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- PDB-7xto: Structure of ClA2 reveal the Mechanism of soil bacterial derived ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xto
タイトルStructure of ClA2 reveal the Mechanism of soil bacterial derived chlorinase
要素soil bacterial derived chlorinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chlorinase / SAM / ClDA / FDA / ANTIBIOTIC
機能・相同性S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / 1-DEAZA-ADENOSINE / SAM-dependent chlorinase/fluorinase
機能・相同性情報
生物種Umezawaea tangerina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Liu, Y.H. / Liu, Y. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172299 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Expression, purification and structure determination of the chlorinase ClA2.
著者: Liu, Y. / Zhang, H. / Xiao, H. / Li, Y. / Liu, Y.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: soil bacterial derived chlorinase
C: soil bacterial derived chlorinase
D: soil bacterial derived chlorinase
B: soil bacterial derived chlorinase
E: soil bacterial derived chlorinase
F: soil bacterial derived chlorinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,88512
ポリマ－174,2886
非ポリマー1,5986
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)181.378, 104.423, 124.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_2ens_1(chain "A" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 6 through 7 or (resid 8...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 6 through 10 or (resid 11...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROTHRTHRCB6 - 1706 - 170
d_12VALVALALAALACB180 - 198180 - 198
d_13VALVALVALVALCB209 - 215209 - 215
d_14ARGARGVALVALCB221 - 261221 - 261
d_15PROPROPROPROCB263263
d_16ALAALAALAALACB265265
d_171DA1DA1DA1DABJ301
d_21PROPROTHRTHRAA6 - 1706 - 170
d_22VALVALALAALAAA180 - 198180 - 198
d_23VALVALVALVALAA209 - 215209 - 215
d_24ARGARGVALVALAA221 - 261221 - 261
d_25PROPROPROPROAA263263
d_26ALAALAALAALAAA265265
d_271DA1DA1DA1DAAG301
d_31PROPROTHRTHRDC6 - 1706 - 170
d_32VALVALALAALADC180 - 198180 - 198
d_33VALVALVALVALDC209 - 215209 - 215
d_34ARGARGVALVALDC221 - 261221 - 261
d_35PROPROPROPRODC263263
d_36ALAALAALAALADC265265
d_371DA1DA1DA1DACH301
d_41PROPROTHRTHRBD6 - 1706 - 170
d_42VALVALVALVALBD180 - 261180 - 261
d_43PROPROPROPROBD263263
d_44ALAALAALAALABD265265
d_451DA1DA1DA1DADI301
d_51PROPROTHRTHREE6 - 1706 - 170
d_52VALVALALAALAEE180 - 198180 - 198
d_53VALVALVALVALEE209 - 215209 - 215
d_54ARGARGVALVALEE221 - 261221 - 261
d_55PROPROALAALAEE263 - 265263 - 265
d_561DA1DA1DA1DAEK301
d_61PROPROTHRTHRFF6 - 1706 - 170
d_62VALVALPROPROFF180 - 263180 - 263
d_63ALAALAALAALAFF265265
d_641DA1DA1DA1DAFL301

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999973920185, 0.00260441778828, -0.00673616791418), (0.00258427556829, 0.999992169312, 0.00299713773337), (0.00674392096418, 0.0029796514544, -0.999972820234)70.4508264496, 16.7981810391, 58.5649283565
2given(0.500752610024, 0.865588331945, -0.0019139371427), (0.865543208022, -0.50070095665, 0.0115545253831), (0.00904315219448, -0.00744255403764, -0.999931412542)-37.5814172946, -5.43434889138, 58.6912185834
3given(0.498806366186, -0.866700621681, -0.00471608202283), (-0.866710123786, -0.498812147041, 5.73697532702E-5), (-0.00240216140025, 0.00405885963563, -0.999988877578)-2.86337276628, 99.36283846, 59.1865377325
4given(-0.504013937106, -0.863667181086, -0.00699653614452), (0.86368451099, -0.504031876223, 0.000966037001515), (-0.00436081169391, -0.00555590378608, 0.999975057316)108.301560705, -22.2911990385, 0.430642706955
5given(-0.498751957588, 0.866672536345, -0.0111892603353), (-0.866688263173, -0.498825286624, -0.00497874508714), (-0.00989642762633, 0.00721444174761, 0.999925003463)73.3560710641, 82.3100748342, 0.547843311856

-
要素

#1: タンパク質
soil bacterial derived chlorinase


分子量: 29047.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Umezawaea tangerina (バクテリア)
遺伝子: CLV43_107328 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2T0T269
#2: 化合物
ChemComp-1DA / 1-DEAZA-ADENOSINE / 1-デアザアデノシン


分子量: 266.253 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 12% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→24.99 Å / Num. obs: 68111 / % possible obs: 86.85 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.41 Å2 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.48→7.83 Å / Num. unique obs: 68111 / Rpim(I) all: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q6K

2q6k


解像度: 2.48→24.99 Å / SU ML: 0.3472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.7769
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3041 3335 4.9 %
Rwork0.2784 64776 -
obs0.2797 68111 86.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10319 0 114 239 10672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004810677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.827814736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05271811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.14781530
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints3.9011168445E-14
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints7.4872718366E-14
ens_1d_4DX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints3.07520909491E-11
ens_1d_5EX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints9.72557868612E-12
ens_1d_6FX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints1.76104324551E-12
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.510.39341600.3582876X-RAY DIFFRACTION93.7
2.51-2.550.34491500.33142973X-RAY DIFFRACTION94.81
2.55-2.590.38261570.33742887X-RAY DIFFRACTION95.27
2.59-2.630.35521470.31192955X-RAY DIFFRACTION94.95
2.63-2.650.3496660.34061279X-RAY DIFFRACTION84.17
2.69-2.730.374850.30071850X-RAY DIFFRACTION92.81
2.73-2.780.31761510.30152938X-RAY DIFFRACTION94.38
2.78-2.840.32491560.30862937X-RAY DIFFRACTION94.1
2.84-2.90.34491610.30772873X-RAY DIFFRACTION93.99
2.9-2.960.34491450.30042917X-RAY DIFFRACTION93.98
2.96-3.040.30991570.28432903X-RAY DIFFRACTION94.33
3.04-3.120.3221270.26182936X-RAY DIFFRACTION93.84
3.12-3.210.28071470.27742896X-RAY DIFFRACTION93.34
3.21-3.320.30081500.2672883X-RAY DIFFRACTION93.35
3.32-3.430.29771310.27352878X-RAY DIFFRACTION92.64
3.43-3.570.31461350.27372897X-RAY DIFFRACTION92.21
3.57-3.730.24671300.25432893X-RAY DIFFRACTION92.22
3.73-3.840.3291880.26941634X-RAY DIFFRACTION88.58
3.94-4.170.27551280.25782716X-RAY DIFFRACTION89.77
4.17-4.490.23481430.23342714X-RAY DIFFRACTION87.5
4.49-4.940.2731610.2512786X-RAY DIFFRACTION89.49
4.94-5.650.29781460.28762787X-RAY DIFFRACTION89.5
5.65-7.090.30841690.29592781X-RAY DIFFRACTION89.04
7.09-24.990.32391450.27512587X-RAY DIFFRACTION81.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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