PDB-7xtl: Crystal structure of the C-terminal domain of human N-acetylgluco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xtl

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of human N-acetylglucosaminyltransferase IVa

要素

Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferase / N-glycan / N-glycosylation / Golgi / N-acetylglucosamine / carbohydrate-binding module / lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,3-mannosylglycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / glyoxylate metabolic process / N-Glycan antennae elongation / alanine-glyoxylate transaminase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / N-glycan processing / Golgi stack / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.972 Å

データ登録者

Miyazaki, T. / Oka, N. / Mori, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and sugar-binding ability of the C-terminal domain of N-acetylglucosaminyltransferase IV establish a new carbohydrate-binding module family.
著者: Oka, N. / Mori, S. / Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T.

履歴

登録	2022年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xtl.cif.gz	124.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xtl.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xtl_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xtl_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	7xtl_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	7xtl_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form

B: Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form

38.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.699, 32.490, 85.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form / MGAT4A 分子量: 19263.764 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 遺伝子: MGAT4A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UM21, alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form / MGAT4A

分子量: 19263.764 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 遺伝子: MGAT4A / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UM21, alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium nitrate, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→85.34 Å / Num. obs: 20101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.207 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2924 / CC_1/2: 0.951 / R_pim(I) all: 0.234 / R_rim(I) all: 0.855 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model

解像度: 1.972→50.579 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 14.785 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	959	4.775 %
R_work	0.2204	19123	-
all	0.223	-	-
obs	-	20082	99.945 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.945 Å²	0 Å²	-0.197 Å²
2-	-	2.991 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.825 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.972→50.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2331	0	0	22	2353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.704	1.639	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.265	1.578	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.117	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.939	24.348	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.361	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.427	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.092	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.969	4.524	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.961	4.523	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.181	6.769	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.182	6.77	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.21	4.864	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.209	4.866	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.735	7.149	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.733	7.151	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.605	50.459	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.601	50.446	2415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.972-2.023	0.358	74	0.324	1436	X-RAY DIFFRACTION	99.8677
2.023-2.079	0.347	63	0.309	1345	X-RAY DIFFRACTION	99.929
2.079-2.139	0.317	66	0.282	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.9278
2.139-2.205	0.377	44	0.253	1304	X-RAY DIFFRACTION	99.7779
2.205-2.277	0.313	70	0.232	1222	X-RAY DIFFRACTION	99.9227
2.277-2.357	0.275	56	0.216	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.357-2.446	0.351	62	0.223	1160	X-RAY DIFFRACTION	99.8366
2.446-2.545	0.359	63	0.236	1117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.658	0.235	66	0.257	1076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.658-2.788	0.34	38	0.22	1027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.788-2.939	0.291	54	0.224	1000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.939-3.117	0.202	53	0.222	914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.117-3.332	0.226	43	0.203	899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.332-3.598	0.271	36	0.199	837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.598-3.941	0.242	36	0.19	749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.941-4.405	0.254	35	0.172	681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.405-5.084	0.228	36	0.195	630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.084-6.221	0.256	29	0.239	514	X-RAY DIFFRACTION	100
6.221-8.775	0.231	20	0.268	416	X-RAY DIFFRACTION	100
8.775-50.579	0.244	15	0.219	247	X-RAY DIFFRACTION	99.6198

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5735	0.2897	-0.9716	1.3119	0.1011	1.9697	-0.0047	0.0226	-0.0139	0.1026	-0.1085	0.0282	0.0775	-0.0982	0.1131	0.1284	0.0144	0.0654	0.0189	0.0005	0.2247	10.6076	-0.6165	6.9604
2	0.8177	-0.693	1.8286	1.8945	0.059	6.0913	0.0382	0.3851	-0.0084	-0.2602	-0.0607	0.0439	-0.1513	1.2637	0.0225	0.0684	-0.0342	0.0358	0.3924	0.0649	0.1106	16.148	4.1358	-34.5946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	387 - 534
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	390 - 534

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