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- PDB-7xup: Crystal structure of TPe3.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xup
タイトルCrystal structure of TPe3.0
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードPHOTOSYNTHESIS / triplet photoenzyme / photocatalysis / energy transfer / photocycloaddition / unnatural amino acid
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Chen, X. / Qian, J.Y. / Sun, N.N. / Zhong, F.R. / Wu, Y.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21807088 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Enantioselective [2+2]-cycloadditions with triplet photoenzymes.
著者: Sun, N. / Huang, J. / Qian, J. / Zhou, T.P. / Guo, J. / Tang, L. / Zhang, W. / Deng, Y. / Zhao, W. / Wu, G. / Liao, R.Z. / Chen, X. / Zhong, F. / Wu, Y.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1351
ポリマ－15,1351
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.697, 69.697, 61.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 15135.001 Da / 分子数: 1 / 変異: M8L, K55D, K59Q, W96L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: There is an unnatural amino acid DFF inserted between ALA A 92 and GLU A 94.
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M NaCl, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.492 Å / Num. obs: 5276 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.24 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 557 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.188 / Rrim(I) all: 0.265 / Χ2: 1.05 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F8F

3f8f


解像度: 2.602→19.492 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 261 4.96 %
Rwork0.2162 5000 -
obs0.2177 5261 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.95 Å2 / Biso mean: 44.3041 Å2 / Biso min: 18.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.602→19.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数902 0 0 21 923
Biso mean---36.28 -
残基数----110
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.602-3.27520.29171190.2402241595
3.2752-19.4920.22281420.20512585100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.4099 Å / Origin y: -17.5737 Å / Origin z: -8.6648 Å
111213212223313233
T0.1236 Å2-0.0709 Å20.0318 Å2-0.4258 Å2-0.0451 Å2--0.2928 Å2
L5.0374 °2-1.2406 °20.7883 °2-1.5794 °2-0.0768 °2--1.738 °2
S0.0924 Å °0.2625 Å °0.5072 Å °-0.13 Å °-0.0732 Å °0.3309 Å °-0.0606 Å °0.0232 Å °-0.001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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