PDB-7xuq: Crystal structure of Tpe3.0 complexed with N-Boc-3-alkenylindole

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xuq

タイトル

Crystal structure of Tpe3.0 complexed with N-Boc-3-alkenylindole

要素

Transcriptional regulator, PadR-like family

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / triplet photoenzyme / photocatalysis / energy transfer / photocycloaddition / unnatural amino acid

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Chem-I1A / Transcriptional regulator, PadR-like family

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, X. / Qian, J.Y. / Sun, N.N. / Zhong, F.R. / Wu, Y.Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Enantioselective [2+2]-cycloadditions with triplet photoenzymes.
著者: Sun, N. / Huang, J. / Qian, J. / Zhou, T.P. / Guo, J. / Tang, L. / Zhang, W. / Deng, Y. / Zhao, W. / Wu, G. / Liao, R.Z. / Chen, X. / Zhong, F. / Wu, Y.

履歴

登録	2022年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xuq.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xuq.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xuq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xuq_validation.pdf.gz	763.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xuq_full_validation.pdf.gz	765 KB	表示
XML形式データ	7xuq_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	7xuq_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xuq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xupC 3f8fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.764, 68.764, 60.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH
2	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PadR-like family 分子量: 15135.001 Da / 分子数: 1 / 変異: M8L, K55D, K59Q, W96L / 由来タイプ: 組換発現詳細: There is an unnatural amino acid DFF inserted between ALA A 92 and GLU A 94. 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌) 株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物	ChemComp-I1A / dimethyl 2-[[2-methyl-1-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]indol-3-yl]methyl]-2-prop-2-enyl-propanedioate 分子量: 415.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₉NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→59.551 Å / Num. obs: 5745 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 20.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 21.2 % / R_merge(I) obs: 1.955 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 640 / CC_1/2: 0.736 / R_pim(I) all: 0.428 / R_rim(I) all: 2.001 / Χ²: 0.98 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F8F

3f8f

解像度: 2.5→59.551 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2441	268	4.67 %
R_work	0.218	5468	-
obs	0.2194	5736	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.08 Å² / B_iso mean: 69.2381 Å² / B_iso min: 36.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→59.551 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	924	0	30	11	965
B_iso mean	-	-	65.91	55.47	-
残基数	-	-	-	-	113

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.5001-3.1499	0.3388	143	0.3062	2710
3.1499-59.551	0.2164	125	0.1932	2758

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.9601 Å / Origin y: 16.946 Å / Origin z: -8.8075 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2683 Å²	-0.1182 Å²	-0.0276 Å²	-	0.7761 Å²	-0.0482 Å²	-	-	0.385 Å²
L	5.3705 °²	-2.477 °²	-1.5359 °²	-	2.4335 °²	0.4472 °²	-	-	1.6086 °²
S	0.1643 Å °	0.2444 Å °	-0.1606 Å °	-0.0527 Å °	-0.1198 Å °	-0.2114 Å °	-0.0612 Å °	0.133 Å °	-0.0688 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 11

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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