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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xtl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal domain of human N-acetylglucosaminyltransferase IVa | ||||||
要素 | Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A soluble form | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / N-glycan (N-結合型グリコシル化) / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化) / Golgi / N-acetylglucosamine (N-アセチルグルコサミン) / carbohydrate-binding module / lectin (レクチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,3-mannosylglycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / glyoxylate metabolic process / N-Glycan antennae elongation / alanine-glyoxylate transaminase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / N-glycan processing / ゴルジ体 / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation ...alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,3-mannosylglycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / glyoxylate metabolic process / N-Glycan antennae elongation / alanine-glyoxylate transaminase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / N-glycan processing / ゴルジ体 / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Post-translational protein phosphorylation / ペルオキシソーム / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Maturation of spike protein / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.972 Å | ||||||
データ登録者 | Miyazaki, T. / Oka, N. / Mori, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022 タイトル: Crystal structure and sugar-binding ability of the C-terminal domain of N-acetylglucosaminyltransferase IV establish a new carbohydrate-binding module family. 著者: Oka, N. / Mori, S. / Ikegaya, M. / Park, E.Y. / Miyazaki, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xtl.cif.gz | 124.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xtl.ent.gz | 93.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xtl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xtl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xtmC 7xtnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19263.764 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 遺伝子: MGAT4A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UM21, alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium nitrate, 20%(w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→85.34 Å / Num. obs: 20101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2924 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.855 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold2 model 解像度: 1.972→50.579 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 14.785 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.557 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.972→50.579 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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