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- PDB-7xtj: Crystal structure of E88A mutant of GH3 beta-xylosidase from Aspe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xtj
タイトルCrystal structure of E88A mutant of GH3 beta-xylosidase from Aspergillus niger (AnBX)
要素Xylan 1,4-beta-xylosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / GH3
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-D-xylosidase / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain ...Beta-D-xylosidase / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
xylan 1,4-beta-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kaenying, W. / Kongsaeree, P.T. / Tagami, T.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Other governmentNRCT5-RSA63002-09 タイ
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and identification of amino acid residues for catalysis and binding of GH3 AnBX beta-xylosidase from Aspergillus niger.
著者: Kaenying, W. / Choengpanya, K. / Tagami, T. / Wattana-Amorn, P. / Lang, W. / Okuyama, M. / Li, Y.K. / Kimura, A. / Kongsaeree, P.T.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylan 1,4-beta-xylosidase
B: Xylan 1,4-beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,97117
ポリマ－171,6392
非ポリマー5,33215
水59433
1
A: Xylan 1,4-beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2948
ポリマ－85,8201
非ポリマー2,4747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint46 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
2
B: Xylan 1,4-beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6779
ポリマ－85,8201
非ポリマー2,8588
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area26500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.881, 120.881, 266.443
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xylan 1,4-beta-xylosidase


分子量: 85819.586 Da / 分子数: 2 / 変異: E88A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: ASKU28 / プラスミド: Opt-pPICZaBNH8 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): Y11430 / 参照: UniProt: A0A023J5W7, xylan 1,4-beta-xylosidase

-
糖 , 4種, 13分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 35分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 16% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M citric acid, pH 3.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 68702 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.1 % / Biso Wilson estimate: 59.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.244 / Rsym value: 0.24 / Net I/σ(I): 14.49
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 27 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 10817 / CC1/2: 0.684 / Rrim(I) all: 3.31 / Rsym value: 3.26 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q7I

6q7i


解像度: 2.5→49.97 Å / SU ML: 0.3918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9953
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1998 2.91 %
Rwork0.2144 66617 -
obs0.2156 68615 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11400 0 349 33 11782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004712038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69116439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04591889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00562122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.20094297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.570.40131380.39454556X-RAY DIFFRACTION97.06
2.57-2.640.35371410.33124683X-RAY DIFFRACTION99.83
2.64-2.710.36451410.29274687X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.80.29351400.26724699X-RAY DIFFRACTION99.96
2.8-2.90.34151410.28034708X-RAY DIFFRACTION99.88
2.9-3.020.34461420.28954715X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.150.31341400.26024706X-RAY DIFFRACTION99.81
3.15-3.320.29871420.2424722X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.530.27681420.22114756X-RAY DIFFRACTION99.98
3.53-3.80.2281440.21074778X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.180.26581430.18744788X-RAY DIFFRACTION99.98
4.18-4.790.20091450.16244822X-RAY DIFFRACTION100
4.79-6.030.20491460.18134883X-RAY DIFFRACTION100
6.03-49.970.22341530.19615114X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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