PDB-7xtn: Crystal structure of the C-terminal domain of Bombyx mori N-acety...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xtn

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of Bombyx mori N-acetylglucosaminyltransferase IV in complex with N-acetylglucosamine

要素

N-acetylglucosaminyltransferase IV

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferase / N-glycan / N-glycosylation / Golgi / N-acetylglucosamine / carbohydrate-binding module / lectin

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Miyazaki, T. / Oka, N. / Mori, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and sugar-binding ability of the C-terminal domain of N-acetylglucosaminyltransferase IV establish a new carbohydrate-binding module family.
著者: Oka, N. / Mori, S. / Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2022年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xtn.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xtn.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xtn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7xtn_validation.pdf.gz	1010.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xtn_full_validation.pdf.gz	1013.9 KB	表示
XML形式データ	7xtn_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7xtn_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xtlC 7xtmC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetylglucosaminyltransferase IV

B: N-acetylglucosaminyltransferase IV

ヘテロ分子

38.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: N-acetylglucosaminyltransferase IV

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylglucosaminyltransferase IV

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.697, 64.098, 79.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.891, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

N-acetylglucosaminyltransferase IV

分子量: 19040.176 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB:BDI24347.2 / 由来: (組換発現)

Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: MGAT4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M MES-NaOH, pH 7.0, 12%(w/v) PEG20000, 10 mM N-acetylglucosamine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→39.37 Å / Num. obs: 113597 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 15961 / CC_1/2: 0.782 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 0.879 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model

解像度: 1.15→32.545 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.451 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2087	5719	5.035 %
R_work	0.1933	107860	-
all	0.194	-	-
obs	-	113579	98.625 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.769 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.534 Å²	0 Å²	-0.401 Å²
2-	-	0.215 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.653 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→32.545 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2494	0	46	214	2754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.665	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.423	1.594	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.733	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.022	23.101	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.612	15	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.822	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.811	1.097	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.81	1.096	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.317	1.645	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.317	1.646	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.264	1.324	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.263	1.326	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.998	1.912	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.998	1.913	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.199	13.677	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.096	13.25	2813

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.288	420	0.285	7566	X-RAY DIFFRACTION	93.7214
1.18-1.212	0.289	411	0.273	7560	X-RAY DIFFRACTION	96.2449
1.212-1.247	0.27	377	0.265	7478	X-RAY DIFFRACTION	97.9426
1.247-1.286	0.251	368	0.251	7294	X-RAY DIFFRACTION	98.0924
1.286-1.328	0.267	350	0.239	7101	X-RAY DIFFRACTION	98.5973
1.328-1.374	0.243	363	0.223	6921	X-RAY DIFFRACTION	98.7259
1.374-1.426	0.25	307	0.212	6683	X-RAY DIFFRACTION	98.8685
1.426-1.485	0.228	337	0.199	6430	X-RAY DIFFRACTION	99.3978
1.485-1.551	0.223	337	0.192	6162	X-RAY DIFFRACTION	99.4339
1.551-1.626	0.199	303	0.189	5909	X-RAY DIFFRACTION	99.5513
1.626-1.714	0.187	297	0.18	5665	X-RAY DIFFRACTION	99.8158
1.714-1.818	0.204	313	0.188	5295	X-RAY DIFFRACTION	99.8042
1.818-1.943	0.193	269	0.187	5022	X-RAY DIFFRACTION	99.9811
1.943-2.099	0.208	266	0.179	4628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.099-2.299	0.196	252	0.174	4310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.299-2.57	0.209	204	0.186	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.967	0.218	183	0.196	3463	X-RAY DIFFRACTION	99.8904
2.967-3.633	0.195	168	0.187	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.8064
3.633-5.133	0.165	114	0.171	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
5.133-32.545	0.245	80	0.211	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.7061

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.127	0.2087	-0.2445	0.906	0.0476	1.0387	0.0426	-0.0093	0.0019	0.1952	-0.0371	0.1606	0.0165	-0.0525	-0.0056	0.0449	0.0033	0.0315	0.0629	0.015	0.1232	10.3334	1.6567	15.3494
2	0.2835	-0.0443	0.1807	1.0141	0.2547	1.1595	0.0056	0.0027	-0.0307	-0.0605	0.0085	0.0058	-0.021	0.0571	-0.0141	0.0355	-0.0014	-0.001	0.0511	-0.0075	0.066	17.573	0.3307	2.7247
3	0.04	0.1456	-0.1012	1.2296	0.1143	1.8081	-0.0003	0.0464	0.0432	-0.0935	-0.0242	0.2002	0.0718	-0.212	0.0245	0.0196	0.0176	-0.0017	0.1414	0.0209	0.0747	18.4873	-32.859	27.5929
4	0.2044	-0.0327	0.0184	1.3821	0.1361	1.2091	0.0444	0.0699	0.0493	0.1653	-0.0815	-0.0389	0.0517	0.1289	0.0371	0.0376	-0.001	-0.0013	0.0793	0.01	0.067	29.4354	-29.7547	35.9223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	392 - 460
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	461 - 547
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	401 - 448
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	449 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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