X.

履歴

登録	2022年5月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xux.cif.gz	289.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xux.ent.gz	237.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fido domain-containing protein

B: Fido domain-containing protein

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.464, 282.767, 73.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Fido domain-containing protein 分子量: 42724.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis serotype I (strain IP32953) (仮性結核菌) 株: IP32953 / 遺伝子: YPTB3117 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q666X7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979813 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979813 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→141.38 Å / Num. obs: 406690 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 75.08 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 0.8
反射シェル	解像度: 2.78→2.85 Å / R_merge(I) obs: 4.06 / Num. unique obs: 30176

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.78→33.86 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2574	3770	6.5 %
R_work	0.2291	-	-
obs	0.231	30864	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→33.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5721	0	0	0	5721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	7922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.261	782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	893
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1013

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.82	0.4085	138	0.3967	1948	X-RAY DIFFRACTION	97
2.82-2.85	0.3531	141	0.3821	2023	X-RAY DIFFRACTION	98
2.85-2.89	0.3721	141	0.3766	1944	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-2.93	0.4393	135	0.3553	2008	X-RAY DIFFRACTION	98
2.93-2.98	0.3698	144	0.3574	2019	X-RAY DIFFRACTION	98
2.98-3.02	0.3339	138	0.3587	1973	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.07	0.3775	141	0.3534	2005	X-RAY DIFFRACTION	98
3.07-3.13	0.3806	134	0.3154	2001	X-RAY DIFFRACTION	99
3.13-3.18	0.3063	137	0.3192	2033	X-RAY DIFFRACTION	99
3.18-3.24	0.3355	135	0.2816	1977	X-RAY DIFFRACTION	99
3.24-3.31	0.3256	142	0.301	2039	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.38	0.3354	137	0.287	2014	X-RAY DIFFRACTION	99
3.38-3.46	0.3145	145	0.2874	2026	X-RAY DIFFRACTION	99
3.46-3.55	0.3448	131	0.256	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.64	0.2762	142	0.2545	2007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.75	0.2911	141	0.2341	2026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.87	0.2205	137	0.2247	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.01	0.2353	142	0.2041	1997	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.17	0.248	143	0.2038	2011	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.36	0.2945	143	0.1948	2046	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-4.59	0.1905	141	0.1899	2041	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-4.87	0.2062	144	0.18	2001	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.25	0.2275	142	0.1962	2049	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-5.77	0.2519	141	0.2299	1996	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-6.6	0.2947	139	0.2275	2036	X-RAY DIFFRACTION	100
6.61-8.3	0.1996	142	0.1955	2027	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3-33.86	0.1584	134	0.1514	1903	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -35.945 Å / Origin y: -40.5135 Å / Origin z: -13.4023 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4909 Å²	0.0222 Å²	-0.0386 Å²	-	0.4572 Å²	0.0662 Å²	-	-	0.5028 Å²
L	0.7094 °²	-0.0899 °²	-0.1048 °²	-	0.3795 °²	0.288 °²	-	-	0.5842 °²
S	0.0355 Å °	-0.0162 Å °	0.0599 Å °	0.0238 Å °	0.0044 Å °	-0.0979 Å °	-0.0425 Å °	0.0624 Å °	-0.0323 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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