PDB-7xu8: Structure of the complex of camel peptidoglycan recognition prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xu8

タイトル

Structure of the complex of camel peptidoglycan recognition protein-short (PGRP-S) with heptanoic acid at 2.15 A resolution.

要素

Peptidoglycan recognition protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CPGRP-S / innate immune system

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Maurya, A. / Ahmad, N. / Viswanathan, V. / Singh, P.K. / Yamini, S. / Sharma, P. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Int J Biochem Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Ligand recognition by peptidoglycan recognition protein-S (PGRP-S): structure of the complex of camel PGRP-S with heptanoic acid at 2.15 angstrom resolution.
著者: Maurya, A. / Ahmad, N. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Kaur, P. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2022年6月15日	ID: 3UML
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xu8.cif.gz	163.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xu8.ent.gz	122.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xu8_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xu8_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	7xu8_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	7xu8_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c2xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

76.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan recognition protein 1

B: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Peptidoglycan recognition protein 1

D: Peptidoglycan recognition protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.896, 101.637, 163.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-357- HOH
2	1	D-355- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	2	B
3	3	A
4	4	C
5	5	A
6	6	D
7	7	B
8	8	C
9	9	B
10	10	D
11	11	C
12	12	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 6 - 171 / Label seq-ID: 6 - 171

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	A	A
2	2	2	B	B
3	3	3	A	A
4	4	4	C	C
5	5	5	A	A
6	6	6	D	D
7	7	7	B	B
8	8	8	C	C
9	9	9	B	B
10	10	10	D	D
11	11	11	C	C
12	12	12	D	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7
8
9
10
11
12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Peptidoglycan recognition protein 1 / Peptidoglycan recognition protein short / PGRP-S 分子量: 19011.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 参照: UniProt: Q9GK12

-
非ポリマー , 7種, 626分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SHV / HEPTANOIC ACID / ヘプタン酸分子量: 130.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 20% glycerol, 6% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→43.15 Å / Num. obs: 40935 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / CC_1/2: 0.95 / R_sym value: 0.0432 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2987 / CC_1/2: 0.919 / R_sym value: 0.16 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C2X

3c2x

解像度: 2.15→43.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 8.99 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2819	2035	4.971 %
R_work	0.2201	38900	-
all	0.223	-	-
obs	-	40935	99.708 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.037 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5204	0	56	609	5869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	5413
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.646	7355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.281	1.578	11356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.245	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.642	19.506	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.742	15	806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.106	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	5156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.387	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.077	4.085	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.075	4.085	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.552	6.12	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.552	6.121	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.365	4.45	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.365	4.45	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.13	6.533	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.129	6.533	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.04	49.402	6459
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.03	49.408	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	5491
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.08	0.05	5504
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.083	0.05	5481
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.072	0.05	5502
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.075	0.05	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.073	0.05	5551

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0895	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0895	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0804	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0804	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.083	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.083	0.0501
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07187	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07187	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07459	0.0501
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07459	0.0501
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07275	0.0501
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07275	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.438	121	0.396	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.6987
2.206-2.266	0.4	148	0.345	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.693
2.266-2.332	0.416	131	0.343	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.7516
2.332-2.403	0.441	156	0.351	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.6736
2.403-2.482	0.383	115	0.307	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.7389
2.482-2.568	0.343	159	0.296	2414	X-RAY DIFFRACTION	99.7673
2.568-2.665	0.337	128	0.273	2394	X-RAY DIFFRACTION	99.8021
2.665-2.773	0.308	131	0.278	2253	X-RAY DIFFRACTION	99.7072
2.773-2.896	0.339	125	0.254	2195	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
2.896-3.037	0.277	106	0.225	2124	X-RAY DIFFRACTION	99.9104
3.037-3.2	0.302	89	0.225	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.9053
3.2-3.393	0.329	102	0.207	1903	X-RAY DIFFRACTION	99.6521
3.393-3.626	0.269	105	0.187	1772	X-RAY DIFFRACTION	99.8936
3.626-3.914	0.222	79	0.189	1696	X-RAY DIFFRACTION	99.6631
3.914-4.284	0.194	79	0.163	1547	X-RAY DIFFRACTION	99.8772
4.284-4.784	0.19	82	0.141	1403	X-RAY DIFFRACTION	99.8655
4.784-5.513	0.251	62	0.175	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.7722
5.513-6.724	0.234	36	0.163	1099	X-RAY DIFFRACTION	99.912
6.724-9.396	0.231	52	0.146	856	X-RAY DIFFRACTION	99.89
8-10	0.19	29	0.186	507	X-RAY DIFFRACTION	96.5766

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